| 研究課題/領域番号 |
12309008
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| 研究種目 |
基盤研究(A)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
広領域
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| 研究機関 | 福井県立大学 |
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研究代表者 |
常脇 恒一郎 福井県立大学, 学長 (20026438)
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| 研究分担者 |
寺地 徹 京都産業大学, 工学部, 教授 (90202192)
村井 耕二 福井県立大学, 生物資源学部, 助教授 (70261097)
荻原 保成 横浜市立大学, 木原生物学研究所, 助教授 (40185533)
村田 稔 岡山大学, 資源生物科学研究所, 教授 (20166292)
中村 千春 神戸大学, 農学部, 教授 (10144601)
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| 研究期間 (年度) |
2000 – 2002
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| 研究課題ステータス |
完了 (2002年度)
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| 配分額 *注記 |
45,710千円 (直接経費: 38,000千円、間接経費: 7,710千円)
2002年度: 17,940千円 (直接経費: 13,800千円、間接経費: 4,140千円)
2001年度: 15,470千円 (直接経費: 11,900千円、間接経費: 3,570千円)
2000年度: 12,300千円 (直接経費: 12,300千円)
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| キーワード | パンコムギ / ミトコンドリアゲノム / ゲノム構造 / ミトコンドリア遺伝子 / 分子内組換え / 遺伝子発現 / イントロン / 構造 |
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| 研究概要 |
(1)クローンの塩基配列決定:包含遺伝子を異にする23ミトコンドリアDNAクローンを選び、塩基配列を決定した。構造を決定したクローンの総長は799,498bpである。(2)クローンの整列化:"Dynaclust"などを用いる整列化により、15クローンからなる350,014bpと、3クローンからなる76,119bpの2つの線状contigが得られた。これらに含まれない11,060bpの配列も同定された。特定されたユニーク配列の総長は437,193bpである。(3)これら配列は、パンコムギミトコンドリアゲノムの85%程度をカバーするに過ぎず、なお未決定の領域が存在するものと推定される。(4)組換え:ホモロジー検索により、組換え型クローンを11同定した。これらの間に、計13種のContig間およびContig内組換えが見い出された。これら組換えのすべては、異なる長さの定方向または逆方向反復配列を介し生じたものと推定された。(5)遺伝子の同定:9nad遺伝子、3atp遺伝子、3cox遺伝子、4ccm遺伝子、cobおよびmatr遺伝子、10rplおよびrps遺伝子、9orf遺伝子、3rrn遺伝子、11trn遺伝子、計55種遺伝子が機能的構造をもつことが確認された。(6)コムギとイネ遺伝子の比較:12遺伝子で、イントロンサイズの違い、エキソンの融合など、明確な構造的差違が見られた。その多くは、遺伝子内の反復配列を介する組換えで説明された。(7)ミトコンドリア遺伝子の発現:33遺伝子について、幼苗期における転写活性を調べたところ、全遺伝子の発現が確認された。(8)考察:イネとパンコムギの間で、ミトコンドリアゲノムは、ゲノムの構造上も、遺伝子内の構造においてを、活発なrestructuringを行っていることが明示された。
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