• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

RNAポリメラーゼ複合体の1分子メモリー効果による転写活性化機構

研究課題

研究課題/領域番号 12480203
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

嶋本 伸雄  国立遺伝学研究所, 構造遺伝学研究センター, 教授 (20127658)

研究分担者 十川 久美子  国立遺伝学研究所, 構造遺伝学研究センター, 助手 (20291073)
研究期間 (年度) 2000 – 2002
研究課題ステータス 完了 (2002年度)
配分額 *注記
15,400千円 (直接経費: 15,400千円)
2002年度: 6,100千円 (直接経費: 6,100千円)
2001年度: 6,500千円 (直接経費: 6,500千円)
2000年度: 2,800千円 (直接経費: 2,800千円)
キーワード大腸菌RNAポリメラーゼ / プロモーター / abortive initiation / moribund複合体 / 分子メモリー / GreAGreB / RNA切断因子
研究概要

従来、転写開始は必要な反応を直列に並べたもの(直列経路)とされてきた。近年、λP_Rプロモーター等でプロモーターに結合したまま、不活性な複合体を形成する分岐経路が発見された。この分岐した転写開始では、RNA伸長の過程で、長鎖RNA合成にいたる転写複合体と、短鎖RNAを繰り返し解離(abortive initiation)する複合体(moribund複合体と命名された)との分岐した反応経路をたどる。我々はこの機構が、少なくともin vitroでは一般的な転写開始機構であることを、証明した。
さらにわれわれは、この機構が、細胞内で存在することをいかのように証明した。転写伸長因子と考えられていたGreA,GreBタンパク質が、プロモーターとRNAポリメラーゼとの2体複合体のレベルで、λP_Rプロモータにおけるmoribund complexの形成を押さえて転写を活性化させる開始因子としての作用を持つことを発見した。greAgreB.遺伝子の破壊株を構築したところ、この株は低温感受性で、重金属耐性が低下しており、genome arrayにより二桁以上の遺伝子の発現が野生株と異なっていることが明らかになった。幾つかの遺伝子発現を検討したところ、uncオペロンなど少なくとも3種の転写ユニットはgreA/greB遺伝子依存的に、in vivoとin vitroの両方でレベルが上昇しており、abortive initiationが低下していた。つまり、転写の分岐回路は細胞内でも存在していることが証明された。
転写の開始機構が、従来証拠無しに信じられてきた直列モデルを否定し、新しいモデルを証明し、国際的にもmoribund complexやbranched pathwayとして認知された意義は大きい。また、この発見は、90年ごろに我々が開発した、固定化DNAによる転写技術が必須のものであり、一つの技術が生物学的発見に結びついたものである。

報告書

(4件)
  • 2002 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2001 実績報告書
  • 2000 実績報告書
  • 研究成果

    (29件)

すべて 2004 2003 2002 2001 その他

すべて 雑誌論文 (8件) 図書 (2件) 産業財産権 (1件) 文献書誌 (18件)

  • [雑誌論文] RNA polymerase can track a DNA groove during promoter search.2004

    • 著者名/発表者名
      Sakata-Sogawa, K., Shimamoto, N.
    • 雑誌名

      Proc.Nat.Sci.U.S.A. 101

      ページ: 14731-14735

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] RNA polymerase can track a DNA groove during promoter search2004

    • 著者名/発表者名
      Sakata-Sogawa, K., Shimamoto, N.
    • 雑誌名

      Proc.Nat.Sci.U.S.A. 101

      ページ: 14731-14735

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Movements of RNA polymerase along DNA2003

    • 著者名/発表者名
      Shimamoto, N.
    • 雑誌名

      Methods Enzymology 371

      ページ: 50-70

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Movement of RNA polymerase along DNA2003

    • 著者名/発表者名
      Shimamoto, N.
    • 雑誌名

      Methods Enzymology 371

      ページ: 50-70

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Generality of the Branched Pathway in Transcription Initiation by E.coli RNA Polymerase..2002

    • 著者名/発表者名
      Susa, M., Sen, R., Shimamoto, N.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 277

      ページ: 15407-15412

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Generality of the Branched Pathway in Transcription Initiation by E.coli RNA Polymerase..2002

    • 著者名/発表者名
      Susa, M., Sen, R., Shimamoto, N.
    • 雑誌名

      J.BIol.Chem. 277

      ページ: 15407-15412

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Conformational switching of Escherichia coli RNA polymerase-promoter binary complex is facilitated by elongation factors GreA and GreB.2001

    • 著者名/発表者名
      Sen, R., Nagai, H., Shimamoto, N.
    • 雑誌名

      Gene.Cells 6

      ページ: 389-402

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] スライディングによるDNA結合のアンテナ効果:1分子観察により発見された分子効果2001

    • 著者名/発表者名
      嶋本伸雄
    • 雑誌名

      細胞工学 20

      ページ: 666-671

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [図書] 分子生物学・免疫学キーワード辞典 第2版(リボ核酸、RNAポリメラーゼ、転写開始、エロンゲーション(転写の)、メッセンジヤーRNA)2003

    • 著者名/発表者名
      嶋本伸雄
    • 総ページ数
      1035
    • 出版者
      医学書院
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [図書] ナノバイオマシン創製のための技術及び市場性に関する調査研究2003

    • 著者名/発表者名
      嶋本伸雄
    • 総ページ数
      250
    • 出版者
      バイオインダストリー協会調査委員会(嶋本伸雄委員長)
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [産業財産権] 特許2003

    • 発明者名
      嶋本 伸雄, 須佐 太樹, 福島 和久
    • 権利者名
      国立遺伝学研究所所長, 横河電機
    • 出願年月日
      2003-12-16
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Shimamoto, N: "Movements of RNA polymerase along DNA in Methods of Enzymology"Methods of Enzymology. (in press). (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Susa, M., Sen, R., Shimamoto, N.: "Generality of the branched pathway in transcription initiation by Escherichia coli RNA polymerase"J.Biol.Chem.. 277. 15407-15412 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 嶋本伸雄: "分子レベルで見たタンパク質とDNAとの結合"総研大ジャーナル. 1. 42-47 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 嶋本伸雄: "ナノバイオマシン〜世界が血眼の次世代デバイスの代表"NIF NEWS. 12月号. 2-2 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 嶋本伸雄: "分子生物キーワード辞典第2版(RNA、RNAポリメラーゼ、(転写の)イニシエーション、(転写の)エロンゲーション、mRNA、)"羊土社(in press). (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 嶋本伸雄: "わかる実験医学(原核生物の転写反応)"羊土社(in press). (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Sen, R., Nagai, H., Shimamoto.N.: "Generality of the Branched Pathway in Transcription Initiation by E. coli RNA Polymerase"J. Biol. Chem.. (in press). (2002)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Sen, R., Nagal, H., Shimamoto, N.: "Conformational switching of Escherichia coli RNA polymemse-promoter binary complex is facilitated by elongation factors GreA and GreB."Gene. Cells. 6. 389-402 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 嶋本伸雄: "スライディングによるDNA結合のアンテナ効果:1分子観察により発見された分子効果"細胞工学. 20. 666-671 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 嶋本伸雄: "スライディングによるDNA結合のアンテナ効果:1分子観察により発見された分子効果"細胞工学. 20. 666-671 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 嶋本伸雄: "分子生物学・免疫学キーワード辞典第2版"医学書 院編者:永田和宏, 長野 敬, 宮坂信之, 宮坂昌之. (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 嶋本伸雄: "Bioscience新用語ライブラリー第二版"羊土社 編者:田村隆明, 山本雅之, 安田国男. (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Sen,R.,Nagai,H.and Shimamoto.N.: "Conformational switching of Escherichia coli RNA polymerase-promoter binary complex is facilitated by elongation factors GreA and GreB."Gene. Cells. 6(in press). (2001)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Sen,R.,Nagai,H.and Shimamoto.N.: "polymerase-arrest at the λP_R promoter during transcription initiation."J.Biol.Chem.. 275. 10899-10904 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Harada,Y.,Ohara,O.,Takatsuki,A.,Itoh,H.,Shimamoto,N.and Jr.,K.K.: "Direct observation of DNA rotation during transcription by Escherichia coli RNA polymerase."Nature. 409. 113-115 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Yamamoto,T.,Kurosawa,O.,Kabata,H.,Shimamoto,N.and Washizu,M.: "Molecular surgery of DNA based on electrostatic micromanipuration."IEEE Trans. on Indst.Appl.. 36. 1010-1017 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Matsumoto,T., Morimoto,Y.,Shibata,N.,Kinebuchi,T.,Shimamoto,N.,Tsukihara,T.and Yasuoka,N.: "Roles of functional loops and the C-terminal segment of a single-stranded DNA binding protein elucidated by X-ray structure."J.Biochem.. 127. 329-335 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Muramatsu,H.,Hamma,K.,Yamamoto,N.,Wang,J.,Sakata-Sogawa,K.and Shimamoto,N.: "Imaging of DNA molecules by scanning near-field microscope."Mater.Sci.Eng.. C12. 29-32 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書

URL: 

公開日: 2000-04-01   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi