ポジショナルクローニングのための染色体均衡型構造異常データベースとFISH解析

• 研究課題/領域番号: 12470516
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 人類遺伝学
• 研究機関: 信州大学
• 研究代表者: 福嶋 義光 信州大学, 大学院医学系研究科, 教授 (70273084)
• 研究分担者: 古庄 知己 信州大学, 医学部附属病院, 助手 (90276311) ; 和田 敬仁 信州大学, 医学部, 助手 (70359727) ; 涌井 敬子 信州大学, 医学部, 助手 (50324249) ; 村瀬 澄夫 信州大学, 医学部, 教授 (70200285) ; 久保田 健夫 (久保田 建夫) 山梨大学, 医学部, 教授 (70293511) ; 坂爪 悟 信州大学, 医学部, 助手 (70306174) ; 川目 裕 信州大学, 医学部・附属病院, 助手 (60246395)
• 研究期間 (年度): 2000 – 2003
• 研究課題ステータス: 完了 (2003年度)
• 配分額: 12,800千円 (直接経費: 12,800千円); 2003年度: 2,000千円 (直接経費: 2,000千円); 2002年度: 1,500千円 (直接経費: 1,500千円); 2001年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円); 2000年度: 8,000千円 (直接経費: 8,000千円)
• キーワード: ポジショナルクローニング / 染色体異常 / 均衡型構造異常 / 相互転座 / Mendelian Cytogenetics / fluorescence in situ hybridization / FISH / DBCRs / 染色体均衡型構造異常 / 特発性思春期早発症 / FISH解析 / 染色体構造異常 / 思春期早発症 / BACクローン / ボジショナルクローニング / YAC / BAC

研究概要

研究に利用可能な"疾患や臨床症状と関連した染色体均衡型構造異常(DBCRs)"症例として,54例を登録した.21番染色体長腕の中間部欠失[del(21)(q11.2q21.3)]を認めた家系例においてはFISH法により約14Mbにおよぶ欠失領域を詳細に特定し,発端者の長女に認める難聴と精神運動発達遅滞(MR)の候補となる劣性遺伝子を検索し,21q21に座位しているUsher syndrome type 1Eの責任遺伝子USH1Eを本症例の候補遺伝子のひとつと推測した(Wakui et al.2002).15pter-q14部分モノソミーと22pter-q11.2部分トリソミーを合併した重症なPrader-Willi症候群(PWS)患者では,通常,約70%に認める父由来の15q12欠失が原因のPWSにも22q部分トリソミーにも認められない症状である子宮内成長障害の原因が,15q13-q14に存在すると推察した(Matsumura et al.2003).3pと9qを切断点とする均衡型相互転座を有する2型糖尿病患者の解析では,各切断点を包含するDNAクローンを同定し,転座により断裂していた既知の遺伝子について,染色体異常を伴わない2型糖尿病症例の遺伝子変異解析を行なったが,変異は見いだされなかった.7qと10pに切断点のある均衡型相互転座を有している特発性中枢性思春期早発症とMRを伴う患者の解析では,各切断点を包含するDNAクローンを同定し,切断点付近から複数の候補遺伝子を見いだし,染色体異常を伴わない思春期早発症患者の変異解析を開始した.以前より研究継続していた瞼裂狭小症候群,軸後性鏡像多指趾については,他施設との共同研究により本年度,原因遺伝子同定に至った.その他,複数の症例につきFISH法による切断点の解析が進行中である.新たなDBCRs症例の発掘と切断点の解析を今後も継続する.

研究成果

• [文献書誌] 涌井敬子: "Mendelian Cytogenetics Network.疾患に関連する染色体均衡型構造異常症例のデータベース化と株化細胞保存の重要性"信州医誌. 48. 43-44 (2000)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Iida A: "Identification of a gene disrupted by inv(11)(q13.5q25) in a patient with left-right axis malformation."Hum Genet. 106. 277-287 (2000)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] De Baere E: "Identification of BPESC1, a novel, gene disrupted by a balanced chromosomal translocation, t(3;4)(q23;p15.2), in a patient with BPES."Genomics. 68. 296-304 (2000)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Ogata T: "Structural analysis of a rare rearranged Y chromosome and its bearing on genotype-phenotype correlation."Am J Med Genet. 92. 256-259 (2000)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Ogata T: "Short stature homeobox-containing gene duplication on the der(X) chromosome in a female with 45,X/46,X,der(X), gonadal dysgenesis, and tall stature."J Clin Endocrinol Metab. 85. 2927-2930 (2000)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Muroya K: "Sex-determining gene (s) on distal 9p : Clinical and molecular studies in six cases."J Clin Endocrinol & Metabol. 85. 3094-3100 (2000)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Saito N: "Progressive scoliosis in cri-du-chat syndrome over a 20-year follow-up period."Spine. 26. 835-837 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Akahoshi K: "Woman with UV hypersensitivity and a de novo unbalanced chromosome translocation."Am J Med Genet. 101. 153-157 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Inoue K: "Prenatal interphase FISH diagnosis of PLP duplication associated with Pelizaeus-Merzbacher disease."Prenatal Diagnosis. 21. 1133-1136 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Miyoshi A: "Two cases of mosaic RhD blood-group phenotypes and paternal isodisomy for chromosome 1."Am J Med Genet. 104. 250-256 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Ogata T: "FISH analysis for apparently simple terminal deletions of the X chromosome : Identification of hidden structural abnormalities."Am J Med Genet. 104. 307-311 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Kurotaki N: "Haploinsufficiency of NSD1 causes Sotos syndrome."Nature Genet. 30. 356-366 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Muroya K: "Ring chromosome 21 in a boy and a derivative chromosome 21 in the mother : Implication for ring chromosome formation."Am J Med Genet. 110. 332-337 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Kondoh S: "A novel gene is disrupted at a 14q13 breakpoint of t(2;4) in a patient with miror-image polydactyly of hands and feet."J Hum Genet. 47. 136-139 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Wakui K: "Familial 14-Mb deletion at 21q11.2-q21.3 and variable phenotypic expression."J Hum Genet. 47. 511-516 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Kubota T: "The proportion of cells with functional X disomy is associated with the severity of mental retardation in mosaic ring X Turner syndrome females."Cytogenet Genome Res. 99. 276-284 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Matsumura M: "'Severe' Prader-Willi syndrome with a large deletion of chromosome 15 due to an unbalanced t(15;22)(q14;q11.2) translocation."Clin Genet. 63. 79-81 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Adachi M: "Generalized skeletal dysplasia in mother and daughter with 22q11 deletion syndrome"Am J Med Genet. 117A. 295-298 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Nagai T: "Sotos syndrome and haploinsufficiency of NSD1 : clinical features of intragenic mutations and submicroscopic deletions"J Med Genet. 40. 285-289 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] 村上智彦: "グリセロールキナーゼ欠損症を伴った先天性副腎低形成の1症例"奈良医学雑誌. 54. 305-311 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Miyake N: "Preferential paternal origin of microdeletions caused by prezygotic chromosome or chromatid rearrangements in Sotos syndrome."Am J Hum Genet. 72. 1331-1337 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Wakui K: "Registration of Disease-associated balanced chromosome rearrangements. (in Japanese)"Shinshu Medical Journal. 48. 43-44 (2000)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Iida A, Emi M, Matsuoka R, Hiratsuka E, Okui K, Ohashi H, Inazawa J, Fukushima Y, Imai T, Nakamura Y: "Identification of a gene disrupted by inv(11)(q13.5q25) in a patient with left-right axis malformation."Hum Genet. 106. 277-287 (2000)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] De Baere E, Fukushima Y, Small K, Udar N, Van Camp G, Verhoeven K, Palotie A, De Paepe A, Messiaen L: "Identification of BPESC1, a novel gene disrupted by a balanced chromosomal translocation, t(3;4)(q23;p15.2), in a patient with BPES."Genomics. 68. 296-304 (2000)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Ogata T, Wakui K, Kosho T, Muroya K, Yamanouchi Y, Takano T, Fukushima Y, Rappold G, Suzuki Y: "Structural analysis of a rare rearranged Y chromosome and its bearing on genotype-phenotype correlation."Am J Med Genet. 92. 256-259 (2000)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Ogata T, Kosho T, Wakui K, Fukushima Y, Yoshimoto M, Miharu N: "Short stature homeobox-containing gene duplication on the der(X) chromosome in a female with 45,X/46,X, der(X),gonadal dysgenesis, and tall stature."J Clin Endocrinol Metab. 85. 2927-2930 (2000)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Muroya K, Okuyama T, Goishi K, Ogiso Y, Fukuda S, Kameyama J, Sato H, Suzuki Y, Terasaki H, Gomyo H, Wakui K, Fukushima Y, Ogata T: "Sex-determining gene(s) on distal 9p : Clinical and molecular studies in six cases."J Clin Endocrinol Metab. 85. 3094-3100 (2000)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Saito N, Ebara S, Fukushima Y, Wakui K, Takaoka K: "Progressive scoliosis in cri-du-chat syndrome over a 20-year follow-up period."Spine. 26. 835-837 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Akahoshi K, Moriwaki S, kimiya S, Takahashi I, Fukushima Y: "Woman with UV hypersensitivity and a de novo unbalanced chromosome translocation."Am J Med Genet. 101. 153-157 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Inoue K, Kanai M, Tanabe Y, Kubota T, Kashork CD, Wakui K, Fukushima Y, Lupski JR, Shaffer LG: "Prenatal interphase FISH diagnosis of PLP duplication associated with Pelizaeus-Merzbacher disease."Prenatal Diagnosis. 21. 1133-1136 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Miyoshi A, Yabe R, Wakui K, Fukushima Y, Koizumi S, Uchikawa M, Kajii T, Numakura C, Takahashi S, Hayasaka K, Niikawa N.: "Two cases of mosaic RhD blood-group phenotypes and paternal isodisomy for chromosome 1."Am J Med Genet. 104. 250-256 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Ogata T, Matsuo N, Fukushima Y, Saito M, Nose O, Miharu N, Uehara S, ishizuka B: "FISH analysis for apparently simple terminal deletions of the X chromosome : Identification of hidden structural abnormalities."Am J Med Genet. 104. 307-311 (2001)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Kubota T, Wakui K, nakamura T, Ohashi H, Watanabe Y, Yoshino M, Kida T, Okamoto N, Matsumura M, Muroya K, Ogata T, Goto Y, Fukushima Y: "The proportion of cells with functional X disomy is associated with the severity of mental retardation in mosaic ring X Turner syndrome females."Cytogenet Genome Res. 99. 276-284 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Kondoh S, Sugawara H, Harada N, Matsumoto N, Ohashi H, Sato M, Kantaputra PN, Ogino T, Tomita H, Ohta T, Kishino T, Fukushima Y, Niikawa N, Yoshiura K: "A novel gene is disrupted at a 14q13 breakpoint of t(2;14) in a patient with miror-image polydactyly of hands and feet."J Hum Genet. 47. 136-139 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Kurotaki N, Imaizumi K, Harada N, Masuno M, Kondo T, NagaiT, Ohashi H, Naritomi K, Tsukahara M, Makita Y, Sugimoto T, Sonoda T, Hasegawa T, Chinen Y, Tomita H, Kinoshita A, Mizuguchi T, Yoshiura K, Ohta T, Kishino T, Fukushima Y, Niikawa N, Matsumoto N: "Haploinsufficiency of NSD1 causes Sotos syndrome."Nat Genet. 30. 365-366 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Muroya K, yamamoto K, Fukushima Y, Ogata T: "Ring chromosome 21 in a boy and a derivative chromosome 21 in the mother : Implication for ring chromosome formation."Am J Med Genet. 110. 332-337 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Wakui K, Toyoda A, Kubota T, Hidaka E, ishikawa M, katsuyama T, Sakaki Y, Hattori M, Fukushima Y: "Familial 14-Mb deletion at 21q11.2-q21.3 and variable phenotypic expression."J Hum Genet. 47. 511-516 (2002)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Matsumura M, Kubota T, Hidaka E, Wakui K, Kadowaki S, Ueta I, Shimizu T, Ueno I, Yamauchi K, Herzing LB, Nurmi EL, Sutcliffe JS, Fukushima Y, Katsuyama T: "'Severe' Prader-Willi syndrome with a large deletion of chromosome 15 due to an unbalanced t(15;22)(q14;q11.2) translocation."Clin Genet. 63. 79-81 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Adachi M, Tachibana K, Asakura Y, Nishimura G, Fukushima Y, Sakazume S: "Generalized skeletal dysplasia in mother and daughter with 22q11 deletion syndrome."Am J Med Genet. 117A. 295-298 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Nagai T, Matsumoto N, kurotaki N, harada N, Niikawa N, Ogata T, Imaizumi K, Kurosawa K, Kondoh T, Ohashi H, Tsukahara M, Makita Y, Sugimoto T, Sonoda T, Yokoyama T, uetake K, Sakazume S, Fukushima Y, Naritomi K: "Sotos syndrome and haploinsufficiency of NSC1: clinical features of intragenic mutations and submicroscopic deletions."J Med Genet. 40. 285-289 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Murakami T, Kamitsuji H, Nakano T, Kin H, Nishikubo T, Kisato Y, Ishikawa N, Kuwahara I, Sakaue T, Wakui K, Fukushima Y: "A case of X-linked adrenal hypoplasia congenital with Glycerol kinase deficiency. (in Japanese)"J Nara Medical Associat. 54. 305-311 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Miyake N, Kurotaki N, Sugawara H, Shimokawa O, Harada N, Kondoh T, Tsukahara M, Ishikiriyama S, Sonoda T, Miyoshi Y, Sakazume S, Fukushima Y, Ohashi H, Nagai T, Kawame H, Kurosawa K, Touyama M, Shiihara T, Okamoto N, Nishimoto J, Yoshiura K, Ohta T, Kishino T, Niikawa N, matsumoto N: "Preferential paternal origin of microdeletions caused by prezygotic chromosome or chromatid rearrangements in Sotos syndrome."Am J Hum Genet. 72. 1331-1337 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Matsumura M: "Severe Prader-Willi syndrome with a large deletion of chromosome 15 due to an unbalanced t(15,22)(q14;q11.2) translocation"Clin Genet. 63. 79-81 (2003)
• [文献書誌] Adachi M: "Generalized skeletal dysplasia in mother and daughter with 22q11 deletion syndrome"Am J Med Genet. 117A. 295-298 (2003)
• [文献書誌] Nagai T: "Sotos syndrome and haploinsufficiency of NSD1 : clinical features of intragenic mutations and submicroscopic deletions"J Med Genet. 40. 285-289 (2003)
• [文献書誌] 村上智彦: "グリセロールキナーゼ欠損症を伴った先天性副腎低形成の1症例"奈良医学雑誌. 54. 305-311 (2003)
• [文献書誌] Miyake N: "Preferential paternal origin of microdeletions caused by prezygotic chromosome or chromatid rearrangements in Sotos syndrome"Am J Hum Genet. 72. 1331-1337 (2003)
• [文献書誌] Wakui K, Toyoda A, Kubota T, Hidaka E, Ishikawa M, Katsuyama T, Sakaki Y, Hattori M, Fukushima Y: "Familial 14-Mb deletion at 21q11.2-q21.3 and variable phenotypic expression"J Hum Genet. 47. 511-516 (2002)
• [文献書誌] Shirohzu H, Kubota T, Kumazawa A, Sado T, Chijiwa T, Inagaki K, Suetake I, Tajima T, Wakui K, Miki Y, Hayashi M, Fukushima Y, Sasaki H: "Three novel DNMT3B mutations in Japanese patients with ICF syndrome"Am J Med Genet. 112. 31-37 (2002)
• [文献書誌] Muroya K, Yamamoto K, Fukushima Y, Ogata T: "Ring chromosome 21 in a boy and a derivative chromosome 21 in the mother : Implication for ring chromosome formation"Am J Med Genet. 110. 332-337 (2002)
• [文献書誌] Kurotaki N, Imaizumi K, Harada N, Masuno M, Kondo T, Nagai T, Ohashi H, Naritomi K, Tsukahara M, Makita Y, Sugimoto T, Sonoda T, Hasegawa T, Chinen Y, Tomita H, Kinoshita A, Mizuguchi T, Yoshiura K, Ohta T, kishino T, Fukushima Y, Niikawa N, Matsumoto N: "Haploinsufficiency of NSD1 causes Sotos syndrome"Nature Genet. 30. 365-366 (2002)
• [文献書誌] Kondoh S, Sugawara H, Harada N, Matsumoto N, Ohashi H, Sato M, Kantaputra PN, Ogino T, Tomita H, Ohta T, Kishino T, Fukushima Y, Niikawa N, Yoshiura K: "A novel gene is disrupted at a 14q13 breakpoint of t(2;14) in a patient with miror-image polydactyly of hands and feet"J Hum Genet. 47. 136-139 (2002)
• [文献書誌] Fukushirna Y: "Two cases of mosaic RhD blood-group phenotypes and paternal isodisomy for chromosome 1"Am J Med Genet. 104. 250-256 (2001)
• [文献書誌] Fukushima Y: "Prenatal interphase FISH diagnosis of PLP duplication associated with Pelizaeus-Merzbacher disease"Prenatal Diagnosis. 21. 1133-1136 (2001)
• [文献書誌] Fukushima Y: "GATA3 abnormalities and the phenotypic spectrum of HDR syndrome"J Med Genet. 38. 374-380 (2001)
• [文献書誌] Fukushima Y: "Woman with UV hypersensitivity and a de novo unbalanced chromosome translocation"Am J Med Genet. 101. 153-157 (2001)
• [文献書誌] Fukushima Y: "Mutation frequencies of EXT1 and EXYF2 in 43 Japanese families with hereditary multiple exostoses"Am J Med Genet. 99. 59-62 (2001)
• [文献書誌] De Baere E: "Identification of BPESC1, a novel gene disrupted by a balanced chromosomal translocation, t(3;4)(q23;p15.2), in a patient with BPES."Genomics. 68. 296-304 (2000)
• [文献書誌] Fukushima Y: "Pitfalls of chromosome analysis"Congenital Animalies.. 40. 131-132 (2000)
• [文献書誌] Seki H: "Mutation frequencies of EXT1 and EXT2 in 43 Japanese families with hereditary multiple exostoses."Am J Med Genet. 99. 59-62 (2001)
• [文献書誌] Ishikawa S: "Japanese family with an autosomal dominant chromosome instability syndrome : a new neurodegenerative disease?"Am J Med Genet. 94. 265-270 (2000)
• [文献書誌] 涌井敬子: "Mendelian Cytogenetics Network疾患に関連する染色体均衡型構造異常症例のデータベース化と株化細胞保存の重要性."信州医学雑誌. 48. 43-44 (2000)