タンパク質立体構造情報からのゲノム機能解読・進化の解析

• 研究課題/領域番号: 12208006
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 長浜バイオ大学 (2003-2004); 名古屋大学 (2000-2002)
• 研究代表者: 郷 通子 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 教授 (70037290)
• 研究分担者: 高橋 健一 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 助教授 (20322737) ; 白井 剛 生物分子工学研究所, 生命情報解析部門, 主任研究員 (00262890) ; 曽田 邦嗣 (曽田 国嗣) 長岡技術科学大学, 生物系, 教授 (10011686) ; 由良 敬 日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 副主任研究員 (50252226) ; 木寺 詔紀 京都大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (00186280)
• 研究期間 (年度): 2000 – 2004
• 研究課題ステータス: 完了 (2004年度)
• 配分額: 112,800千円 (直接経費: 112,800千円); 2004年度: 24,000千円 (直接経費: 24,000千円); 2003年度: 24,000千円 (直接経費: 24,000千円); 2002年度: 30,800千円 (直接経費: 30,800千円); 2001年度: 34,000千円 (直接経費: 34,000千円)
• キーワード: ゲノム機能予測 / モジュール / 3Dキーノート / らん藻ゲノム / ヒトゲノム・アノテーション / 糖鎖-タンパク質相互作用 / 疎水クラスタ / 選択的スプライシング / タンパク質間ネットワーク / HetPDB-Navi / RNA・タンパク質相互作用 / FAMSBASE / タンパク質-RNA相互作用 / 水和 / タンパク質-リガンド相互作用 / Het PDB-Navi / ヒトゲノムアノテーション / すき間 / タンパク質-糖鎖相互作用 / 疎水核 / サブユニット相互作用 / タンパク質-糖鎖予測 / タンパク質立体構造予測 / タンパク質フォールディング / 形質転換 / タンパク質-リガンド相互作用予測法 / 確率的アラインメント法 / 疎水殻の自動同定

研究概要

ゲノムから推定されるORFの機能予測法として、タンパク質モジュールの立体構造と機能の特徴を、アミノ酸配列パターン(3Dキーノート)に変換する方法を開発した。らん藻ゲノムに適用してORF(slr0197)の機能を推定し、共同研究によって実験的に実証した。さらに各種機能の3Dキーノートの自動作成方法を確立し、196種類の3Dキーノート作成に成功した。その予測精度の評価結果は平均約85%であった。らん藻ゲノムへ適用し機能未知ORFの約12%に機能を推定する手がかりが得られた。またヒトゲノム・アノテーション(H-invitational)にも活用された(由良、郷)。
糖鎖-タンパク質相互作用予測システムの開発を行った。予測効率は、厳密評価で25%、ゆるやかな評価で66%であり、既存の方法よりかなり向上していた。本システムの実験的検証の為、レクチンなどの糖結合タンパク質の複合体の結晶構造解析を行った。コンジェリンについては6種の新規複合体の構造解析を行い、システムに予測された糖結合部位の実在を支持する結果を得た(白井)。
疎水クラスタ残基の鎖のトポロジーが分子鎖のそれの簡約表現になることを見出した。疎水クラスタ残基からなる擬ペプチド鎖の分子動力学模擬計算と生成する構造のクラスタ解析から、それらは、非特異的な疎水凝集力により分子鎖をコンパクト化し、探索空間を減少させて折り畳み過程を加速する役割を果たすことを明らかにした(曽田)。
選択的スプライシング(AS)同定法を独自に開発し、ヒト完全長cDNAデータを網羅的に解析することにより、ASで変化する領域の大多数はドメイン・サイズよりも短いこと、ASによる変化はそのタンパク質産物の立体構造の不安定化または相互作用部位の消失につながり、それによりタンパク質問ネットワークのパスを変える可能性を見出した(郷、高橋)。

研究成果

• [雑誌論文] An empirical approach for detecting nucleotide-binding sites on proteins. (2006)
  • 著者名/発表者名: Saito, M., Go, M., Shirai, T.
  • 雑誌名: Protein Eng Des Sel. 19 (2) ページ: 67-75
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] "structure and properties of water ", "models for water molecules", "hydration of biomolecules ", "structural analysis of nonnative status ", "structural fluctuation and experimentally observable quantities" (2006)
  • 著者名/発表者名: Soda, K.
  • 雑誌名: Bioinformatics Jiten, Nihon Bioinfprmatics Gakkai-hen (Kyoritsu Syuppan Co.Ltd.) (in press)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] In vitro evolutionary thermostabilization of congerin II : a limited reproduction of natural protein evolution by artificial selection pressure. (2005)
  • 著者名/発表者名: Shionyu-Mitsuyama, C., Ito, Y., Konno, A., Miwa, Y., Ogawa, T., Muramoto, K., Shirai, T.
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 347 ページ: 385-397
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] An empirical approach for detecting nucleotide-binding sites on proteins. (2005)
  • 著者名/発表者名: Saito, M., Go, M., Shirai, T.
  • 雑誌名: Protein Eng Des Sel. 19(2) ページ: 67-75
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] In vitro evolutionary thermostabilization of congerin II : a limited reproduction of natural protein evolution by artificial selection pressure. (2005)
  • 著者名/発表者名: Shionyu-Mitsuyama, C., Ito, Y., Konno, A., Miwa, Y., Ogawa, T., Muramoto, K., Shirai, T.
  • 雑誌名: J.Mol.Biol. 347 ページ: 385-397
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Post-genome Era and Importance of Protein Thermodynamics (2005)
  • 著者名/発表者名: Soda, K.
  • 雑誌名: NetsuSokutei 32 ページ: 7-12
  • NAID: 10029864974
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] 4.1 physical interaction (2005)
  • 著者名/発表者名: Soda, K.(Joint Contribution)
  • 雑誌名: Tanpakushitsu Kagaku (Kagaku-Dojin Publishing Co.Inc) ページ: 171-183
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] ポストゲノム時代と蛋白質分子熱力学の重要性 (2005)
  • 著者名/発表者名: 曽田 邦嗣
  • 雑誌名: 熱測定 32 ページ: 7-12
  • NAID: 10029864974
• [雑誌論文] In vitro evolutionary thermostabilization of congerin II : a limited repreduction of natural protein evolution by artificial selection pressure (2005)
  • 著者名/発表者名: C.Shionyu-Mitsuyama, Y.Ito, A.Konno, Y.Miwa, T.Ogawa, K.Muramoto, T.Shirai
  • 雑誌名: Journal of Molecular Biology 347 ページ: 385-397
• [雑誌論文] Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones (2004)
  • 著者名/発表者名: Imanishi, T. et al.
  • 雑誌名: PLoS Biology 2(6) ページ: 856-875
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Structure and function of a family 10 beta-xylanase chimera of Streptomyces olivaceoviridis E-86 FXYN and Cellulomonas fimi Cex. (2004)
  • 著者名/発表者名: Kaneko, S. et al.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 279 ページ: 26619-26626
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Het-PDB Navi. : A database for protein-small molecule interactions. (2004)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, A., Iida, K., Matsui, N., Tomoda, S., Yura, K., Go, M.
  • 雑誌名: J. Biochem. (Tokyo) 135 ページ: 79-84
  • NAID: 10016197573
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones (2004)
  • 著者名/発表者名: Imanishi T et al.
  • 雑誌名: PLoS Biology 2(6) ページ: 856-875
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Structure and function of a family 10 beta-xylanase chimera of Streptomyces olivaceoviridis E-86 FXYN and Cellulomonas fimi Cex. (2004)
  • 著者名/発表者名: Kaneko, S., Ichinose, H., Fujimoto, Z., Kuno, A., Yura, K., Go, M., Mizuno, H., Kusakabe, I., Kobayashi, H.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 279 ページ: 26619-26626
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Het-PDB Navi. : A database for protein-small molecule interactions (2004)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, A., Iida, K., Matsui, N., Tomoda, S., Yura, K., and, Go, M.
  • 雑誌名: J.Biochem. (Tokyo) 135 ページ: 79-84
  • NAID: 10016197573
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Structure and function of a family 10 beta-xylanase chimera of Streptomyces olivaceoviridis E-86 FXYN and Cellulomonas fimi Cex. (2004)
  • 著者名/発表者名: Kaneko S et al.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem 279(25) ページ: 26619-26626
• [雑誌論文] The use of ACORN in solving a 39.5 kDa macromolecule with 1.9 A resolution laboratory source data. (2004)
  • 著者名/発表者名: V.Rajakannan, S.Selvanayagam, T.Yamane, T.Shirai, T.Kobayashi, S.Ito, D.Velmurugan
  • 雑誌名: Journal of Synchrotoron Radiation 11 ページ: 358-362
• [雑誌論文] Applications of ACORN to data at 1.45 A resolution. (2004)
  • 著者名/発表者名: V.Rajakannan, T.Yamane, T.Shirai, T.Kobayahi, S.Ito, D.Velmurugan
  • 雑誌名: Journal of Synchrotoron Radiation 11 ページ: 64-67
• [雑誌論文] 表現形質としてのたんぱく質とその進化 (2004)
  • 著者名/発表者名: 郷通子
  • 雑誌名: 科学(岩波書店) 第74巻 ページ: 1240-1245
• [雑誌論文] Role of KaiC phosphorylation in the circadian clock system of Synechococcus elongatus PCC 7942 (2004)
  • 著者名/発表者名: Nishiwaki T, Satomi Y, Nakajima M, Lee C, Kiyohara R, Kageyama H, Kitayama Y, Temamoto M, Yamaguchi A, Hijikata A, Go M, Iwasaki H, Takao T, Kondo
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A 101(38) ページ: 13927-13932
• [雑誌論文] Enlarged FAMSBASE : protein 3D structure models of genome sequences for 41 species. (2003)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, A., Iwadate, M., Suzuki, E., Yura, K., Kawakita, S., Umeyama, H., Go, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 31 ページ: 463-468
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] An empirical approach for structure-based prediction of carbohydrate-binding sites on proteins. (2003)
  • 著者名/発表者名: Shionyu-Mitsuyama, C., Shirai, T., Ishida, H., Yamane, T.
  • 雑誌名: Protein. Engng. 16 ページ: 467-478
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray study of α-glucosidase from Geobacill us sp. strain HTA-462, one of the deepest sea bacteria. (2003)
  • 著者名/発表者名: Shirai, T., Hung, V.-S., Akita, M., Hatada, Y., Ito, S., Horikoshi, K.
  • 雑誌名: Acta Cryst. D 59 ページ: 1278-1279
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Translated products of tandem microgene repeats exhibit diverse properties also seen in natural proteins. (2003)
  • 著者名/発表者名: Shiba, K., Shirai, T., Homma, T., Noda, T.
  • 雑誌名: Protein. Engng. 16 ページ: 57-63
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] The speciation of conger eel galectins by rapid adaptive evolution. (2003)
  • 著者名/発表者名: Ogawa, T., Shirai, T., Shionyu-Mitsuyama, C., Yamane, T., Kamiya, H., Muramoto, K.
  • 雑誌名: Glyco. J. 19 ページ: 451-458
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Structural Stability and Solution Structure of Chaperonin GroES Heptamer Studied by Synchrotron Small-angle X-ray Scattering (2003)
  • 著者名/発表者名: Higurashi, T, Hiragi, Y., Ichimura, K., Seki, Y., Soda, K., Mizobata, T., Kawata, Y.
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 333 ページ: 605-620
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Chondroitin sulfate synthase-2. Molecular cloning and characterization of a novel human glycosyltransferase homologous to chondroitin sulfate glucuronyl transferase; which has dual enzymatic activities. (2003)
  • 著者名/発表者名: Yada, T. et al.
  • 雑誌名: J. Bio.l Chem. 278(32) ページ: 30235-30247
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Distinct Interaction of Versican/PG-M with Hyaluronan and Link Protein. (2003)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto, K., Shionyu, M, Go, M., Shimizu, K., Shinomura, T., Kimata K., Watanabe, H.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 278(42) ページ: 41205-41212
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Enlarged FAMSBASE : protein 3D structure models of genome sequences for 41 species (2003)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, A., Iwadate, M., Suzuki, E., Yura, K., Kawakita, S., Umeyama, H., Go, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 31 ページ: 463-468
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] An empirical approach for structure-based prediction of carbohydrate-binding sites on proteins (2003)
  • 著者名/発表者名: Shionyu-Mitsuyama, C., Shirai, T., Ishida, H., Yamane, T.
  • 雑誌名: Protein.Engng. 16 ページ: 467-478
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray study of a-glucosidase from Geobacillus sp. strain HTA-462, one of the deepest sea bacteria (2003)
  • 著者名/発表者名: Shirai, T., Hung, V.-S., Akita, M., Hatada, Y., Ito, S., Horikoshi, K.
  • 雑誌名: Acta Cryst.D 59 ページ: 1278-1279
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Translated products of tandem microgene repeats exhibit diverse properties also seen in natural proteins (2003)
  • 著者名/発表者名: Shiba, K., Shirai, T., Homma, T., Noda, T.
  • 雑誌名: Protein.Engng. 16 ページ: 57-63
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The speciation of conger eel galectins by rapid adaptive evolution (2003)
  • 著者名/発表者名: Ogawa, T., Shirai, T., Shionyu-Mitsuyama, C., Yamane, T., Kamiya, H., Muramoto, K.
  • 雑誌名: Glyco. J. 19 ページ: 451-458
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Structural Stability and Solution Structure of Chaperonin GroES Heptamer Studied by Synchrotron Small-angle X-ray Scattering (2003)
  • 著者名/発表者名: Higurashi, T, Hiragi, Y., Ichimura, K., Seki, Y., Soda, K., Mizobata, T., Kawata, Y.
  • 雑誌名: J.Mol.Biol. 333 ページ: 605-620
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Chondroitin sulfate synthase-2. Molecular cloning and characterization of a novel human glycosyltransferase homologous to chondroitin sulfate glucuronyltransferase, which has dual enzymatic activities. (2003)
  • 著者名/発表者名: Yada, T., Gotoh, M., Sato, T., Shionyu, M., Go, M., Kaseyama, H., Iwasaki, H., Kikuchi, N., Kwon, Y.D., Togayachi, A., Kudo, T., Watanabe, H., Narimatsu, H., Kimata, K.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 278 (32) ページ: 30235-30247
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Distinct Interaction of Versican/PG-M with Hyaluronan and Link Protein. (2003)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto, K., Shionyu, M., Go, M., Shimizu, K., Shinomura, T., Kimata K., Watanabe, H.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem 278(42) ページ: 41205-41212
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Changes of protein structure and function on accelerated evolution : a case of fish galectin (2003)
  • 著者名/発表者名: Shirai, T., Shionyu-Mitsuyama, C., Ogawa, T.
  • 雑誌名: Tanpakushitsu Kakusan Kouso 48 ページ: 1913-1919
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Crystal structure of a conger eel galectin (congerin II) at 1.45 A resoluti on : Implication for the accelerated evolution of a new ligand-binding site following gene duplication. (2002)
  • 著者名/発表者名: Shirai, T. et al.
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 322 ページ: 879-889
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Adaptive evolution of conger eel galectins. (2002)
  • 著者名/発表者名: Ogawa, T., Shirai, T., Yamane, T., Muramoto, K.
  • 雑誌名: Trend Glyco. 14 ページ: 177-187
  • NAID: 10012195824
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Direct Detection of the Protein Quaternary Structure and Denatured Entity by a Small-Angle Scattering Method : Guanidine Hydrochloride Denaturation of Chaperonin Protein GroEL (2002)
  • 著者名/発表者名: Hiragi, Y., Seki, Y., Ichimura, K., Soda, K.
  • 雑誌名: J. Appl. Cryst. 35 ページ: 1-7
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Contribution of Solvent Water to the Solution X-ray Scattering Profile of Proteins (2002)
  • 著者名/発表者名: Seki, Y., Tomizawa, T., Khechinashvili, N.N., Soda, K.
  • 雑誌名: Biophys. Chem. 95 ページ: 235-252
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Crystal structure of a conger eel galectin (congerin II) at 1.45 A resolution : Implication for the accelerated evolution of a new ligand-binding site following gene duplication (2002)
  • 著者名/発表者名: Shirai, T., Matsui, Y., Shionyu-Mitsuyama, C., Yamane, T., Kamiya, H., Ishii, C., Ogawa, T., Muramoto, K.
  • 雑誌名: J.Mol.Biol. 322 ページ: 879-889
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Adaptive evolution of conger eel galectins (2002)
  • 著者名/発表者名: Ogawa, T., Shirai, T., Yamane, T., Muramoto, K.
  • 雑誌名: Trend Glyco. 14 ページ: 177-187
  • NAID: 10012195824
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Direct Detection of the Protein Quaternary Structure and Denatured Entity by a Small-Angle Scattering Method : Guanidine Hydrochloride Denaturation of Chaperonin Protein GroEL (2002)
  • 著者名/発表者名: Hiragi, Y., Seki, Y., Ichimura, K., Soda, K.
  • 雑誌名: J.Appl.Cryst. 35 ページ: 1-7
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Contribution of Solvent Water to the Solution X-ray Scattering Profile of Proteins (2002)
  • 著者名/発表者名: Seki, Y., Tomizawa, T., Khechinashvili, N.N., Soda, K.
  • 雑誌名: Biophys.Chem. 95 ページ: 235-252
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] 3D-keynote : genome function prediction based on protein module (2002)
  • 著者名/発表者名: Yura, K., Go, M.
  • 雑誌名: Tanpakushitsu Kakusan Kouso 47 (8) ページ: 1090-1096
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A Protein-Fold Evolution and Protein Structure Predictions (2002)
  • 著者名/発表者名: Shirai, T.
  • 雑誌名: Journal of the Crystallographic Society of Japan 44 ページ: 20-24
  • NAID: 10007767165
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Capacity of Thermoonospora alba XylA to impart thermostability in family F/10 chimeric xylanases. (2001)
  • 著者名/発表者名: Ahsan M.M., Kaneko, S., Wang, Q., Yura, K., Go, M., Hayashi K.
  • 雑誌名: Enzyme Microb. Technol. 28 ページ: 8-15
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Mutational analysis of genes involved in pilus structure, motility and transformation competency in the unicellular motile cyanobacterium Synechoc ystis sp. PCC 6803. (2001)
  • 著者名/発表者名: Yoshihara, S., Geng, X.X., Okamoto, S., Yura, K., Murata, T., Go M., Ohmori, M., Ikeuchi, M.
  • 雑誌名: Plant Cell Physiol. 42 ページ: 63-73
  • NAID: 10007423308
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Crystal structure of alklaine cellulase K : insight into the alkaline adaptation of an industrial enzyme. (2001)
  • 著者名/発表者名: Shirai, T., Ishida, H., Noda, J., Yamane, T., Ozaki, K., Hakamada, Y., Tto.S.
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 310 ページ: 1079-1087
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Variable subunit contact and cooperativity of hemoglobins (2001)
  • 著者名/発表者名: Shionyu, M., Takahashi, K., Go, M.
  • 雑誌名: J. Mol. Evol. 53 ページ: 416-429
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Capacity of Thermoonospora alba XylA to impart thermostability in familyF/10 chimeric xylanases (2001)
  • 著者名/発表者名: Ahsan M.M., Kaneko, S., Wang, Q., Yura, K., Go, M., Hayashi K.
  • 雑誌名: Enzyme Microb. Technol. 28 ページ: 8-15
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Mutational analysis of genes involved in pilus structure, motility and transformation competency in the unicellular motile cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 (2001)
  • 著者名/発表者名: Yoshihara, S., Geng, X.X., Okamoto, S., Yura, K., Murata, T., Go M., Ohmori, M., Ikeuchi, M.
  • 雑誌名: Plant Cell Physiol. 42 ページ: 63-73
  • NAID: 10007423308
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Crystal structure of alklaine cellulase K : insight into the alkaline adaptation of an industrial enzyme (2001)
  • 著者名/発表者名: Shirai, T., Ishida, H., Noda, J., Yamane, T., Ozaki, K., Hakamada, Y., Ito, S.
  • 雑誌名: J.Mol.Biol. 310 ページ: 1079-1087
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Variable subunit contact and cooperativity of hemoglobins (2001)
  • 著者名/発表者名: Shionyu, M., Takahashi, K., Go, M.
  • 雑誌名: J.Mol.Evol. 53 ページ: 416-429
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Module shuffling of a family F/10 xylanase : replacement of modules M4 and M5 of the FXYN of Streptomyces olivaceoviridis E-86 with those of the Cex of Cellulomonas fimi. (2000)
  • 著者名/発表者名: Kaneko, S. et al.
  • 雑誌名: Protein Engng. 13 ページ: 873-879
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Significance of a two-domain structure in subunits of phycobiliproteins revealed by the normal mode analysis. (2000)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi, H., Wako, H., Yura, K., Go, M., Mimuro, M.
  • 雑誌名: Biophysical Journal 79 ページ: 1587-1600
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Module shuffling of a family F/10 xylanase : replacement of modules M4and M5 of the FXYN of Streptomyces olivaceoviridis E-86 with those of the Cex of Cellulomonas fimi. (2000)
  • 著者名/発表者名: Kaneko, S., Iwamatsu, S., Kuno, A., Fujimoto, Z., Sato, Y., Yura, K., Go, M., Mizuno, H., Taira, K., Hasegawa, T., Kusakabe, I., Hayashi, K.
  • 雑誌名: Protein Engng. 13 ページ: 873-879
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Significance of a two-domain structure in subunits of phycobiliproteins revealed by the normal mode analysis (2000)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi, H., Wako, H., Yura, K., Go, M., Mimuro, M.
  • 雑誌名: Biophysical Journal 79 ページ: 1587-1600
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] "水の構造と特性","水分子のモデル","生体分子の水和","非天然状態の構造解析","揺らぎと実験観測量"
  • 著者名/発表者名: 曽田 邦嗣
  • 雑誌名: バイオインフォマティクス事典(日本バイオインフォマティクス学会編)(共立出版) (in press)
• [図書] "水の構造と特性","水分子のモデル","生体分子の水和","非天然状態の構造解析","揺らぎと実験観測量",バイオインフォマティクス事典(日本バイオインフォマティクス学会編) (2006)
  • 著者名/発表者名: 曽田 邦嗣
  • 出版者: 共立出版(in press)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] ポストゲノム時代と蛋白質分子熱力学の重要性 (2005)
  • 著者名/発表者名: 曽田 邦嗣
  • 出版者: 熱測定 32
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] "4.1物理的相互作用",タンパク質科学(後藤祐児・桑島邦博・谷澤克行編) (2005)
  • 著者名/発表者名: 曽田 邦嗣
  • 出版者: 化学同人
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] 加速塩基置換による蛋白質の機能・構造の進化 (2003)
  • 著者名/発表者名: 白井 剛, 塩生-光山くらら, 小川智久
  • 出版者: 蛋白質核酸酵素,48
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] モジュールに基づく機能予測-3Dキーノート (2002)
  • 著者名/発表者名: 由良 敬, 郷 通子
  • 出版者: 蛋白質核酸酵素 47(8)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] 日本結晶学会誌,44 (2002)
  • 著者名/発表者名: 白井 剛
  • 出版者: タンパク質の構造予測とフォールド進化
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Matsumoto, K. et al.: "Distinct Interaction of Versican/PG-M with Hyaluronan and Link Protein"J.Biol.Chem.. 278・42. 41205-41212 (2003)
• [文献書誌] Yada, T. et al.: "Chondroitin sulfate synthase-2. Molecular cloning and characterization of a novel human glycosyltransferase homologous to chondroitin sulfate glucuronyltransferase, which has dual enzymatic activities"J.Biol.Chem.. 278・32. 30235-30247 (2003)
• [文献書誌] Higurashi, T. et al.: "Structural Stability and Solution Structure of Chaperonin GroES Heptamer Studied by Synchrotron Small-angle X-ray Scattering"J.Mol.Biol.. 333・3. 605-620 (2003)
• [文献書誌] Shionyu-Mitusyama, C. et al.: "An empirical approach for structure-based prediction of carbohydrate-binding sites on proteins."Protein Engineering. 16・7. 467-478 (2003)
• [文献書誌] 白井 剛, 他: "加速進化による蛋白質機能・構造の変化-魚類ガレクチンを例として-"蛋白質核酸酵素. 48. 1913-1919 (2003)
• [文献書誌] Yamaguchi, A. et al.: "Het-PDB Navi.: A Database for Protein-Small Molecule Interactions."J.Biochem.. 135・1. 79-84 (2003)
• [文献書誌] Yamaguchi, A. et al.: "Enlarged FAMSBASE : 3D protein structure models of genome sequences for 41 species"Nucleic Acids Research. 31・1. 463-468 (2003)
• [文献書誌] Shirai, T. et al.: "Crystal structure of a conger eel galectin (congerin II) at 1.45 A resolution : Implication for the accelerated evolution of a new ligand-binding site following gene duplication"J.Mol.Biol.. 322. 879-889 (2002)
• [文献書誌] Ogawa, T. et al.: "Adaptive evolution of conger eel galectins"Trend Glyco. 14. 177-187 (2002)
• [文献書誌] Seki, Y. et al.: "Contribution of solvent water to the solution X-ray scattering profile of proteins"Biophysical Chemistry. 95. 235-252 (2002)
• [文献書誌] 由良 敬, 郷 通子: "モジュールに基づく機能予測-3Dキーノート"蛋白質核酸酵素. 47・8. 1090-1096 (2002)
• [文献書誌] 郷 通子: "遺伝子構造の進化とプロテオーム解析"学術月報. 55・15. 1141-1147 (2002)
• [文献書誌] 郷 通子(分担執筆): "「生命の起源と進化の物理学」ニューバイオフィジックス(シリーズ2)"共立出版. 231 (2003)
• [文献書誌] Shionyu, M.et al.: "Variable subunit contact and cooperativity of hemoglobins"J.Mol.Evol.. 53. 416-429 (2001)
• [文献書誌] Taniguchi, Y.et al.: "Two KaiA-binding domains of cyanobacterial circadian clock protein KaiC"FEBS Lett.. 496. 1-5 (2001)
• [文献書誌] 由良 敬, 郷 通子: "POUドメイン"生体の科学 モチーフ・ドメインリスト. 52・5. 384-385 (2001)
• [文献書誌] 白井 剛, 郷 通子: "リボヌクレアーゼ様ドメイン"生体の科学 モチーフ・ドメインリスト. 52・5. 392-393 (2001)
• [文献書誌] 由良 敬, 郷 通子: "ジンクフィンガードメイン"生体の科学 モチーフ・ドメインリスト. 52・5. 394-395 (2001)
• [文献書誌] 郷 通子: "蛋白質立体構造情報からのゲノム機能解読・進化の解析"蛋白質核酸酵素 増刊号「ゲノムサイエンスの新たなる挑戦」. 46・16. 2586-2591 (2001)
• [文献書誌] 白井 剛: "タンパク質の構造予測とフォールド進化"日本結晶学会誌. 44(印刷中). (2002)
• [文献書誌] Shirai, T.et al.: "Crystal structure of alklaine cellulase K : insight into the alkaline adaptation of an industrial enzyme"J.Mol.Biol.. 310. 1079-1087 (2001)
• [文献書誌] Hiragi, Y.et al.: "Direct detection of the protein quaternary structure and denatured entity by a small angle scattering method : guanidine hydrochloride denaturation of chaperonin protein GroEL"J.Appl.Cryst.. 35. 1-7 (2002)
• [文献書誌] Seki, Y.et al.: "Contribution of solvent water to the solution X-ray scattering profile of proteins"Biophys.Chem.. 94(印刷中). (2002)
• [文献書誌] 郷 通子(分担執筆): "生物と金属 金属イオンの生体内で働く仕組み"クバプロ. 207 (2001)
• [文献書誌] Kikuchi,H. et al.: "Significance of a two-domain structure in subunits of phycobiliproteins revealed by the normal mode analysis."Biophysical Journal. 79・3. 1587-1600 (2000)
• [文献書誌] 郷通子: "タンパク質の部分立体構造とゲノム機能推定"生物物理. 40・5. 313-314 (2000)
• [文献書誌] Yoshihara,S. et al.: "Mutational analysis of genes involved in pilus structure, motility and transformation competency in the unicellular motile cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803."Plant Cell Physiol.. 42. 63-73 (2001)
• [文献書誌] Takahashi,K. et al.: "Conformational characterization of designed minibarnase."Biopolymers. 58・3. 260-267 (2001)
• [文献書誌] Ahsan,M.M. et al.: "Capacity of Thermoonospora alba XylA to impart thermostability in family F/10 chimeric xylanases."Enzyme Microb.Technol.. 28. 8-15 (2001)
• [文献書誌] Ishida,H. et al.: "EmPLiCS : an empirical approach for structure-based design of natural peptide drug."J.Biochem.. 128. 561-574 (2000)
• [文献書誌] 白井剛,小川智久: "加速進化で生まれた特異構造をもつ新規ガレクチンファミリー -自然選択により出現した"タンパク質の新規フォールド"-"化学と生物. 38. 636-638 (2000)
• [文献書誌] Nakajima,N. et al.: "Free energy landscapes of short peptides by enhanced conformational sampling."Journal of Molecular Biology. 296・1. 197-218 (2000)
• [文献書誌] Kinjo,A. et al.: "Physico-chemical evaluation of protein folds predicted by threading."European Biophysics Journal. 29(in press). (2000)
• [文献書誌] Moritsugu,K. et al.: "Vibrational Energy Transfer in a Protein Molecule"Physical Review Letter. 85・18. 3970-3973 (2000)
• [文献書誌] 郷通子(分担執筆): "生物の働きを生み出すタンパク質のかたち,「タンパク質はどのように進化してきたか」"クバプロ. 199 (2000)
• [文献書誌] 郷通子(分担執筆): "プロテオミクスの基礎,「構造から機能を探る」"講談社. 166 (2000)
• [文献書誌] 由良敬(分担執筆): "タンパク質立体構造に基づくゲノム機能予測,「ゲノム情報生物学-bio-informaticsとinformation biology」"中山書店. 210 (2000)