循環器感受性遺伝子解析のためのTaqMan PCR法の確立

• 研究課題/領域番号: 12557063
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 展開研究
• 研究分野: 循環器内科学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 勝谷 友宏 大阪大学, 医学系研究科, 講師 (30311757)
• 研究分担者: 檜垣 實男 大阪大学, 医学系研究科, 助教授 (70189744)
• 研究期間 (年度): 2000 – 2003
• 研究課題ステータス: 完了 (2003年度)
• 配分額: 6,400千円 (直接経費: 6,400千円); 2003年度: 1,600千円 (直接経費: 1,600千円); 2002年度: 2,100千円 (直接経費: 2,100千円); 2001年度: 2,700千円 (直接経費: 2,700千円)
• キーワード: 遺伝子多型 / MGBプローブ / 疾患感受性 / SNps / 高血圧 / TaqManケミストリー / 遺伝疫学 / 多因子疾患 / SNPs / 対立遺伝子 / TaqMan / プローブ / 連鎖不平衡

研究概要

DNAアレイ技術が注目を集めているが、圧倒的に高頻度である遺伝性多因子疾患で、多数のSNPsを検討する本態性高血圧症や糖尿病といった疾患の解析には、統計学的に十分なパワーと廉価性が要求されることから、大量検体収集の解析には不向きである。このため中小規模の施設でも検討可能な遺伝子解析技術の確立が必要であり、定量的RT-PCRにおける定量性を高め、Western blottingと同様の信頼性を得ることを目的として開発されたTaq Man PCR法の応用が求められていた。本研究開始後、Taq Man PCRを用いたSNPs解析は急速な進歩をとげ、蛍光ラベルはFAM&TETからMGBプローブ導入によりFAM&VICに変化し、温度条件もアニーリング温度60℃のみで利用可能と簡略化が進んだ。一部の遺伝子ではネット上でオーダー可能なAssay on Demandなども導入されたが、至適条件を確立したはずのAssay by Designであってもプローブ、プライマーの配列内にSNPsが存在し、正確なタイピングが妨げられる場合などがあることが確認された。さらに、287bpという大きな欠失部位をalu配列に有するACE遺伝子のI//D多型をTaqMan PCR法で同定する方法を開発し、特許申請を行った(識別番号:504148642)。一連の技術開発に伴い、多くの循環器疾患の病態との関連研究に本手法を導入し、多くの成果を39の英文原著論文として報告し、日本人の疾患感受性遺伝子解析に大きく貢献した。本技術の確立により、一般研究室において、少数SNPsを大量タイピング(数百から数千検体)するには、TaqMan PCR法がコストパフォーマンスにおいても最適の方法となったと考える。

研究成果

• [文献書誌] Katsuya T, et al.: "Salt sensitivity of Japanese from the viewpoint of gene polymorphism."Hypertens Res. 26(7). 521-525 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Inamoto N, Katsuya T, et al.: "Association of methylenetetrahydrofolate reductase gene polymorphism with carotid atherosclerosis depending on smoking status in a Japanese general population."Stroke. 34(7). 1628-1633 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Matsubara M, Katsuya T, et al.: "T+31C polymorphism (M235T) of the angiotensinogen gene and home blood pressure in the Japanese general population : the Ohasama Study."Hypertens Res. 26(1). 47-52 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Kikuya M, Katsuya T, et al.: "A/C1166 gene polymorphism of the angiotensin II type 1 receptor (AT1) and ambulatory blood pressure : the Ohasama Study."Hypertens Res. 26(2). 141-145 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Motone M, Katsuya T, et al.: "Association between hepatocyte growth factor gene polymorphism and essential hypertension"Hypertens Res. 27(4). 247-251 (2004)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Katsuya T, et al.: "Salt sensitivity of Japanese from the viewpoint of gene polymorphism."Hypertens Res. 26(7). 521-525 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Inamoto N, Katsuyra T, et al.: "Association of methylenetetrahydrofolate reductase gene polymorphism with carotid atherosclerosis depending on smoking status in a Japanese general population."Stroke. 34(7). 1628-1333 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Matsubara M, Katsuya T, et al..: "T+31C polymorphism (M235T) of the angiotensinogen gene and home blood pressure in the Japanese general population : the Ohasama Study"Hypertens Res. 26(1). 47-52 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Kikuya M, Katsuya T, et al.: "A/C1166 gene polymorphism of the angiotensin II type 1 receptor (AT1) and ambulatory blood pressure: the Ohasama Study."Hypertens Res. 26(2). 141-145 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Motone M, Katsuya T, et al.: "Association between hepatocyte growth factor gene polymorphism and essential hypertension"Hypertens Res. 27(4). 247-251 (2004)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Katsuya T, et al.: "Salt sensitivity of Japanese from the viewpoint of gene polymorphism"Hypertens Res. 26(7). 521-525 (2003)
• [文献書誌] Inamoto N, Katsuya T, et al.: "Association of methylenetetrahydrofolate reductase gene polymorphism with carotid atherosclerosis depending on smoking status in a Japanese general population"Stroke. 34(7). 1628-1633 (2003)
• [文献書誌] Matsubara M, Katsuya T, et al.: "T+31C polymorphism (M235T) of the angiotensinogen gene and home blood pressure in the Japanese general population : the Ohasama Study"Hypertens Res. 26(1). 47-52 (2003)
• [文献書誌] Kikuya M, Katsuya T, et al.: "A/C1166 gene polymorphism of the angiotensin II type 1 receptor(AT1) and ambulatory blood pressure : the Ohasama Study"Hypertens Res. 26(2). 141-145 (2003)
• [文献書誌] Motone M, atsuya T, et al.: "Association between hepatocyte growth factor gene polymorphism and essential hypertension"Hypertens Res. (in press). (2004)
• [文献書誌] Morimoto S, Katsuya T, et al.: "Deletion allele of the angiotensin-converting enzyme gene as a risk factor for pneumonia in elderly patients"Am J Med.. 112. 89-94 (2002)
• [文献書誌] Sugimoto K, Katsuya T, et al.: "Alpha-Adducin Gly460Trp polymorphism is associated with low renin hypertension in younger subjects in the Ohasama study"J Hypertens. 20(9). 1779-1784 (2002)
• [文献書誌] Katsuya T, et al.: "Epsilon 4 allele of apolipoprotein E gene associates with lower blood pressure in young Japanese subjects : the Suita Study"J Hypertens. 20(10). 2017-2021 (2002)
• [文献書誌] Fukuda M, Katsuya T, et al.: "Association of a mast cell chymase gene variant with HDL cholesterol, but not with blood pressure in the Ohasama study"Hypertens Res. 25(2). 179-184 (2002)
• [文献書誌] Matsubara M, Katsuya T, et al.: "Angiotensin-converting enzyme I/D polymorphism and hypertension : the Ohasama study"J Hypertens. 20(6). 1121-1126 (2002)
• [文献書誌] Iwai N, Katsuya T, et al.: "Association between SAH, an acyl-CoA synthetase gene, and hypertriglyceridemia, obesity, and hypertension"Circulation. 105(1). 41-47 (2002)
• [文献書誌] Morimoto S, Katsuya T, et al.: "Deletion allele of the angiotensin-converting enzyme gene as a risk factor for pneumonia in elderly patients"Am J Med. 112. 89-94 (2002)
• [文献書誌] Fu Y, Katsuya T, Higaki J, et al.: "A common mutation of low-density lipoprotein receptor gene is associated with essential hypertension among Japanese"J Hum Hypertens. 15. 125-130 (2001)
• [文献書誌] Asai T, Katsuya T, Higaki J, et al.: "Endothelin-1 gene variant associates with blood pressure in obese Japanese subjects : the Ohasama Study"Hypertension. 38. 1321-1324 (2001)
• [文献書誌] Matsubara M, Katsuya T, Higaki J, et al.: "Aldosterone synthase gene (CYP11B2) C-334T polymorphism, ambulatory blood pressure and nocturnal decline in blood pressure in the general Japanese population : the Ohasama Study"J Hypertens. 19. 2179-2184 (2001)
• [文献書誌] Katsuya T, Higaki J, et al.: "Effects of antihypertensive drugs and gene variants in the renin-angiotensin system"Hypertens Res. 24. 463-467 (2001)
• [文献書誌] Fu Y, Katsuya T, Higaki J, et al.: "Lack of correlation between Mbo I restriction fragment length polymorphism of renin gene and essential hypertension in Japanese"Hypertens Res. 24. 295-298 (2001)
• [文献書誌] Ishikawa K,Katsuya T,Higaki J: "T+31C polymorphism of angiotensinogen gene and essential hypertension"Hypertension. (in press). (2001)
• [文献書誌] Higaki J,Katsuya T: "The deletion allele of angiotensin converting enzyme gene increases the risk of essential hypertension in Japanese males : The Suita Study"Circulation. 101. 2060-2065 (2000)
• [文献書誌] Katsuya T,Higaki J: "Effects on antihypertensive drugs and gene variants in renin-angiotensin system"Hypertens Res. (in press). (2001)
• [文献書誌] Sato N,Katsuya T: "Nine polymorphisms of angiotensinogen gene in the susceptibility to essential hypertension"Life Sciences. 68. 259-272 (2000)