| 研究課題/領域番号 |
12208003
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| 研究種目 |
特定領域研究
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
森下 真一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (90292854)
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| 研究分担者 |
後藤 修 京都大学, 大学院・情報学研究科, 教授 (40142111)
土井 晃一郎 東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 科学技術振興特任教員 (10345126)
瀬々 潤 東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 科学技術振興特任教員 (40361539)
西田 友是 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (10131690)
阿久津 達也 京都大学, 化学研究所, 教授 (90261859)
松田 秀雄 大阪大学, 大学院・基礎工学研究科情報数理系専攻, 助教授 (50183950)
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| 研究期間 (年度) |
2000 – 2004
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| 研究課題ステータス |
完了 (2004年度)
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| 配分額 *注記 |
107,100千円 (直接経費: 107,100千円)
2004年度: 25,000千円 (直接経費: 25,000千円)
2003年度: 25,000千円 (直接経費: 25,000千円)
2002年度: 23,100千円 (直接経費: 23,100千円)
2001年度: 34,000千円 (直接経費: 34,000千円)
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| キーワード | バイオインフォマティクス / ゲノム解読 / siRNA / 転写開始点 / 比較ゲノム / 表現型 / フェノーム / 顕微鏡画像解析 / 遺伝子予測 / ゲノムアノテーション / RNAi / 遺伝子発現量解析 / ゲノム配列解読 / ゲノム解析ソフトウエア / DNAチップ / オリゴマ設計 / ゲノム情報 / アルゴリズム / データマイニング / ヒトゲノム / アラインメント / アミノ酸モチーフ / データベース / ゲノム |
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| 研究概要 |
ゲノム配列の決定により,遺伝子配列に関する知識はより完備な状態に近づくと考えられる。われわれは,平成12年度より一貫して,大規模なゲノムデータを高速に解析し,知識発見を促すようなソフトウエアについて研究した。主な成果を以下に示す。
・高感度ゲノミックPCRプライマ設計技術の開発とチンパンジーY染色体の解析
・ヒト/マウス遺伝子阻害のためのsiRNA配列設計ソフトウエアの研究開発と公開
・5'SAGE解析ソフトウエアの研究開発と公開
・ゲノム配列を解読するWhole Genome Shotgun Assemblerの研究開発
・メダカゲノム概要配列決定
・5'SAGE法を使った遺伝子推定アルゴリズムの研究
・比較ゲノムのための高速アラインメントソフトウエアの研究開発と公開
・脊椎動物ゲノム進化の全体像の解明
・新規繰返し配列を推定するソフトウエアの研究開発
・ゲノム配列をアノテーションするためのゲノムブラウザーの研究開発と公開
・遺伝子発現量等のデータから機能予測するデータマイニング技術の研究開発
・蛋白質コード領域予測技術の研究
・ショウジョウバエの翅脈解析ソフトウエアの研究
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