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高等脊椎動物染色体DNAの核内での動態と配置を決める分子機構

研究課題

研究課題/領域番号 12440212
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 遺伝
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

池村 淑道  国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (50025475)

研究分担者 深川 竜郎  国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助手 (60321600)
研究期間 (年度) 2000 – 2001
研究課題ステータス 完了 (2001年度)
配分額 *注記
11,500千円 (直接経費: 11,500千円)
2001年度: 4,500千円 (直接経費: 4,500千円)
2000年度: 7,000千円 (直接経費: 7,000千円)
キーワード三重鎖 / ポリプリン / CENP / FISH法 / セントロメア / 核内配置 / 染色体バンド境界 / DNA複製タイミング / ポリピリミジン
研究概要

遺伝子発現を活発に行っている高等脊椎動物の分裂間期の染色体のDNAは、分裂中期染色体よりも遥かに伸長しているが、高度に組織化された核内配置をとり、細胞周期に伴って配置が変化している。この核内配置は細胞の種類によっても異なっており、その配置自体が複製や遺伝子発現の制御、ならびに転写RNAの輸送やスプライシングの制御に深く係わっている。高等脊椎動物のゲノム上には、数百bpの大型のポリプリン/ポリピリミジン配列が多数散在しており、超らせん状態では、三重鎖のほうが二重鎖よりも生理条件下で安定である試験管系の研究例が複数報告されている。我々は、ヒトとマウスのゲノム上に散在するこれら大型ポリプリン/ポリピリミジン配列が間期核内で三重鎖を形成できる可能性を提唱してきた。本科学研究費の助成を受け、我々は、FISH法を用いて、各種細胞の間期核あるいは分裂中期染色体で三重鎖を形成できることを示した。また、一群の三重鎖は間期核内で空間的にセントロメア配列と近接しているとの結果を得た。セントロメアの核内配置や形成機構に興味を持ち、複数のセントロメアタンパク質のノックアウト解析を行った。その結果、新規セントロメアタンパク質であるCENP-IがCENP-Hと協調してCENP-Cのセントロメアの局在に重要であることを示した。さらに複数のセントロメアタンパク質類とGFPやYFPとの融合タンパク質を用いて、生細胞でのセントロメア配列の相対配置の細胞周期に伴う動態を解析した。

報告書

(3件)
  • 2001 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2000 実績報告書
  • 研究成果

    (38件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (38件)

  • [文献書誌] Fukagawa, T.: "CENP-H, a constitutive centromere component, is required for centromere targeting of CENP-C in vertebrate cells"The EMBO Journal. 20. 4603-4617 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Watanabe, Y.: "Chromosome-wide assessment of replication timing for human chromosomes 11q and 21q : disease-related genes in timing-switch regions"Human Molecular Genetics. 11. 13-21 (2002)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sonoda, E.: "Scc1/Rad21/MCD1 is required for sister chromatid cohesion and kinetochore function in vertebrate cells"Developmental Cell. 1. 759-770 (2001)

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  • [文献書誌] Kaneya, S.: "Codon usage and tRNA genes in eukaryotes : Correlation of codon usage diversity with translation efficiency and with CG-Dinucleotide usage as assessed by multivariate analysis"J. Mol. Evol.. 53. 290-298 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kaneya, S.: "Analysis of codon usage diversity of bacterial genes with a self-organizing map (SOM) : characterization of horizontally transferred genes with emphasis on the E. coli O157 genome"Gene. 276. 89-99 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fukagawa, T.: "Creation and characterization of temperature-sensitive CENP-C mutants in vertebrate cells"Nucleic Acids Research. 29. 3796-3803 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Shina, T.: "Genomic anatomy of a premier major histocompatibility complex paralogous region on chromosome 1q21-q22"Genome Research. 11. 789-802 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Okamura, A.: "Gene structure, chromosomal localization and immunolocalization of chicken centromere proteins CENP-C and ZW10"Gene. 262. 283-290 (2001)

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  • [文献書誌] Ohno, M.: "Non-B DNA structures spatially and sequence-specifically associated with individual centromeres in the human interphase nucleus"Chromosomes Today. 13. 57-69 (2000)

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  • [文献書誌] Nogami, M.: "Intranuclear arrangement of human chromosome 12 correlates to large-scale replication domains"Chromosoma.. 108. 514-522 (2000)

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  • [文献書誌] Nogami, M.: "Relative locations of the centromere and imprinted SNRPN gene within chromosome 15 territories during the cell cycle in HL60 cells"Journal of Cell Science. 113. 2157-2165 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Watanabe, Y.: "Replication timing of the human X-inactivation center (XIC) region : correlation with chromosome bands"Gene. 252. 163-172 (2000)

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  • [文献書誌] Watanabe, Y, Fujiyama, A, Ichiba, Y7 Hattori, M., Yada, T., Sakaki, Y and Ikemura, T.: "Chromosome-wide assessment of replication timing for human chromosomes llq and 21q : disease-related genes in timing-switch regions."Human Molecular Genetics. 11. 13-21 (2002)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sonoda, E., Matsusaka, X, Morrison, C, Vagnarelli, P., Hoshi, O., Ushiki, T., Nojima, K., Fukagawa, T., Waizenegger, I.C Peters, J-M., Earnshaw, W.C. and Shunichi Tafceda, S: "Socl/Rad21/MCpl is required for sister chrotnatid cohesion and kinetoehore function in vertebrate cells."Dev. Cell. 1. 759-770 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kanaya, S., Yamada, Y, Kinouchi M., Kudo, Y, and Ikemura, T: "Codon usage and tRNA genes in eukaryotes : Correlation of coaorf usage diversity with translation efficiency and with CG-0inudfcotidゥ usage as assessed by multivariate analysis."J. Mol. Evol. 53. 290-298 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kanaya, S., Kinouchi M., Abe, T., Kudo, Y, Yamada, Y, Nislii, T., Mori, Mori, H. and Ikemura, T: "Analysis of codon usage diversity of bacterial gertes with a self-organizing map (SOM) : characterjzation of horizpiitally transferred genes with emphasis on the E. call O157 genome"Gene. 276. 89-99 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fukagawa, T., Regnier, V, and Ikemura, T.: "Creation and characterization of temperature-sensitive CENP-C mutants in vertebrate cells."Nucleic Acids Researd. 29. 3796-3803 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fukagawa, T., Mikami, Y, Nishihashi, A, Regnier, V., Haraguehi, T, Hiraoica, Y, Sugata, N., Todokoro, K., Brown, W., and Ikemura, T: "CENP-H, a constitutive centromere component, is required for centromere targeting of GENP-C in vertebrate cells."The BMBO Journal. 20. 4603-4617 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Okamura, A., Pendon, C, Valdivia, M. M., Ikemura, T. and Fukagawa, T.: "Gene structure, chromosomal localization and immunolocalization of chicken centromere proteins GENP-C and ZW10."Geney. 262. 283-290 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Shina, T., Ando, A, Suto, Y, Kasai, F., Shigenari, A, Takishima, N., Kikkawa, E., Iwata, K., Kuwano, Y, Kitamura, Y, Watsuzawa, Y, Sano, K., Nogami, M., Kawata, H., Li, S., Eukuzumi, Y, Yamazaki, M., Tashiro, H., tamiya, G, Kohda, A, Okumura, K., Ikemura, T., Soeda, E., Mizuki, N., Kimura, M., Bahram, S., and Inoko, H.: "Genoinic anatomy of apremier major histocompatibihty complex paralogous region on chromosome Iq21-q22"Genome Research. 11. 7879-802 (2001)

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  • [文献書誌] OhnO M., Tenzen, T.. Watanabe, Y, Yamagata, T, Kan'aya, S., Ikemura,: "Non-B DNA structures spatially and sequence-specifically associated with individual centromeres in the human interphase nucleus."Chromosomes Today. 13. 57-69 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nogami, M., Nogami, O., Kagotani, K., Taguchi, H., Ikemura, T. and Okumura, K: "Intranuclear arrangement of human chromosome 12 correlates to large-scale replication domains."Chrotnosoma. 108. 514-522 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Watanabe, Y, Tenzen, T., Nagasaka, Y, Iniko, H., Ikemura, T.: "Replication timing of the human X-inactivation center (XIC) region : correlation with chromosome bands."Gene. 252. 163-172 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nogami, M., Kohda, A, Taguchi, H., Nakao, M., Ikemuraj T., Okumura, K: "Relative locations of the centromere and imprinted SNKPN gene'within chromosome 15 territories during the cell cycle in HL60 cells."Journal of Cell Scienc. 113. 2157-2165 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Watanabe: "Chromosome-wide assessment of replication timing for human chromosomes 11q and 21q : disease-related genes in timing-switch regions"Human Molecular Genetics. 11. 13-21 (2002)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] T.Fukagawa: "CENP-H, a constitutive centromere component, is required for centromere targeting of CENP-C in vertebrate cells"The EMBO Journal. 20. 4603-4617 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] T.Fukagawa: "Creation and characterization of temperature-sensitive CENP-C mutants in vertebrate cells"Nucleic Acids Research. 29. 3796-3803 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] A.Okamura: "Gene Structure, chromosomal localization and immunolocalization of chicken centromere proteins CENP-C and ZW10"Gene. 262. 283-290 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] T.Shina: "Genomic anatomy of a premier major histocompatibility complex paralogous region On chromosome 1q21-q22"Genome Research. 11. 789-802 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] S.Kanaya: "Analysis of codon usage diversity of bacterial genes with a self-organizing map (SOM) : characterization of horizontally transferred genes with emphasis on the E. coli O157 genome"Gene. 276. 89-99 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 岡村淳: "Gene structure, chromosomal localization and immunolocalization of chicken centromere proteins CENP-C and ZW10."Gene. 262. 283-290 (2001)

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  • [文献書誌] 中村保一: "Codon usage tabulated from international DNA sequence databases : status for the year 2000."Nucleic Acids Research. 28. 292 (2000)

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  • [文献書誌] 野上正弘: "Relative locations of the centromere and imprinted SNRPN gene within chromosome 15 territories during the cell cycle in HL60 cells"Journal of Cell Science. 113. 2157-2165 (2000)

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  • [文献書誌] 金谷重彦: "Distribution of polypurine/polypyrimidine tract sequences in the human MHC region and their possible functions."Major Histocompatibillty Complex, Springer-Verlag Berlin Heidelberg New York Tokyo. 13 (2000)

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      2000 実績報告書

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公開日: 2000-04-01   更新日: 2016-04-21  

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