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新規α-アミラーゼTVAIIの3次元構造情報に基づく基質認識機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 12680606
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関東京農工大学

研究代表者

神鳥 成弘  東京農工大学, 工学部, 助教授 (00262246)

研究分担者 坂野 好幸  東京農工大学, 農学部, 教授 (70014959)
研究期間 (年度) 2000 – 2001
研究課題ステータス 完了 (2001年度)
配分額 *注記
2,600千円 (直接経費: 2,600千円)
2001年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2000年度: 1,600千円 (直接経費: 1,600千円)
キーワードX線結晶解析 / α-アミラーゼ / 基質認識 / シクロデキストリン / 加水分解 / グルコシド結合 / ミュータント酵素 / 好熱性放線菌
研究概要

好熱性放線菌(Thermoactinomyces vulgaris R-47)は,2つのα-アミラーゼ(TVA1,TVA2)を持つ。これらは,デンプンに加えて,通常のα-アミラーゼがほとんど加水分解できない環状オリゴ糖であるシクロデキストリン(CD)やα-1,4,α-1,4,α-1,6が規則正しく繰り返す多糖であるプルランも分解できるという興味深い基質特異性を持つ。これらの酵素の基質認識機構を解明するために,以下の研究・発表を行った。(1)TVA2がどのように基質を認識するかを明らかにするために,不活性型ミュータント酵素E354AおよびD325Nと基質との複合体のX線構造解析を行った。E354A/β-CD(3.0Å分解能),D325N/メチルβ-CD(3.5Å),D325N/マルトヘキサオース(3.5Å)の3種類の構造を決定することができ,Phe286がβ-CDを認識するのに極めて重要な役割を果たしていること,マルトヘキサオースは,CDとは,異なった配向で酵素に結合しているがわかった。さらに,TVA2のβ-CD認識機構を明らかにするため,Phe286を他の疎水性アミノ酸(Ala, Leu, Tyr, Trp)に置換したミュータント酵素を合成,反応動力学パラメータを測定し,X線構造からの知見を支持する実験データを得た。(2)Domain Nの役割を解明するため,Domain Nを削除したミュータント酵素を合成し,酵素活性が著しく低下することを見出した。(3)TVA2とアイソザイムであるTVA1について,1.6Å分解能で構造を決定した。TVA1も,TVA2同様,通常のα-アミラーゼと異なり,N末側にDomain Nを持っていたが,その配向は異なっていた。TVA2においては,Domain Nがダイマー形成に関わっているのに対し,TVA1においては,酵素全体の構造安定性に大きく関わっていることが解明された。

報告書

(3件)
  • 2001 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2000 実績報告書
  • 研究成果

    (22件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (22件)

  • [文献書誌] Kondo, S., Kaji, A., Yuguchi, K., Tonozuka, T., Sakano, Y., Kamitori, S.: "Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase 1"Protein and Peptide letters. 7. 197-200 (2000)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kondo, S., Ohtaki, A., Tonozuka, T., Sakano, Y., Kamitori, S.: "Studies on the Hycirolyzing Mechanism for Cyclodextrins of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase 2 (TVAII). X-ray Structure of Mutant E354A Complexed with β-Cyclodextrin, and Kinetic Analyses on Cyclodextrins"J. Biochem.. 129. 423-428 (2001)

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  • [文献書誌] Yokota, T., Tonozuka, T., Shimura, Y., Ichikawa, K., Kamitori, S., Sakano, Y.: "Structures of Thermoaclinomyces vulgaris R-47 α-Amylase II complexed with substrate analogues"Biosci. Biotecimol. Biochem.. 65. 619-626 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yokota, T., Tonozuka, T., Kamitori, S., Sakano, Y.: "The Deletion of Amino-Terminal Domain in Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylases : Effects of domain N on Activity, Specificity, Stability and Dimerization"Biosci. Biotecimol. Biochem.. 65. 401-408 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ohtaki, A., Kondo, S., Shimura, Y., Tonozuka, T., Sakano, T., Kamitori, S.: "Role of Phe286 in the recognition mechanism of cyclomaltooligosaccharides (cyclodextrins) by Thermoaclinomyces vulgaris R-47 a-amylase 2 (TVAII). X-ray structures of the mutant TVAiIs, F286A and F286Y. and kinetic analyses of the Phe286-replaced mutant TVAIIs"Carbohydrate Research. 334. 309-313 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kamitori, S., Abe, A., Ohtaki, A., Kaji, A., Tonozuka, T., Sakano, Y.: "Crystal Structures and Structural Comparison of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase 1 (TVAI) at 1.6 Å Resolution and α-Amylase 2 (TVAII) at 2.3 Å Resolution"J. Mol. Bid.. (印刷中). (2002)

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  • [文献書誌] Kondo, S., Kaji, A., Yuguchi, K., Tonozuka, T., Sakano, Y., Kamitori, S.: "Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase 1"Protein and Peptide letters. 7. 197-200 (2000)

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  • [文献書誌] Yokota, T., Tonozuka, T., Kamitori, S., Sakaho, Y.: "The Deletion of Amino-Terminal Domain in Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylases : Effects of domain N on Activity, Specificity, Stability and Dimerization"Biosci. Biotechnol Biochem. 65. 401-408 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kondo, S., Ohtaki, A., Tonozuka, T., Sakano, Y., Kamitori, S.: "Kondo, S., Ohtaki, A., Tonozuka, T., Sakano, Y., Kamitori, S./Studies on the Hydrolyzing Mechanism for Cyclodextrins of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase 2 (TVAII). X-ray Structure of Mutant E354A Complexed with p-Cyclodextrin, and Kinetic Analyses on Cyclodextrins"J. Biochem.. 129. 423-428 (2001)

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  • [文献書誌] Yokota, T., Tonozuka, T., Shimura, Y, Ichikawa, K., Kamitori, S., Sakano, Y.: "Structures of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase II complexed with substrate analogues"Biosci. Biotechnol Biochem.. 65. 619-626 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ohtaki, A., Kondo, S., Shimura, Y, Tonozuka, T, Sakano, Y., Kamitori, S.: "Role of Phe286 in the recognition mechanism of cyclomaltooligosaccharides (cyclodextrins) by Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-amylase 2 (TVAII). X-ray structures of the mutant TVAIIs, F286A and F286Y, and kinetic analyses of the Phe286-replaced mutant TVAIIs"Carbohydrate Research. 334. 309-313 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kamitori, S., Abe, A., Ohtaki, A., Kaji, A., Tonozuka, T., Sakano, Y.: "Crystal Structures and Structural Comparison of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase 1 (TVAI) at 1.6 A Resolution and α-Amylase 2 (TVAII) at 2.3 A Resolution"J. Mol, Biol.. in press. (2002)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kondo, S., Kaji, A., Yuguchi, K., Tonozuka, T., Sakano, Y., Kamitori, S.: "Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase 1."Protein and Peptide letters. 7. 197-200 (2000)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Kondo, S., Ohtaki, A., Tonozuka, T., Sakano, Y., Kamitori, S.: "Studies on the Hydrolyzing Mechanism for Cyclodextrins of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase 2(TVAII).X-ray Structure of Mutant E354A Complexed with β-Cyclodextrin, and Kinetic Analyses on Cyclodextrins."J. Biochem.. 129. 423-428 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Yokota, T., Tonozuka, T., Shimura, Y., Ichikawa, K., Kamitori, S., Sakano, Y.: "Structures of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase II complexed with substrate analogues."Biosci. Biotechnol. Biochem.. 65. 619-626 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Yokota, T., Tonozuka, T., Kamitori, S., Sakano, Y.: "The Deletion of Amino-Terminal Domain in Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase: Effects of domain N on Activity, Specificity, Stability, and Dimerization."Biosci. Biotechnol. Biochem.. 65. 401-408 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Ohtaki, A, Kondo, S., Shimura, Y., Tonozuka, T., Sakano, Y., Kamitori, S.: "Role of Phe286 in the recognition mechanism of cyclomaltooligosaccharides (cyclodextrins) by Thermoactinomyces vulgaris R-47 a-amylase 2 (TVAII). X-ray structures of the mutant TVAIIs, F286A and F286Y, and kinetic analyses of the Phe286-replaced mutant TVAIIs."Carbohydrate Research. 334. 309-313 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Kamitori, S., Abe, A., Ohtaki, A., Kaji, A., Tonozuka, T., Sakano, Y.: "Crystal Structures and Structural Comparison of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase 1 (TVAI) at 1.6Å Resolution and α-Amylase 2 (TVAII) at 2.3Å Resolution"J. Mol. Biol.. (印刷中). (2002)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Kondo,S.,Kaji,A.,Yuguchi,K.,Tonozuka,T.,Sakano,Y.,Kamitori,S.: "Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase 1."Protein and Peptide letters. 7. 197-200 (2000)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Kondo,S.,Ohtaki,A.,Tonozuka,T.,Sakano,Y.,Kamitori,S.: "Studies on the Hydrolyzing Mechanism for Cyclodextrins of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase 2 (TVAII). X-ray Structure of Mutant E354A Complexed with β-Cyclodextrin, and Kinetic Analyses on Cyclodextrins."J.Biochem.. 129. 423-428 (2001)

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      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Yokota,T.,Tonozuka,T.,Shimura,Y.,Ichikawa,K.,Kamitori,S.,Sakano,Y.: "Structures of Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylase II complexed with substrate analogues."Biosci. Biotechnol. Biochem.. 65. 619-626 (2001)

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  • [文献書誌] Yokota,T.,Tonozuka,T.,Kamitori,S.,Sakano,Y.: "The Deletion of Amino-Terminal Domain in Thermoactinomyces vulgaris R-47 α-Amylases : Effects of domain N on Activity, Specificity, Stability and Dimerization."Biosci. Biotechnol. Biochem.. 65. 401-408 (2001)

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公開日: 2000-04-01   更新日: 2016-04-21  

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