タンパク質高次構造情報の整備・流通と予測情報の評価(調整班)

• 研究課題/領域番号: 12207002
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 名古屋大学
• 研究代表者: 郷 通子 名古屋大学, 大学院理学研究科, 教授 (70037290)
• 研究分担者: 西川 建 国立遺伝学研究所, DDBJ研究センター, 教授 (10093288) ; 美宅 成樹 東京農工大学, 工学部, 教授 (10107542) ; 梅山 秀明 北里大学, 薬学部, 教授 (20050619) ; 木寺 詔紀 横浜市立大学, 大学院総合理学研究科, 教授 (00186280)
• 研究期間 (年度): 2000 – 2002
• 研究課題ステータス: 完了 (2002年度)
• 配分額: 78,500千円 (直接経費: 78,500千円); 2002年度: 38,500千円 (直接経費: 38,500千円); 2001年度: 40,000千円 (直接経費: 40,000千円)
• キーワード: 計算生物学 / 生命情報科学 / ゲノム機能予測 / タンパク質立体構造予測 / 構造予測国際コンテストCASP / ホモロジーモデリング / FAMSBASE / 分子シミュレーション / CASP5 / シミュレーション / アブイニシオ / 予測生物学 / Gtop / SOSUI / らん藻ゲノム / 国際予測コンテストCASP4 / 3Dキーノート / 膜タンパク質

研究概要

主に以下のような、3年間の活動と研究成果を通して、タンパク質高次構造情報の整備・流通と予測情報の評価を実施した。
「タンパク質高次構造に基づくゲノム情報科学(高次ゲノム)」公開ワークショップを毎年開催した。2日間かけ、1日は「高次ゲノム」の班員の成果発表も兼ねたポスター発表を行い、1日は公開シンポジウムを開催した。平成12年度は、海外よりタンパク質構築と生命情報学の分野から2名の講演者を招聘して国際シンポジウムを行った。平成13年度は、タンパク質構造ゲノムの急速な進展にともなってタンパク質高次構造情報が飛躍的に増大する時に備えて、公開シンポジウム「構造ゲノム科学としての情報生物学-代表タンパク質の全立体構造が明らかになるときに一」を開催し、構造生物学者らとの連携を進めた。ゲノム情報の理解には、生理現象の直接的担い手であるタンパク質の理解が不可欠であり、そのための手段としてシミュレーションは重要な位置を占めつつある。そこで平成14年度は、海外より4名の研究者を招聘し、国際シンポジウム「フロンティア生命情報学-タンパク質の機能はシミュレーションでどこまで明らかにすることができるか」を開催した。
平成12年度は、構造ゲノム国際会議(ICSG)のサテライト会議として、「コンピューテーショナル構造ゲノミクス一日シンポジウム」も開催した。その他、「高次ゲノム」研究会の開催、若手研究者の勉強会の支援、タンパク質立造予測国際コンテストCASPへの派遣支援、「ゲノム生物学」のらん藻研究者らとの研究協力等、様々な活動を行った。
一方、GTOPに公開されているゲノムの全ORFを出来る限りタンパク質の立体構造としてモデリングし、データベースFIWSBASEとして公開した(http://daisy.nagahama-i-bio.ac.jp/Famsbase/)。また統計的な解析を含めて発表した。

研究成果

• [雑誌論文] Compositional changes in RNA, DNA and proteins for bacterial adaptation to higher and lower temperatures (2003)
  • 著者名/発表者名: Nakashima, H., Fukuchi, S., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: J. Biochem. 133(4) ページ: 507-513
  • NAID: 130003534527
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] 蛋白質機能発現のダイナミクス的側面 (2003)
  • 著者名/発表者名: 木寺詔紀, 池口満徳
  • 雑誌名: 物理学会誌 58(4)
  • NAID: 10013955382
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Unique amino acid composition of proteins in halophilic bacteria (2003)
  • 著者名/発表者名: Fukuchi, S., Yoshimune, K., Wakayama, M., Moriguchi, M., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 327(2) ページ: 347-357
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] A method for evaluating multicanonical potential function without iterative refinement : Application to conformational sampling of a globular protem in water (2003)
  • 著者名/発表者名: Terada, T., Matsuo, Y., Kidera, A.
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 118(9) ページ: 4306-4311
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Enlarged FAMSBASE : 3D protein structure models of genome sequences for 41 species (2003)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, A. et al.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 31(1) ページ: 463-468
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Ring and zipper formation is the key to understanding the structural variety in all beta proteins (2003)
  • 著者名/発表者名: Koike, R., Kinoshita, K., Kidera, A.
  • 雑誌名: FEBS Letters 533 (1-3) ページ: 9-13
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Evaluation of the third solvent clusters fitting procedure for the prediction of protein-protein interactions based on the results at the CAPRI blind docking study (2003)
  • 著者名/発表者名: Komatsu, K., Kurihara, Y., Iwadate, M., Takeda-Shitaka, M., Umeyama, H.
  • 雑誌名: PROTEINS, Structure, Function and Genetics 52(1) ページ: 15-18
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Compositional changes in RNA, DNA and proteins for bacterial adaptation to higher and lower temperatures (2003)
  • 著者名/発表者名: Nakashima, H., Fukuchi, S., Nishikawa.K.
  • 雑誌名: J.Biochem. 133 (4) ページ: 507-513
  • NAID: 130003534527
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] An aspect of dynamics in expression of protein function (2003)
  • 著者名/発表者名: Kidera, A., Ikeguchi, M.
  • 雑誌名: Butsuri Gakkai-shi. 58(4)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] FAMS : homology modeling of three-dimensional structures of proteins from sequences (2003)
  • 著者名/発表者名: Iwadate, M., Umeyama, H.
  • 雑誌名: Seibutsu Butsuri 42(6) ページ: 282-284
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Unique amino acid composition of proteins in halophilic bacteria (2003)
  • 著者名/発表者名: Fukuchi, S., Yoshimune, K., Wakayama, M..Moriguchi, M., Nishikawa.K.
  • 雑誌名: J.Mol.Biol. 327(2) ページ: 347-357
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A method for evaluating multicanonical potential function without iterative refinement : Application to conformational sampling of a globular protein in water (2003)
  • 著者名/発表者名: Terada, T., Matsuo, Y., Kidera, A.
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 118 (9) ページ: 4306-4311
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Enlarged FAMSBASE : 3D protein structure models of genome sequences for 41 species (2003)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, A., Iwadate, M., Suzuki, E., Yura, K., Kawakita, S., Umeyama.H., Go, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 31(1) ページ: 463-468
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Physics of Origin of Life and Biological Evolution (2003)
  • 著者名/発表者名: Go, M.
  • 雑誌名: New biophysics (series 2)(Kyoritsu Shuppan Co. Ltd) ページ: 231-231
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] What is biophysics ; a challenge to unsolved issues (2003)
  • 著者名/発表者名: Kidera, A.
  • 雑誌名: Kyoritsu Shuppan Co.Ltd ページ: 308-308
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] FAMS : 配列からタンパク質立体構造ホモロジーモデリング (2002)
  • 著者名/発表者名: 岩舘満雄, 梅山秀明
  • 雑誌名: 生物物理 42(6) ページ: 282-284
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Nonlinear temperature dependence of the crystal structure of Lysozyme : Correlation between coordinate shifts and thermal factors (2002)
  • 著者名/発表者名: Joti, Y., Nakasako, M., Kidera, A., Go, N.
  • 雑誌名: Acta Crystallographica Section D, Biological Crystallography 58(9) ページ: 1421-1432
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] A systematic investigation identifies a significant number of probable pseudogenes in the Escherichia coli genome (2002)
  • 著者名/発表者名: Homma, K., Fukuchi, S., Kawabata, T., Ota, M., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Gene 294(1-2) ページ: 25-33
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Identification of G Protein-coupled Receptor Genes from the Human Genome Sequence (2002)
  • 著者名/発表者名: Takeda, S., Kadowaki, S., Haga, T., Takaesu, H., Mitaku, S.
  • 雑誌名: FEBS Letters 520(1-3) ページ: 97-101
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Irreversible Photobleaching of Bacteriorhodopsin in a High-temperature Intermediate State (2002)
  • 著者名/発表者名: Yokoyama, Y., Sonoyama, M., Mitaku, S.
  • 雑誌名: J Biochem. 131 (6) ページ: 785-790
  • NAID: 10010648440
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] SOSUIによるゲノムからの膜タンパク質予測 (2002)
  • 著者名/発表者名: 美宅成樹
  • 雑誌名: 生物物理 42(3) ページ: 104-109
  • NAID: 110001155756
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Amphiphilicity Index of Polar Amino Acids as an Aid in the Characterization of Amino Acid Preference at Membrane-water Interfaces (2002)
  • 著者名/発表者名: Mitaku, S., Hirokawa, T., Tsuji, T.
  • 雑誌名: Bio informatics 18(4) ページ: 608-616
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] A generalized form of the conserved quantity in constant-temperature molecular dynamics (2002)
  • 著者名/発表者名: Terada T., Kidera A.
  • 雑誌名: J. Chem. Phys. 116(1) ページ: 33-41
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] モジュールに基づく機能予測-3Dキーノート (2002)
  • 著者名/発表者名: 由良 敬, 郷 通子
  • 雑誌名: 蛋白質核酸酵素 47(8) ページ: 1090-1096
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] 遺伝子構造の進化とプロテオーム解析 (2002)
  • 著者名/発表者名: 郷 通子
  • 雑誌名: 学術月報 55(15) ページ: 1141-1147
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] ゲノム情報からタンパク質立体構造予測へ : GTOPデータベーズの構築とそれを利用した応用研究 (2002)
  • 著者名/発表者名: 西川 建
  • 雑誌名: 生物物理 42(5) ページ: 224-229
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] ゲノムスケールでの膜蛋白質の同定 (2002)
  • 著者名/発表者名: 美宅成樹
  • 雑誌名: 蛋白質核酸酵素 47(8) ページ: 1102-1108
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Fluorescence Imaging of Metabolic Responses in Single Mitochondria (2002)
  • 著者名/発表者名: Nakayama, S., Sakuyama, T., Mitaku, S., Ohta, Y.
  • 雑誌名: Biochem. Biophys. Res. Commun 290(1) ページ: 23-28
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] ゲノムにおける生物情報 (2002)
  • 著者名/発表者名: 美宅成樹, 五味雅裕, 園山正史
  • 雑誌名: 可視化情報学会誌 22(84) ページ: 2-9
  • NAID: 10007396019
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] GTOP : A database of protein structures predicted from genome sequences (2002)
  • 著者名/発表者名: Kawabata, T. et al.
  • 雑誌名: Nucl. Acids Res. 30(1) ページ: 294-298
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] KdsA mutations affect FtsZ-ring formation in Escherichia coli K-12 (2002)
  • 著者名/発表者名: Fujishima, H. et al.
  • 雑誌名: Microbiology 148(pt1) ページ: 103-112
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Generalized form of the conserved quantity in constant-temperature molecular dynamics (2002)
  • 著者名/発表者名: Terada, T., Kidera, A.
  • 雑誌名: J. Chem. Phys. 116(1) ページ: 33-41
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] 生物ゲノムの機能予測を目指して (2002)
  • 著者名/発表者名: 梅山秀明, 海老沢計慶
  • 雑誌名: 情報処理 43(1) ページ: 29-35
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Nonlinear temperature dependence of the crystal structure of Lysozyme : Correlation between coordinate shifts and thermal factors (2002)
  • 著者名/発表者名: Joti, Y., Nakasako, M.Kidera, A., Go, N.
  • 雑誌名: Acta Crystallographica Section D, Biological Crystallography 58(9) ページ: 1421-1432
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A systematic investigation identifies a significant number of probable pseudogenes in the Escherichia coli genome (2002)
  • 著者名/発表者名: Homma, K., Fukuchi, S., Kawabata, T., Ota, M., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Gene. 294 (1-2) ページ: 25-33
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Identification of G Protein-coupled Receptor Genes from the Human Genome Sequence (2002)
  • 著者名/発表者名: Takeda, S., Kadowaki, S.Haga, T.Takaesu, H., Mitaku, S.
  • 雑誌名: FEBS Letters 520 (1-3) ページ: 97-101
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Irreversible Photobleaching of Bacteriorhodopsin in a High-temperature Intermediate State (2002)
  • 著者名/発表者名: Yokoyama, Y., Sonoyama, M., Mitaku.S.
  • 雑誌名: J Biochem. 131(6) ページ: 785-790
  • NAID: 10010648440
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A prediction by SOSUI for membrane proteins from genome data (2002)
  • 著者名/発表者名: Mitaku, S.
  • 雑誌名: Seibutsu Butsuri 42(3) ページ: 104-109
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Amphiphilicity Index of Polar Amino Acids as an Aid in the Characterization of Amino Acid Preference at Membrane-water Interfaces (2002)
  • 著者名/発表者名: Mitaku, S., Hirokawa, T., Tsuji, T.
  • 雑誌名: Bioinformatics 18(4) ページ: 608-616
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A generalized form of the conserved quantity in constant-temperature molecular dynamics (2002)
  • 著者名/発表者名: Terada T., Kidera A.
  • 雑誌名: J.Chem.Phys. 116 (1) ページ: 33-41
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] 3D-keynote : genome function prediction based on protein module (2002)
  • 著者名/発表者名: Yura, K., Go.M.
  • 雑誌名: Tanpakushitsu Kakusan Kouso. 47(8) ページ: 1090-1096
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Evolution of Gene structure and Proteome Analysis (2002)
  • 著者名/発表者名: Go.M.
  • 雑誌名: Japanese Scientific Monthly 55(15) ページ: 1141-1147
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] GTOP : from genomic information to a prediction for protein tertiary structure-building a database and utilize it for an applied research (2002)
  • 著者名/発表者名: Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Seibutsu Butsuri 42(5) ページ: 224-229
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A genome-wide identification of membrane proteins (2002)
  • 著者名/発表者名: Mitaku, S.
  • 雑誌名: Tanpakushitsu Kakusan Kouso 47(8) ページ: 1102-1108
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Fluorescence Imaging of Metabolic Responses in Single Mitochondria (2002)
  • 著者名/発表者名: Nakayama, S., Sakuyama, T.Mitaku, S., Ohta, Y.
  • 雑誌名: Biochem.Biophys.Res.Commun. 290(1) ページ: 23-28
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Informatics and Visualization of Biological Genomes (2002)
  • 著者名/発表者名: Mitaku, S..Gomi, M., Sonoyama, M.
  • 雑誌名: Journal of the visualization society of Japan 22(84) ページ: 2-9
  • NAID: 10007396019
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] GTOP : A database of protein structures predicted from genome sequences (2002)
  • 著者名/発表者名: Kawabata.T., Fukuchi, S., Homma, K., Ota, M., Araki, J., Ito, T., Ichiyoshi, N., Nishikawa.K.
  • 雑誌名: Nucl.Acids Res. 30(1) ページ: 294-298
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] KdsA mutations affect FtsZ-ring formation in Escherichia coli K-12 (2002)
  • 著者名/発表者名: Fujishima, H., Nishimura, A., Wachi, M., Takagi, H., Hirasawa, T.Teraoka, H., Nishimori, K., Kawabata, T., Nishikawa, K., Nagai, K.
  • 雑誌名: Microbiology 148(pt1) ページ: 103-112
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Generalized form of the conserved quantity in constant-temperature molecular dynamics (2002)
  • 著者名/発表者名: Terada, T., Kidera, A.
  • 雑誌名: J.Chem.Phys. 116(1) ページ: 33-41
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Toward a functional prediction of organism genomes (2002)
  • 著者名/発表者名: Umeyama, H., Ebisawa, K.
  • 雑誌名: Joho-shori 43(1) ページ: 29-35
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] You can do bioinformatics (2002)
  • 著者名/発表者名: Hirokawa.T.Mitaku, S.
  • 雑誌名: Nakayama.Syoten Co., Ltd. ページ: 224-224
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A step-by-step instruction how to use bio-database and web tool (2002)
  • 著者名/発表者名: Iwadate, M., Umeyama, H.
  • 雑誌名: Yodosya Co., Ltd. ページ: 203-203
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Useful bioinformatics in your work (2002)
  • 著者名/発表者名: Kidera. A.
  • 雑誌名: Kyoritsu Shuppan Co.Ltd. ページ: 136-136
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Comparative modeling of CAFASP2 competition (2001)
  • 著者名/発表者名: Iwadate, M., Ebisawa, K., Umeyama, H.
  • 雑誌名: Chem-Bio Informatics Journal 1(4) ページ: 136-148
  • NAID: 130004138107
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] 立体構造の類似性を知る (2001)
  • 著者名/発表者名: 木寺詔紀
  • 雑誌名: 蛋白質核酸酵素 46(15) ページ: 2198-2204
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] タンパク質立体構造の自動モデリングと創薬への応用 (2001)
  • 著者名/発表者名: 梅山秀明, 海老沢計慶
  • 雑誌名: ファルマシア 37(12) ページ: 1099-1103
  • NAID: 110003660812
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Variable subunit contact and cooperativity of hemoglobins (2001)
  • 著者名/発表者名: Shionyu, M., Takahashi, K., Go, M.
  • 雑誌名: J. Mol. Evol. 53(4-5) ページ: 416-429
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] POUドメイン (2001)
  • 著者名/発表者名: 由良 敬, 郷 通子
  • 雑誌名: 生体の科学 モチーフ・ドメインリスト 52(5) ページ: 384-385
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] リボヌクレアーゼ様ドメイン (2001)
  • 著者名/発表者名: 白井 剛, 郷 通子
  • 雑誌名: 生体の科学 モチーフ・ドメインリスト 52(5) ページ: 392-393
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] ジンクフィンガードメイン (2001)
  • 著者名/発表者名: 由良 敬, 郷 通子
  • 雑誌名: 生体の科学 モチーフ・ドメインリスト 52(5) ページ: 394-395
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Dynamical transition of myoglobin in a crystal : comparative studies of X-ray crystallography and Mossbauer spectroscopy (2001)
  • 著者名/発表者名: Chong, S.-H.et al.
  • 雑誌名: European Biophysics J. 30(5) ページ: 319-329
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Environmental influence on electron scattering from a molecule (2001)
  • 著者名/発表者名: Yamashita, H., Kidera, A.
  • 雑誌名: Acta Cryst. Sect A57(pt 5) ページ: 518-525
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Knowledge-based potential defined for a rotamer library to design prote in sequences (2001)
  • 著者名/発表者名: Ota, M., Isogai, Y., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Protein Engineer 14(8) ページ: 557-564
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] タンパク質立体構造 : の予測問題 (2001)
  • 著者名/発表者名: 西山建
  • 雑誌名: Computer Today 18 ページ: 10-15
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Protein surface amino-acid compositions distinctively differ between thermophilic and mesophilic bacteria (2001)
  • 著者名/発表者名: Fukuchi, S., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 309(4) ページ: 835-843
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Sampling efficiency of molecular dynamics and Monte Carlo Method in protein simulation (2001)
  • 著者名/発表者名: Yamashita, H., Endo, S., Wako, H., Kidera, A.
  • 雑誌名: Chem. Phys. Lett. 342(3-4) ページ: 382-386
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Two KaiA-binding domains of cyanobacterial circadian clock protein KaiC (2001)
  • 著者名/発表者名: Taniguchi, Y. et al.
  • 雑誌名: FEBS Lett. 496(2-3) ページ: 86-90
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Effect of carbonic anhydrase II in the molten globule state on physical properties of dimyristoylphosphatidylcholine liposome (2001)
  • 著者名/発表者名: Sakai, H., Tanaka, M., Imai, K., Sonoyama, M., Mitaku, S
  • 雑誌名: Jpn. J. Appl. Phys. 40 (5B) ページ: 3521-3525
  • NAID: 130004528413
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Human ABCA1 contains a large amino-terminal extracellular domain homologous to an epitope of Sjogren's syndrome (2001)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, A. et al.
  • 雑誌名: Biochem. Biophys. Res. Commun. 283(5) ページ: 1019-1025
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] 蛋白質立体構造情報からのゲノム機能解読・進化の解析 (2001)
  • 著者名/発表者名: 郷 通子
  • 雑誌名: 蛋白質核酸酵素 増刊号「ゲノムサイエンスの新たなる挑戦」 46(16) ページ: 2586-2591
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Directional gene distributions of two mycoplasma species exhibited in the nucleotide composition space (2001)
  • 著者名/発表者名: Nakashima, H., Yamashita, S., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Res. Comm. In Biochem., Cell ＆ Mol. Biol. 5 ページ: 27-35
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] 蛋白質立体構造予測データベースGTOP (2001)
  • 著者名/発表者名: 川端猛, 西川建
  • 雑誌名: 蛋白質核酸酵素 増刊号「ゲノムサイエンスの新たなる挑戦」 46 ページ: 2592-2597
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] タンパク質のダイナミクス-バクテリオロドプシンを中心にして (2001)
  • 著者名/発表者名: 木寺詔紀
  • 雑誌名: 化学 H56(9) ページ: 70-71
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] タンパク質立体構造の自動モデリング (2001)
  • 著者名/発表者名: 梅山秀明, 岩舘満雄
  • 雑誌名: 実験医学 増刊 ゲノム医科学と基礎からのバイオインフォマティックス 19(11) ページ: 180-184
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Conformational characterization of designed minibarnase (2001)
  • 著者名/発表者名: Takahashi, K., Noguti, T., Hojo, H., Ohkubo, T., Go, M.
  • 雑誌名: Biopolymers 58(3) ページ: 260-267
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Capacity of Thermomonospora alba XylA to impart thermostability in family F/10 chimeric xylanases. (2001)
  • 著者名/発表者名: Ahsan, M.M., Kaneko, S., Wang, Q., Yura, K., Go, M., Hayash, K.
  • 雑誌名: Enzyme Microb. Technol. 28(1) ページ: 8-15
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Mutational analysis of genes involved in pilus structure, motility and transformation competency in the unicellular motile cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803. (2001)
  • 著者名/発表者名: Yoshihara, S., Geng.X.X., Okamoto, S., Yura, K., Murata, T., Go, M., Ohmori, M., Ikeuchi, M.
  • 雑誌名: Plant Cell Physiol 42(1) ページ: 63-73
  • NAID: 10007423308
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Comparative modeling of CAFASP2 competition (2001)
  • 著者名/発表者名: Iwadate, M., Ebisawa, K., Umeyama, H.
  • 雑誌名: Chem-Bio lnformatics Journal 1(4) ページ: 136-148
  • NAID: 130004138107
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Knowing similarity in protein 3D structure (2001)
  • 著者名/発表者名: Kidera.A.
  • 雑誌名: Tanpakushitsu Kakusan Kouso 46(15) ページ: 2198-2204
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] An auto-modeling in protein 3D structure and an application of drug development (2001)
  • 著者名/発表者名: Umeyama, H., Ebisawa, K.
  • 雑誌名: Farumashia 37(12) ページ: 1099-1103
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Variable subunit contact and cooperativity of hemoglobins (2001)
  • 著者名/発表者名: Shionyu, M., Takahashi, K., Go, M.
  • 雑誌名: J.Mol.Evol. 53(4-5) ページ: 416-429
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] POU Domain (2001)
  • 著者名/発表者名: Yuka, K., Go, M.
  • 雑誌名: Seitaino Kagaku, Mot if/Domain List 52(5) ページ: 384-385
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Ribonuclease-like Domain (2001)
  • 著者名/発表者名: Shirai, T., Go, M.
  • 雑誌名: Seitaino Kagaku, Motif/Domain List 52(5) ページ: 392-393
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Zinc-Finger Domain (2001)
  • 著者名/発表者名: Yuka, K., Go, M.
  • 雑誌名: Seitaino Kagaku, Motif/Domain List 52(5) ページ: 394-395
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Dynamical transition of myoglobin in a crystal : comparative studies of X-ray crystallography and Mossbauer spectroscopy (2001)
  • 著者名/発表者名: Chong, S.-H., Joti, Y., Kidera.A., Go, N., Ostermann, A., Gassmann, A., Parak, F.
  • 雑誌名: European Biophysics J. 30(5) ページ: 319-329
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Environmental influence on electron scattering from a molecule (2001)
  • 著者名/発表者名: Yamashita, H., Kidera, A.
  • 雑誌名: Acta Cryst.Sect A57(pt 5) ページ: 518-525
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Knowledge-based potential defined for a rotamer library to design protein sequences (2001)
  • 著者名/発表者名: Ota.M., Isogai, Y., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Protein Engineer. 14(8) ページ: 557-564
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] On prediction for protein 3D structure (2001)
  • 著者名/発表者名: Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Computer Today 18 ページ: 10-15
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Protein surface amino-acid compositions distinctively differ between thermophilic and mesophilic bacteria (2001)
  • 著者名/発表者名: Fukuchi, S., Nishikawa.K.
  • 雑誌名: J.Mol.Biol. 309(4) ページ: 835-843
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Sampling efficiency of molecular dynamics and Monte Carlo Method in protein simulation (2001)
  • 著者名/発表者名: Yamashita, H., Endo, S., Wako, H., Kidera, A.
  • 雑誌名: Chem.Phys.Lett. 342(3-4) ページ: 382-386
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Two KaiA-binding domains of cyanobacterial circadian clock protein KaiC (2001)
  • 著者名/発表者名: Taniguchi, Y., Yamagushi, A., Hijikata, A., lwasaki.H., Kamagata, K., Ishiura, M., Go, M., Kondo, T.
  • 雑誌名: FEBS Lett. 496(2-3) ページ: 86-90
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Effect of carbonic anhydrase II in the molten globule state on physical properties of dimyristoylphosphatidylcholine liposome (2001)
  • 著者名/発表者名: Sakai, H., Tanaka.M., lmai, K., Sonoyama, M., Mitaku.S.
  • 雑誌名: Jpn.J.Appl.Phys. 40(5B) ページ: 3521-3525
  • NAID: 130004528413
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Human ABCA1 contains a large amino-terminal extracellular domain homologous to an epitope of Sjogren's syndrome (2001)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, A., Ikeda, Y., Abe-Dohmae, S., Arakawa.R., Sadanami, K., Kidera, A., Nakagawa, S., Nagase, T., Aoki, R., Kioka, N., Amachi, T., Yokoyama, S., Ueda, K.
  • 雑誌名: Biochem.Biophys.Res.Commun. 283 (5) ページ: 1019-1025
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Analysis of Genome Function and Evolution on the Basis of Protein Confirmation (2001)
  • 著者名/発表者名: Go, M.
  • 雑誌名: Tanpakushitsu Kakusan Kouso, extra issue, "New Challenge of Genomic Science," 46(16) ページ: 2586-2591
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Directional gene distributions of two mycoplasma species exhibited in the nucleotide composition space (2001)
  • 著者名/発表者名: Nakashima, H., Yamashita, S., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Res.Comm.In Biochem., Cell ＆ Mol.Biol. 5 ページ: 27-35
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] GTOP : a database of protein 3D structure prediction (2001)
  • 著者名/発表者名: Kawabata, T., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Tanpakushitsu Kakusan Kouso, Extra Issue "A new challenge for genome science". 46 ページ: 2592-2597
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Protein dynamics : focusing on bacteriorhodopsin (2001)
  • 著者名/発表者名: Kidera, A.
  • 雑誌名: Kagaku H56 (9) ページ: 70-71
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] An automatic modeling of protein 3D structure (2001)
  • 著者名/発表者名: Umeyama, H., Iwadate, M.
  • 雑誌名: Jikken Igaku, special edition, Genome medical science and basic bioinformatics 19(11) ページ: 180-184
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Conformational characterization of designed minibarnase. (2001)
  • 著者名/発表者名: Takahashi, K., Noguti, T., Hojo, H., Ohkubo, T., Go, M.
  • 雑誌名: Biopolymers 58(3) ページ: 260-267
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Capacity of Thermomonospora alba XylA to impart thermostability in family F/10 chimeric xylanases. (2001)
  • 著者名/発表者名: Ahsan, M.M., Kaneko, S., Wang, Q., Yura, K., Go, M., Hayash, K.
  • 雑誌名: Enzyme Microb.Technol. 28 (1) ページ: 8-15
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Mutational analysis of genes involved in pilus structure, motility and transformation competency in the unicellular motile cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803. (2001)
  • 著者名/発表者名: Yoshihara, S., Geng, X.X., Okamoto, S., Yura, K., Murata, T., Go.M., Ohmori, M., Ikeuchi, M.
  • 雑誌名: Plant Cell Physiol. 42 (1) ページ: 63-73
  • NAID: 10007423308
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Structural/functional assignment of unknown bacteriphage T4 proteins by iterative database searches. (2000)
  • 著者名/発表者名: Kawabata, T., Arisaka, F., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: GENE 259(1-2) ページ: 223-233
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] A novel measure characterized by a polar energy surface approximati on for recognition and classification of transmembrane protein structures. (2000)
  • 著者名/発表者名: Suwa, M., Yudate, H.T., Masuho, Y., Mitaku, S.
  • 雑誌名: PROTEINS 41(4) ページ: 504-517
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] A triangle lattice model that predicts transmembrane helix configuration using a polar jigsaw puzzle. (2000)
  • 著者名/発表者名: Hirokawa, T., Uechi, J., Sasamoto, H., Suwa, M., Mitaku, S.
  • 雑誌名: Protein Engineering 13(11) ページ: 771-778
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Protein structure comparison using the Markov transition model of evolution. (2000)
  • 著者名/発表者名: Kawabata, T., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: PROTEINS 41(1) ページ: 108-122
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Significance of a two-domain structure in subunits of phycobiliproteins revealed by the normal mode analysis. (2000)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi, H., Wako, H., Yura, K., Go, M., Mimuro, M.
  • 雑誌名: Biophysical Journal 79(3) ページ: 1587-1600
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Redesign of artificial globins. Effects of residue replacements at hydrophobic sites on the structural properties. (2000)
  • 著者名/発表者名: Isogai, Y., Ishii, A., Fujisawa, T., Ota, M., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Biochemistry 39(19) ページ: 5683-5690
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Ultrasonic. Properties of a Binary System of a Soluble Proein, a-Lactalbumin and Dimyristoyl Phosphatidylcholine Membrane. (2000)
  • 著者名/発表者名: Sakai, H., Imai, K., Tanaka, M., Sonoyama, M., Mitaku, S.
  • 雑誌名: Jpn. J. Appl. Phys. 39 (5B) ページ: 2948-2949
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] タンパク質の部分立体構造とゲノム機能推定 (2000)
  • 著者名/発表者名: 郷 通子
  • 雑誌名: 生物物理 40(5) ページ: 313-314
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] The genomic DNA sequences of various species are distinctively distributed in nucleotide composition space. (2000)
  • 著者名/発表者名: Nakashima, H., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Res. Comm. Biochem. Cell ＆ Mol. Biol. 4 ページ: 25-45
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] タンパク質の立体構造予測 : ゲノム情報からの立体構造予測 (2000)
  • 著者名/発表者名: 西川建
  • 雑誌名: 生物物理 40(5) ページ: 307-308
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] 概念階層と探索バイアスを用いた・LP手法によるタンパク質機能モデルの発見 (2000)
  • 著者名/発表者名: 石川孝, 美宅成樹, 寺野隆雄
  • 雑誌名: 人工機能学会誌 15(1) ページ: 169-176
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Structural/functional assignment of unknown bacteriphage T4 proteins by iterative database searches. (2000)
  • 著者名/発表者名: Kawabata, T., Arisaka, F., Nishikawa.K.
  • 雑誌名: GENE 259(1-2) ページ: 223-233
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A novel measure characterized by a polar energy surface approximation for recognition and classification of transmembrane protein structures. (2000)
  • 著者名/発表者名: Suwa.M., Yudate, H.T., Masuho, Y., Mitaku, S.
  • 雑誌名: PROTEINS 41 (4) ページ: 504-517
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Protein structure comparison using the Markov transition model of evolution. (2000)
  • 著者名/発表者名: Kawabata, T., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: PROTEINS 41 (1) ページ: 108-122
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Redesign of artificial globins. Effects of residue replacements at hydrophobic sites on the structural properties. (2000)
  • 著者名/発表者名: Isogai, Y., Ishii A., Fujisawa, T., Ota, M., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Biochemistry 39 (19) ページ: 5683-5690
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Ultrasonic Properties of a Binary System of a Soluble Protein, a-Lactalbumin and Dimyristoyl Phosphatidylcholine Membrane. (2000)
  • 著者名/発表者名: Sakai, H., Imai, K.Tanaka, M., Sonoyama, M., Mitaku, S.
  • 雑誌名: Jpn.J.Appl.Phys. 39 (5B) ページ: 2948-2949
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Protein Local Structure and Prediction of Genome Function (2000)
  • 著者名/発表者名: Mitiko Go
  • 雑誌名: Seibutsu Butsuri. 40 (5) ページ: 313-314
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The genomic DNA sequences of various species are distinctively distributed in nucleotide composition space. (2000)
  • 著者名/発表者名: Nakashima, H., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Res.Comm.Biochem.Cell ＆ Mol.Biol. 4 ページ: 25-45
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Prediction for protein 3D structure : from genome information to 3D structure (2000)
  • 著者名/発表者名: Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Seibutsu Butsuri 40 (5) ページ: 307-308
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Discovery of protein function model by using LP-technique with concept hierarchy and search bias (2000)
  • 著者名/発表者名: Ishikawa, T., Mitaku, S., Terano, T.
  • 雑誌名: Jinkoukinougakkaishi 15 (1) ページ: 169-176
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] 「研究成果報告書概要(欧文)」より (2000)
  • 著者名/発表者名: Mitaku. S.
  • 雑誌名: One hundred Q ＆ A on gene; for satisfactorily answering children' s questions. (Kodansya Ltd.) ページ: 246-246
• [図書] 「生命の起源と進化め物理学」ニューバイオフィジックス(シリーズ2) (2003)
  • 著者名/発表者名: 郷 通子(分担執筆)
  • 総ページ数: 231
  • 出版者: 共立出版
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] できるバイオインフォマティクス (2002)
  • 著者名/発表者名: 広川貴次, 美宅成樹
  • 総ページ数: 224
  • 出版者: 中山書店
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] バイオデータベースとウェブッールの手取り足取り活用法 (2002)
  • 著者名/発表者名: 岩舘満雄, 梅山秀明(分担執筆)
  • 総ページ数: 203
  • 出版者: 羊土社
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] あなたにも役立つバイオインフォマティクス (2002)
  • 著者名/発表者名: 木寺詔紀(分担執筆)
  • 総ページ数: 136
  • 出版者: 共立出版
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] 生物と金属 金属イオンの生体内で働く仕組み (2001)
  • 著者名/発表者名: 郷 通子(分担執筆)
  • 総ページ数: 208
  • 出版者: クバプロ
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] 新生物物理の最前線 (2001)
  • 著者名/発表者名: 美宅成樹(分担執筆)
  • 総ページ数: 318
  • 出版者: 講談社
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] 生物物理学とはなにか-未解決問題への挑戦- (2000)
  • 著者名/発表者名: 木寺詔紀(分担執筆)
  • 総ページ数: 308
  • 出版者: 共立出版
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] 生体とエネルギーの物理, 第1章「生命の理解のために」 (2000)
  • 著者名/発表者名: 美宅成樹(分担執筆)
  • 総ページ数: 258
  • 出版者: 裳華房
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] 子どもにきちんと答えられる遺伝子Q＆A100 (2000)
  • 著者名/発表者名: 美宅成樹
  • 総ページ数: 246
  • 出版者: 講談社
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] 生物の働きを生み出すタンパク質のかたち,「タンパク質はどのように進化してきたか」 (2000)
  • 著者名/発表者名: 郷 通子(分担執筆)
  • 総ページ数: 199
  • 出版者: クバプロ
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] プロテオミクスの基礎,「構造から機能を探る」 (2000)
  • 著者名/発表者名: 郷 通子(分担執筆)
  • 総ページ数: 166
  • 出版者: 講談社
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Yamaguchi, A. et al.: "Enlarged FAMSBASE : 3D protein structure models of genome sequences for 41 species"Nucleic Acids Research. 31・1. 463-468 (2003)
• [文献書誌] Fukuchi, S. et al.: "Unique amino acid composition of proteins in halophilic bacteria"J.Mol.Biol.. (in press). (2003)
• [文献書誌] Nakashima, H. et al.: "Compositional changes in RNA, DNA and proteins for bacterial adaptation to higher and lower temperatures"J.Biochem.. (in press). (2003)
• [文献書誌] Komatsu, K. et al.: "Third Solvent Clusters Fitting for Protein-Protein Interaction Prediction"PROTEINS, Structure, Function and Genetics. (in press). (2003)
• [文献書誌] Terada, T. et al.: "A method for evaluating multicanonical potential function without iterative refinement : Application to conformational sampling of a globular protein in water"Journal of Chemical Physics. 118(in press). (2003)
• [文献書誌] Koike, R. et al.: "Ring and zipper formation is the key to understanding the structural variety in all beta proteins"FEBS Letters. 533. 9-13 (2003)
• [文献書誌] Homma, K. et al.: "A systematic investigation identifies a significant number of probable pseudogenes in the Escherichia coli genome"Gene. 294・1. 25-33 (2002)
• [文献書誌] Mitaku, S. et al.: "Amphiphilicity Index of Polar Amino Acids as an Aid in the Characterization of Amino Acid Preference at Membrane-water Interfaces"Bioinformatics. 18・4. 608-616 (2002)
• [文献書誌] Takeda, S. et al.: "Identification of G Protein-coupled Receptor Genes from the Human Genome Sequence"FEBS Letters. 520・1-3. 97-101 (2002)
• [文献書誌] Yokoyama, Y. et al.: "Irreversible Photobleaching of Bacteriorhodopsin in a High-temperature Intermediate State"J Biochem.. 131・6. 785-790 (2002)
• [文献書誌] Nakayama, S. et al.: "Fluorescence Imaging of Metabolic Responses in Single Mitochondria"Biochem.Biophys.Res.Commun.. 290・1. 23-28 (2002)
• [文献書誌] Joti, Y et al.: "Nonlinear temperature dependence of crystal structure of Lysozyme : Correlation between coordinate shifts and thermal factors"Acta Crystallographica Section D : Biological Crystallography. 58・9. 1421-1432 (2002)
• [文献書誌] 木寺詔紀: "蛋白質機能発現のダイナミクス的側面"物理学会誌. 58(in press). (2003)
• [文献書誌] 由良 敬, 郷 通子: "モジュールに基づく機能予測-3Dキーノート"蛋白質核酸酵素. 47・8. 1090-1096 (2002)
• [文献書誌] 郷 通子: "遺伝子構造の進化とプロテオーム解析"学術月報. 55・15. 1141-1147 (2002)
• [文献書誌] 西川 建: "ゲノム情報からタンパク質立体構造予測へ:GTOPデータベースの構築とそれを利用した応用研究"生物物理. 42・5. 224-229 (2002)
• [文献書誌] 美宅成樹: "SOSUIによるゲノムからの膜タンパク質予測"生物物理. 42・3. 104-109 (2002)
• [文献書誌] 美宅成樹: "ゲノムスケールでの膜蛋白質の同定"蛋白質核酸酵素. 47・8. 1102-1108 (2002)
• [文献書誌] 美宅成樹, 五味雅裕, 園山正史: "ゲノムにおける生物情報"可視化情報学会誌. 22・84. 2-9 (2002)
• [文献書誌] 岩舘満雄, 梅山秀明: "FAMS:配列からタンパク質立体構造ホモロジーモデリング"生物物理. 42・6. 282-284 (2002)
• [文献書誌] 郷 通子(分担執筆): "「生命の起源と進化の物理学」ニューバイオフィジックス(シリーズ2)"共立出版. 231 (2003)
• [文献書誌] 木寺詔紀(分担執筆): "生物物理学とはなにか-未解決問題への挑戦-"共立出版(in press). (2003)
• [文献書誌] 広川貴次, 美宅成樹: "できるバイオインフォマティクス"中山書店. 224 (2002)
• [文献書誌] 岩舘満雄, 梅山秀明(分担執筆): "バイオデータベースとウェブツールの手取り足取り活用法"羊土社. 203 (2002)
• [文献書誌] 木寺詔紀(分担執筆): "あなたにも役立つバイオインフォマティクス"共立出版. 136 (2002)
• [文献書誌] Shionyu, M.et al.: "Variable subunit contact and cooperativity of hemoglobins"J. Mol. Evol.. 53. 416-429 (2001)
• [文献書誌] Taniguchi, Y. et al.: "Two KaiA-binding domains of cyanobacterial circadian clock protein KaiC"FEBS Lett.. 496. 1-5 (2001)
• [文献書誌] 由良 敬, 郷 通子: "POUドメイン"生体の科学 モチーフ・ドメインリスト. 52・5. 384-385 (2001)
• [文献書誌] 白井 剛, 郷 通子: "リボヌクレアーゼ様ドメイン"生体の科学 モチーフ・ドメインリスト. 52・5. 392-393 (2001)
• [文献書誌] 由良 敬, 郷 通子: "ジンクフィンガードメイン"生体の科学 モチーフ・ドメインリスト. 52・5. 394-395 (2001)
• [文献書誌] 郷 通子: "蛋白質立体構造情報からのゲノム機能解読・進化の解析"蛋白質核酸酵素 増刊号「ゲノムサイエンスの新たなる挑戦」. 46・16. 2586-2591 (2001)
• [文献書誌] Kawabata, T. et al.: "GTOP : A database of protein structures predicted predicted from genome sequences"Nucl.Acids Res.. 30. 294-298 (2002)
• [文献書誌] Fujishima, H. et al.: "Kds A mutations affect FtsZ-ring formation in Escherichia coli K-12"Microbiology. 148. 103-112 (2002)
• [文献書誌] Fukuchi, S., Nishikawa, K.: "Protein surface amino-acid composition distinctively differ between thermophilic and mesophilic bacteria"J. Mol. Biol.. 309. 835-843 (2001)
• [文献書誌] Ota, M.et al.: "Knowledge-based potential defined for a rotamer library to design protein sequences"Protein Engineer.. 14. 557-564 (2001)
• [文献書誌] Nakashima, H.et al.: "Directional gene distributions of two mycoplasma species exhibited in the nucleotide composition space"Res. Comm.In Biochem., Cell&Mol. Biol.. 5. 27-35 (2001)
• [文献書誌] 川端猛, 西川建: "蛋白質立体構造予測データベースGTOP"蛋白質核酸酵素 増刊号「ゲノムサイエンスの新たなる挑戦」. 46. 2592-2597 (2001)
• [文献書誌] 西川建: "タンパク質立体構造の予測問題"Computer Today. 18. 10-15 (2001)
• [文献書誌] Mitaku, S. et al.: "Amphiphilicity index of polar amino acids as an aid in the characterization of amino acid preference at membrane-water interfaces"Bioinformatics. (印刷中). (2002)
• [文献書誌] Sakai, H. et al.: "Effect of carbonic anhydrase II in the molten globule state on physical properties of dimyristoylphosphatidylcholine liposome"Jpn. J. Appl. Phys.. 40. 3521-35252 (2001)
• [文献書誌] Iwadate, M. et al.: "Comparative modeling of CAFASP2 competition"Chem-Bio Informatics Journal. 1・4. 136-148 (2001)
• [文献書誌] Chong, S.-H.et al.: "Dynamical transition of myoglobin in a crystal. comparative studies of X-ray crystallography and Mossbauer spectroscopy"European Biophysics J.. 30・5. 319-329 (2001)
• [文献書誌] Yamashita H., Kidera, A.: "Environmental influence on electron scattering from a molecule"Acta Cryst.Sect. A57・5. 518-525 (2001)
• [文献書誌] Yamashita, H.et al.: "Sampling efficiency of molecular dynamics and Monte Carlo Method in protein simulation"Chem. Phys. Lett.. 342・3-4. 382-386 (2001)
• [文献書誌] Tanaka, A. et al.: "Human ABCA1 contains a large amino-terminal extracellular domain homologous to an epitope of Sjogren's syndrome"Biochem. Biophys. Res. Commun.. 283・5. 1019-1025 (2001)
• [文献書誌] 木寺詔紀: "タンパク質のダイナミクス-バクテリオロドプシンを中心にして"化学. 56・9. 70-71 (2001)
• [文献書誌] 木寺詔紀: "立体構造の類似性を知る"蛋白質核酸酵素. 46・12. 2198-2204 (2001)
• [文献書誌] Terada T., Kidera A.: "A generalized form of the conserved quantity in constant-temperature molecular dynamics"J. Chem. Phys.. 116・1. 33-41 (2002)
• [文献書誌] 梅山秀明, 岩館満雄: "タンパク質立体構造の自動モデリング"実験医学 増刊 ゲノム医科学と基礎からのバイオインフォマティックス. 19・11. 180-184 (2001)
• [文献書誌] 梅山秀明, 海老沢計慶: "タンパク質立体構造の自動モデリングと創薬への応用"ファルマシア. 37・12. 1099-1103 (2001)
• [文献書誌] 梅山秀明, 海老沢計慶: "生物ゲノムの機能予測を目指して"情報処理. 43・1. 29-35 (2002)
• [文献書誌] 郷 通子(分担執筆): "生物と金属 金属イオンの生体内で働く仕組み"クバプロ. 207 (2001)
• [文献書誌] 美宅成樹(分担執筆): "新生物物理の最前線"講談社. 317 (2001)
• [文献書誌] Kikuchi,H. et al.: "Significance of a Two-Domain Structure in Subunits of Phycobiliproteins Revealed by the Normal Mode Analysis."Biophysical Journal. 79・3. 1587-1600 (2000)
• [文献書誌] 郷通子: "タンパク質の部分立体構造とゲノム機能推定"生物物理. 40・5. 313-314 (2000)
• [文献書誌] Yoshihara,S. et al.: "Mutational analysis of genes involved in pilus structure, motility and transformation competency in the unicellular motile cyanobacterium Synechocystis sp.PCC 6803."Plant Cell Physiol.. 42. 63-73 (2001)
• [文献書誌] Takahashi,K. et al.: "Conformational characterization of designed minibarnase."Biopolymers. 58・3. 260-267 (2001)
• [文献書誌] Ahsan,M.M. et al.: "Capacity of Thermoonospora alba XylA to impart thermostability in family F/10 chimeric xylanases."Enzyme Microb.Technol.. 28. 8-15 (2001)
• [文献書誌] Kawabata,T. et al.: "Structural/functional assignment of unknown bacteriphage T4 proteins by iterative database searches."GENE. 259. 223-233 (2000)
• [文献書誌] Kawabata,T. et al.: "Protein structure comparison using the Markov transition matrix of evolution."PROTEINS. 41. 108-122 (2000)
• [文献書誌] Isogai,Y. et al.: "Redesign of artificial globins. Effects of residue replacements at hydrophobic sites on the structural"Biochemistry. 39. 5683-5690 (2000)
• [文献書誌] Nakashima,H. et al.: "The genomic DNA sequences of various species are distinctively distributed in nucleotide composition space."Res.Comm.Biochem.Cell & Mol.Biol.. 4. 25-45 (2000)
• [文献書誌] 西川建: "ゲノム情報からの立体構造予測"生物物理. 231. 307-308 (2000)
• [文献書誌] 石川孝,美宅成樹,寺野隆雄: "概念階層と探索バイアスを用いた・LP手法によるタンパク質機能モデルの発見"人工機能学会誌. 15・1. 169-176 (2000)
• [文献書誌] Sakai,H. et al.: "Ultrasonic Properties of a Binary System of a Soluble Proein, a-Lactalbumin and Dimyristoyl Phosphatidylcholine Membrane."Jpn.J.Appl.Phys.. 39. 2948-2949 (2000)
• [文献書誌] Suwa,M. et al.: "A novel measure characterized by a polar energy surface approximation for recognition and classification of transmembrane protein structures."PROTEINS. 41・4. 504-517 (2000)
• [文献書誌] Hirokawa,T. et al.: "A triangle lattice model that predicts transmembrane helix configuration using a polar jigsaw-puzzle."Protein Engineering. 13・11. 771-778 (2000)
• [文献書誌] 郷通子(分担執筆): "生物の働きを生み出すタンパク質のかたち,「タンパク質はどのように進化してきたか」"クバプロ. 199 (2000)
• [文献書誌] 郷通子(分担執筆): "プロテオミクスの基礎,「構造から機能を探る」"講談社. 166 (2000)
• [文献書誌] 美宅成樹(分担執筆): "生体とエネルギーの物理,第1章「生命の理解のために」"裳華房. 258 (2000)
• [文献書誌] 美宅成樹: "子どもにきちんと答えられる遺伝子Q&A100"講談社. 246 (2000)