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バクテリア呼吸鎖におけるユビキノン酸化還元反応の分子機構と構造的基盤

研究課題

研究課題/領域番号 12460045
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 応用微生物学・応用生物化学
研究機関山口大学

研究代表者

松下 一信  山口大学, 農学部, 教授 (50107736)

研究分担者 山田 守  山口大学, 農学部, 教授 (30174741)
茂木 立志  東京大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (90219965)
三芳 秀人 (三好 秀人)  京都大学, 大学院・農学研究科, 助教授 (20190829)
外山 博英  山口大学, 農学部, 助教授 (60240884)
研究期間 (年度) 2000 – 2001
研究課題ステータス 完了 (2001年度)
配分額 *注記
14,100千円 (直接経費: 14,100千円)
2001年度: 5,300千円 (直接経費: 5,300千円)
2000年度: 8,800千円 (直接経費: 8,800千円)
キーワードアジドキノン / 光親和性標識 / ユビキノン / 大腸菌グルコース脱水素酵素 / 酢酸菌アルコール脱水素酵素 / バクテリア呼吸鎖 / 光親和性標識法 / 大腸菌チトクロムbo / 呼吸鎖
研究概要

本研究は、大腸菌および酢酸菌呼吸鎖、特に大腸菌のチトクロムbo(Cyo),コハク酸脱水素酵素(SDH)およびグルコース脱水素酵素(GDH)と酢酸菌アルコール脱水素酵素(ADH)、におけるユビキノン結合部位の特定とその酸化還元反応の分子機構を解明することを目指し、これらの酵素の結合型ユビキノンの同定とアジドキノンによる光親和性標識とそれに続くMALDI-TOF-MSによる標識サブユニットさらにはペプチドの解析によってユビキノン結合ドメインの同定を行った。
1)アジド基導入前駆体として2-および3-位に位置特異的にメチル基を有する化合物を合成し、この化合物に対してアジド基の導入を行うことで、2-および3-アジドキノンの合成に成功した。また、これらのアジドキノンは、UV照射によって経時的にアジド基が光分解することも確認した。
2)2種類のアジドユビキノンでの大腸菌Cyoの光親和性標識分析の条件を決定した。
3)GDHのユビキノン反応部位が水溶性のPQQドメインに存在することを膜貫通領域を欠いた変異体酵素を作成し、その精製酵素を用いた反応性の解析より明らかにした。
4)光親和性標識と質量分析により、ユビキノン非結合型として精製されるSDHの膜アンカーサブユニットをキノン酸化還元部位として同定した。
5)GDH, ADHの結合型ユビキノンを解析し、ADHについて、ドデシルマルトサイドで可溶化される時、結合型ユビキノンが認められ、しかもセミキノン型で存在することを明らかにした。
6)ADHのアジドキノンでの標識化条件を決定した。その後、ユビキノン非結合型ADHをアジドキノンで標識し、MALDI-TOF-MS分析を行った。その結果、サブユニットIIが特異的に標識化され、しかもそのユビキノン部位が標識化されること、しかもその結合アジドキノンが電子伝達媒体として働くことも明らかにした。

報告書

(3件)
  • 2001 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2000 実績報告書
  • 研究成果

    (51件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (51件)

  • [文献書誌] Uchida, T.: "Resonance Raman studies of oxo intermediates in the reaction of pulsed cytochrome bo with hvdrogen peroxide"Biochemistry. 39. 6669-6678 (2000)

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  • [文献書誌] Kobayashi, K.: "Transient tormation of ubisemiquinone radical and subsequent electron transfer processes in the Eseherichia colicytochrome bo revealed by pulse radiolysis"Biochemistry. 39. 15620-15625 (2000)

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  • [文献書誌] Tsubaki, M.: "Probing molecular structure of dioxygen reduction site of bacterial quinol oxidases through ligand binding to the redox metal centers"J.Inorg.Biochem.. 82. 19-25 (2000)

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  • [文献書誌] Elias, MD: "Functions of amino acid residues in the active site of Escherichia coli PQQ-containing quinoprotein glucose dehydrogenase"J.Biol.Chem.. 275. 7321-7326 (2000)

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  • [文献書誌] Miyadera, H.: "Altered quinone biosynthesis in the long-kived clk-lmutants of Caenorhabditis elegans"J.Biol.Chem.. 276. 7713-7716 (2001)

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  • [文献書誌] Ohmura, S.: "Anthelmintic compound, nafuredin, shows selective inhibition of complex I in helminth mitochondria"Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 98. 60-62 (2001)

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  • [文献書誌] O.Adachi: "Membrane-bound quinoprotein D-arabitol dehydrogenase of Gluconobacter suboxydans IFO 3257:A versatile enzyme for the oxidative fermentation of various ketoses"Biosci.Biotechnol.Biochem.. 65. 2755-2762 (2001)

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  • [文献書誌] Miyoshi, H: "Probing the ubiquinone reduction site in bovine mitochondrial complex I using a series of synthetic ubiquinones and inhibitors"J.Bioenerg.Biomembr. 33. 223-231 (2001)

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  • [文献書誌] Mitani, S: "The biochemica mode of action of the novel selective fungkide cyazofamid : specific inhibition of mitochondrial complex III in Pythium spinosum"Pestic.Biochem.Physiol.. 71. 107-115 (2001)

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  • [文献書誌] K.Matsushita: "NADH dehydrogenase of Corynebacterium glutamicum. Purification of an NADH dehydrogenase II homolog able to oxidize NADPH"FEMS Microbiol.Lett.. 204. 271-276 (2001)

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  • [文献書誌] MD Elias: "C-terminal periplasmic domain of Escherichia coil Quinoprotein glucose dehydrogenase transfers electrons to ubiquinone"J.Biol.Chem.. 276. 48356-48361 (2001)

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  • [文献書誌] K.Matsushita: "Quinoproteins : structure, function and biotechnological applications"Appl.Micriobiol.Biotechnol.. 58. 13-22 (2002)

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  • [文献書誌] K.Sakamoto: "Synthesis and Electron-transfer Activity of Azido Ubiquinone-2"J.Pesticide Sci.. (in press). (2002)

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  • [文献書誌] H.Miyadera: "Quinones in long-lived clk-1 mutants of Caenorhabditis elegans"FEBS Lett.. (in press). (2002)

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  • [文献書誌] 茂木立志: "解き明かされた大腸菌の呼吸の仕組み"蛋白質核酸酵素. 47(印刷中). (2002)

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  • [文献書誌] Matsushita, K.: "Biochemistry and Molecular Biology of vitamin B6 and PQQ-dependent proteins"Birkhauser Verlag AG. 377 (2000)

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  • [文献書誌] 茂木立志: "細胞呼吸の膜エネルギー装置:起源と分子進化"「生体膜のエネルギー装置(吉田賢右・茂木立志編)」共立出版. 21 (2000)

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  • [文献書誌] 松下一信: "廣川タンパク質化学 第4巻酵素 4.1オキシドレダクターゼ"廣川書店. 353 (2000)

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  • [文献書誌] Uchida T, T. Mogi, and T. Kitagawa: "Resonance Raman studies of oxo intermediates in the reaction of pulsed cytochrome bo with hydrogen peroxide"Biochemistry. 39. 6669-6678 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kobayashi K, S. Tagawa, and T, Mogi: "Transient formation of ubisemiquinone radical and subsequent electron transfer process in the Escherichia coli cytochrome bo revealed by pulse radiolysis"Biochemistry. 39. 15620-15625 (2000)

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  • [文献書誌] Tsubaki M, H. Hori, and T. Mogi: "Probing molecular structure of dioxygen reduction site of bacterial quinol oxidases through ligand binding to the redox metal centers"J. Inorg. Biochem. 82. 19-25 (2000)

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  • [文献書誌] Elias MD, M. Tanaka, H. Izu, K. Matsushita, O. Adachi, & M. Yamada: "Functions of amino acid residues in the active site of Escherichia coli PQQ-containing quinoprotein glucose dehydrogenase"J. Biol. Chem. 275. 7321-7326 (2000)

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  • [文献書誌] Miyadera H, Amino H, Hiraishi A, Taka H, Murayama K, Miyoshi H, Sakamoto K, Ishii N, Hekimi S, and Kita K: "Altered quinone biosynthesis in the long-lived clk-I mutants of Caenorhabditis. elegans"J. Biol. Chem. 276. 7713-7716 (2001)

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  • [文献書誌] Ohmura S, Miyadera H, Ui H, Shiomi K, Yamaguchi Y, Masuma R, Nakamitsu T, Takano D, Sunazuka T, Harder A, Kolbl H, Namikoshi M, Miyoshi H, Sakamoto K, and Kita K: "Anthelmintic compound, nafuredin, shows selective inhibition of complex I in helminth mitochondria"Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 98. 60-62 (2001)

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  • [文献書誌] Miyoshi H: "Probing the ubiquinone reduction site in bovine mitochondrial complex I using a series of synthetic ubiquinones and inhibitors"J. Bioenerg. Biomembr. 33. 223-231 (2001)

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  • [文献書誌] Mitani S, Araki S, Takii Y, Ohshima T, Matsuo N, and Miyoshi H: "The biochemical mode of action of the novel selective fungicide cyazofamid : specific inhibition of mitochondrial complex III in Pythium spinosum"Pestic. Biochem. Physiol. 71. 107-115 (2001)

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  • [文献書誌] K. Matsushita, A.Otofuji, M. Iwahashi, H. Toyama & O. Adachi: "NADH dehydrogenase of Coryneacterium glutamicum. Purification of an NADH dehydrogenase II homolog able to oxidize NADPH"FEMS Microbiol. Lett. 204. 271-276 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Elias MD, Tanaka M, Sakai M, Toyama H, Matsushita K, Adachi O, Yamada M: "C-terminal periplasmic domain of Escherichia coli Quinoprotein glucose dehydrogenase transfers electrons to ubiquinone"J. Biol. Chem. 276. 48356-48361 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] O. Adachi, Y, Fujii, M. F. Ghaly, H. Toyama E. Shinagawa, & K. Matsushita: "Membrane-bound quinoprotein D-arabitol dehydrogenase of Gluconobacter suboxydans IFO 3257 : A versatile enzyme for the oxidative fermentation of various ketoses"Biosci. Biotechnol. Biochem. 65. 2755-2762 (2001)

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  • [文献書誌] K. Matsushita, H. Toyama, M. Yamada, and O. Adachi: "Quinoproteins : structure, function, and biotechnological applications"Appl. Micriobiol. Biotechnol. 58. 13-22 (2002)

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  • [文献書誌] Miyadera H, Kano K, Miyoshi H, Ishii N, Hekimi S, and Kita K: "Quinones in long-lived clk-1 mutants of Caenorhabaditis elegans"FEBS Lett. 512. 33-37 (2002)

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  • [文献書誌] K. Sakamoto, K. Nomura, H. Miyoshi: "Synthesis and Electron-transfer Activity of Azido ubiquinone-2"J. Pesticide Sci. (in press). (2002)

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  • [文献書誌] T. Mogi: "Solved mechanism of Escherichia coli respiration"Protein, Nucleic Acid, and Enzyme. 47 (in press) (in Japanese). (2002)

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  • [文献書誌] Matsushita K, T. Yamashita, N. Aoki, H. Toyama, O. Adachi: "Electron transport systems for quinohemoprotein type II alcohol dehydrogenase of Pseudomonas putida HK5. Biochemistry and Molecular Biology of vitamin B6 and PQQ-deoendent proteins"Birkhauser Verlag AG. 219-224 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ohmura, S.: "Anthelmintic compound, nafuredin, shows selective inhibition of complex I in helminth mitochondria"Proc.Natol.Acad.Sci.USA. 98. 60-62 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Miyoshi, H.: "Probing the ubiquinone reduction site in bovine mitochondrial complex I using a series of synthetic ubiquinones and inhibitors"J.Bioenerg. Biomembr. 33. 223-231 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Mitani, S: "The biochemical mode of action of the novel selective fungicide cyazofamid : specific inhibition of mitochondrial complex III in Pythium spinosum"Pestic. Biochem. Physiol.. 71. 107-115 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] K.Matsushita: "NADH dehydrogenase of Corynebacterium glutamicum. Purification of an NADH dehydrogenase II homolog able to oxidize NADPH"FEMS Microbiol. Lett.. 204. 271-276 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] MD Elias: "C-terminal periplasmic domain of Escherichia coli Quinoprotein glucose dehydrogenase transfers electrons to ubiquinone"J.Biol.Chem.. 276. 48356-48361 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] O.Adachi: "Membrane-bound quinoprotein D-arabitol dehydrogenase of Gluconobacter suboxydans IFO 3257 : A versatile enzyme for the oxidative fermentation of various ketoses"Biosci.Biotechnol. Biochem.. 65. 2755-2762 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] K.Matsushita: "Quinoproteins : structure, function, and biotechnological applications"Appl.Micriobiol. Biotechnol.. 58. 13-22 (2002)

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  • [文献書誌] H.Miyadera: "Quinones in long-lived clk-1 mutants of Caenorhabditis elegans"FEBS Lett.. (in press). (2002)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] K.Sakamoto: "Synthesis and Electron-transfer Activity o Azido Ubiquinone-2"J.Pesticide Sci.. (in press). (2002)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 茂木 立志: "細胞呼吸の膜エネルギー装置:起源と分子進化(生体膜のエネルギー装置(吉田賢右, 茂木立志 編)"共立出版. 21 (2000)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Uchida,T.: "Resonance Raman studies of oxo intermediates in the reaction of pulsed cytochrome bo with hydrogen peroxide"Biochemistry. 39. 6669-6678 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Kobayashi,K.: "Transient formation of ubisemiquinone radical and subsequent electron transfer processes in the Escherichia colicytochrome bo revealed by pulse radiolysis"Biochemistry. 39. 15620-15625 (2000)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Tsubaki,M.: "Probing molecular structure of dioxygen reduction site of bacterial quinol oxidases through ligand binding to the redox metal centers"J.Inorg.Biochem.. 82. 19-25 (2000)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Elias,L.D.: "Functions of amino acid residues in the active site of Escherichia coli PQQ-containing quinoprotein glucose dehydrogenase"J.Biol.Chem.. 275. 7321-7326 (2000)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Miyadera,H.: "Altered quinone biosynthesis in the long-kived clk-1 mutants of Caenorhabditis elegans"J.Biol.Chem.. (in press). (2001)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Matsushita,K.: "Biochemistry and Molecular Biology of vitamin B6 and PQQ-dependent proteins"Birkhauser Verlag AG. 377 (2000)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] 松下一信: "廣川タンパク質化学 第4巻酵素 4.1 オキシドレダクターゼ"廣川書店. 353 (2000)

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公開日: 2000-04-01   更新日: 2016-04-21  

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