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可変構造計算機による細胞シミュレーションの研究

研究課題

研究課題/領域番号 12208021
研究種目

特定領域研究(C)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関北陸先端科学技術大学院大学

研究代表者

小長谷 明彦  北陸先端科学技術大学院大学, 知識科学研究科, 教授 (00301200)

研究分担者 丸山 勉  筑波大学, 機能工学系, 助教授 (00292532)
研究期間 (年度) 2000
研究課題ステータス 完了 (2000年度)
キーワード可変構造計算機 / FPGA / 細胞シミュレーション / セルラーオートマトン / パターンマッチング / ホモロジー検索
研究概要

〈背景と目的〉
書き換え可能なハードウェアは、近年著しい性能向上を見せており、ある種の問題において、従来のマイクロプロセッサを大きく上回る性能を実現することが可能となってきた。本研究では、まず、セルラーオートマトンによる細胞シミュレーションの高速計算、および、パターンマッチングの高速処理の実現を目指す。
〈検討結果〉
容易に入手可能な市販の書き換え可能ハードウェアボード一枚を、既存のパーソナルコンピュータ一台に付加した簡単なシステムにより、上記問題の高速化を行った。
まず、セルラーオートマトンに関しては、ユーザが、セルラーオートマトンの各セル間の関係のみをC言語で記述するだけで、書き換え可能なハードウェア上でセルラーオートマトンの計算が可能となるシステム(C言語からハードウェア記述言語へのコンパイラ及びハードウェアライブラリ)の構築を行い、マイクロプロセッサ(Pentium-III750MHz)と比べて、150〜250倍の高速化が可能であることを確認した。また、パターンマッチングについては、上記システムにより、ホモロジー検索問題において、上記マイクロプロセッサと比べて、300倍を越える性能が実現可能であることを確認した。この性能は、小〜中規模の専用ハードウェアシステムに匹敵する。また、この問題においては、複数枚の書き換え可能ハードウェアボードを用いることにより、ほぼ、枚数に比例した性能を実現可能であることを確認した。
〈考察〉
書き換え可能性を有効に活用することにより、市販のボードを用いた小規模なシステムにおいて、マイクロプロセッサを大きく上回る性能を実現することができることを確認した。現在は、システムをより使いやすくするための整備、及び、機能の追加を進めており、今後、細胞シミュレーション等を本システム上で行う予定である。

報告書

(1件)
  • 2000 実績報告書
  • 研究成果

    (2件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (2件)

  • [文献書誌] Tomoyoshi,K.,Maruyama,T.,Yamaguchi,Y.,Konagaya,A.: ""A Cellular Automata System with Reconfigurable Hardware : Towards a Whole Cell Simulation""The 11th Workshop on Genome Informatics,2000.

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] 山口,片山,丸山,小長谷: "「FPGAを用いた遺伝子情報処理のパクーンマッチングシステムの設計」"情報処理学会第62回全国大会(2001).

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書

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公開日: 2002-04-03   更新日: 2018-03-28  

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