| 研究課題/領域番号 |
12557238
|
|---|
| 研究種目 |
基盤研究(B)
|
| 配分区分 | 補助金 |
|---|
| 応募区分 | 展開研究 |
|---|
| 研究分野 |
病態検査学
|
|---|
| 研究機関 | 岐阜大学 |
|---|
研究代表者 |
江崎 孝行 岐阜大学, 医学部, 教授 (90151977)
|
|---|
| 研究分担者 |
河村 好章 岐阜大学, 医学部, 助教授 (80262757)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2000 – 2001
|
| 研究課題ステータス |
完了 (2001年度)
|
| 配分額 *注記 |
11,200千円 (直接経費: 11,200千円)
2001年度: 1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
2000年度: 9,300千円 (直接経費: 9,300千円)
|
|---|
| キーワード | 病原体 / 感染症・診断 / 病原因子 / DNAチップ / 検出 / 同定 / レベル2 / レベル3 / 感染症診断 / 病原細菌 / 感染症 / 診断 |
|---|
| 研究概要 |
病原細菌はレベル2、レベル3でそれぞれ350菌種、及びレベル3で11属33菌種が記載されている.これらの菌種は16SrDNAの配列を使って系統的に分類されている.そのためこれらの細菌のリボソームRNA配列を網羅的にマイクロアレイに固定しておけば系統的な位置が配列を決定しなくても判定できる.しかし、16SrRNA情報だけでは病原因子を保有した株と保有していない株を識別出来ないため、病原細菌を識別するにはさらに病原因子を固定したマイクロアレイが必要になる.我々は本研究を通じて、16SDrDNAと病原因子の保有を同時にマイクロアレイ上に固定することで、分離株の同定および検査材料中に病原体がいるかどうかを識別する方法を作成した.
分離菌株がレベル2及びレベル3の病原体に該当するかどうかは16SrDNAをuniversal primerを使用し増幅しアレイ上の基準株のリボソームと反応させることで系統的な位置を確認する.病原因子の保有の有無が問題になる病現体は約100菌種存在し、これらに関してはuniversal primerが存在しないので個々の病原因子に特異的な配列を使用して増幅した後、病原因子が固定されているマイクロアレイと反応させる方法を作成した.個々の病原因子は配列が大きく異なるため、100種類のPrimerを混合し一本のtubeにまとめて遺伝子増幅を行うmultiplex PCR法を利用して増幅する系を作成した.
臨床材料から直接病原体を検出する系に関してはuniversal primerは便や喀痰のような常在菌が混入する材料には使えない.そのために菌種に特異的なリボゾーム配列、および属に共通のリボゾーム配列を増幅するprimerをデザインし喀痰、便、土壌、尿など材料別に特異リボゾーム配列を混合しmultiplex PCR法を作成した.
|
