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固定化法を用いた結核菌の遺伝子プロモーターの検索

研究課題

研究課題/領域番号 12672181
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 環境系薬学
研究機関第一薬科大学

研究代表者

荒牧 弘範  第一薬科大学, 薬学部, 講師 (20221054)

研究期間 (年度) 2000 – 2001
研究課題ステータス 完了 (2001年度)
配分額 *注記
3,300千円 (直接経費: 3,300千円)
2001年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2000年度: 2,100千円 (直接経費: 2,100千円)
キーワード結核菌 / ゲノム / プロモーター / RNAポリメラーゼ / 固定化酵素 / バイオインフォーマティックス / バイオインフォーマティクス
研究概要

【研究目的】病原性結核強毒株M.tuberculosis H37Rvの全ゲノムの塩基配列が決定されたが、この株は転写開始因子(シグマ因子)が異なる13種のRNAポリメラーゼをもつなど複雑な転写様式をもつ。本研究の目的は、再興感染症の一つの原因菌であり、取り扱いが危険なこの結核菌強毒株のプロモーターを、生化学とバイオインフォーマティックスとを総合的に利用することにより、実用的で危険の無い固定化酸素を用いた新手法で探索することである。この研究で得られる結果は結核菌の転写機構の一般的な理解のみに止まらず、現在まだ不明である病原性に関わる遺伝子の転写機構を明らかにして感染症の制御やワクチン開発の基盤をあたえる異議をもつと同時に、本研究の新手法は他の病原性バクテリアにそのまま利用できる一般性を持つものである。
【研究実験】大腸菌多量発現系を用いてM.tuberculosisの異なるシグマ因子をもつ8種のリコンビナントホロ酵素をそれぞれ精製し、開発した固定化樹脂を用いて、結核菌の13種のうち8種の固定化ホロ酵素(SigA, SigB, SigC, SigD, SigE, SigG, SigH, SigI型)を調制した。
ゲノムでの出現頻度から設計されたプライマーを用いたPCRによって構築したM.tuberculosisゲノムライブラリー(前年度構築済)から,それぞれの固定化ホロ酵素に高い親和性をもち、かつ1サイクルの転写に伴って解離されるDNA断片を選択した。次に、選択されたDNA断片の塩基配列を決定したのち、シグマ型ごとにプロモーター配列を整列し、各々の共通性を探った。その結果、SigA, SigE, SigH型のプロモーターDNA断片を収集した。
その結果、SigA型(major RNA polymerase)プロモーターは大腸菌のシグマ70型プロモーター共通配列(TTGACA<16/17/bp>TATAAT)と類似したもの、-10配列のみが類似のもの及び類似していないものが得られた。また、SigH型(ECF RNA polymerase)のプロモーターは、ECF型プロモーター共通配列(CCGGAACT<16/17/bp>TCTgA)の-35領域が保存されていた。一方、SigE型のプロモーターもECF型であるが、その共通配列と類似性は泣く、共通配列はGG^<aa>_<gc>(C/A)<18bp>^c_gGTT^g_cと推定される。

報告書

(3件)
  • 2001 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2000 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (16件)

  • [文献書誌] Fujita, M.: "In vitro transcription system using reconstituted RNA polymerase (Es70, E sH, E sE and E sS ) of Pseudomonas aeruginosa"FEMS Microbiol.Lett.. 183. 253-257 (2000)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ohdo, S.: "Basis for dosing lime-dependent changes in the antiviral activity of interferon-alpha in mice"J.Pharmacol.Exp.Ther.. 294. 488-493 (2000)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kawashima, T.: "Archaeal adaptation to higher temperatures revealed by genomic sequence of Thermoplasma volcanium"Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 97. 14257-14262 (2000)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Wang, D.S.: "Effect of dosing schedule on pharmacokinetics of alpha interferon and anti-alpha interferon neutralizing antibody in mice"Antimicrob.Agents.Chemother.. 45. 176-180 (2000)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ohdo, S.: "Changing the dosing schedule minimizes the disruptive effects of interferon on clock function"Nat.Med.. 7. 356-360 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Aramaki, H.: "Transcription analysis of rpoH in Pseudomonas putida"FEMS Microbiol.Lett.. 205. 165-169 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fujita, M: "In vitro transcription system using reconstituted RNA polymeitase (Eo70, EoH, EoE and Eos) ofPseudomonas aeruginosa."FEMS Microbiol. Lett.,. 183. 253-257 (2000)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ohdo, S.: "Basis for dosing time-dependent changes in the antiviral activity of interferon-alpha in mice"J. Pharmacol Exp. Ther.. 294. 488-493 (2000)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kawashima, T.: "Archaeal adaptation to higher temperatures revealed by genomic sequence of Thermoplasm volcanium."Proc. Ncttl. Acad Sci. USA. 97. 14257-14262 (2000)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Wang, D.S.: "Effect of dosing schedule on pharmacokinetics of alpha interferon and anti-alpha interferon neutralizing antibody in mice."Antimicrob. Agents. Chemother. 45. 176-180 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ohdo, S.: "Changing the dosing schedule minimizes the disruptive effects of interferon on clock function."Nat. Med. 7. 356-360 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Aramaki, H: "Transcription analysis ofrpoff m Pseuddmonas putida."FEMS Microbiol. Lett.,. 205. 165-169 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] H.Aramaki: "Transcription analysis of rpoH in Pseudomonas putida"FEMS Microbiology Letters. 205・2. 165-169 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] S.Ohdo: "Changing the dosing schedule minimizes the disruptive effects of interferon on clock function"Nature Medicine. 7・3. 356-360 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] M.Fujita: "In vitro transcription system using reconstituted RNA polymerase (Esigma(70),Esigma(H),Esigma(E) and Esigma (S)) of Pseudomonas aeruginosa."FEMS Microbiol.Lett.. 183・2. 253-257 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] T.Kawashima: "Archaeal adaptation to higher temperatures revealed by genomic sequence of Thermoplasma volcanium."Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 97・26. 14257-14262 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書

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公開日: 2000-04-01   更新日: 2016-04-21  

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