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[NiFe]ヒドロゲナーゼにおける水素活性化機構の構造化学的研究

研究課題

研究課題/領域番号 12680654
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関京都大学

研究代表者

樋口 芳樹  京都大学, 理学研究科, 助教授 (90183574)

研究分担者 廣田 俊  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助手 (90283457)
研究期間 (年度) 2000 – 2001
研究課題ステータス 完了 (2001年度)
配分額 *注記
3,600千円 (直接経費: 3,600千円)
2001年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
2000年度: 2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
キーワード[NiFe]ヒドロゲナーゼ / CO結合型ヒドロゲナーゼ / 水素代謝機構 / 低温結晶学 / 準動的X線結晶構造解析 / 超高分解能X線解析 / 準動的X線結晶解析 / ヒドロゲナーゼ / Ni-Fe活性部位 / CO配位子 / 超高分解能結晶解析 / タンパク質間相互作用 / タンパク質-配位子相互作用 / 極低温結晶解析
研究概要

[NiFe]ヒドロゲナーゼ活性部位には`酸化炭素分子(CO)が配位し,水素の競争阻害剤になることが知られている.CO分子は酵素の本来の活性部位(水素結合部位)に結合すると予想される.またCO分子は可視光の照射によっても活性部位から遊離することが分光学的に確認されている.本研究では,還元型酵素の活性部位にCO分子を結合させたCO結合型およびこれを光照射により遊離させた光解離型の超高分解能X線結晶解析を行い水素の結合位置および初期反応機構を準動的X線結晶解析法にてトラップすることを目指し,これに成功した.3つのCO結合型[NiFe]ヒドロゲナーゼ結晶(A, B, C)において様々な条件「光・結晶周りのガス雰囲気」で回折データを測定し(100K),CO分子の結合・遊離の構造変化を準動的超精密X線結晶解析法(1.1-1.2Å分解能)により解析した.その結果,阻害剤・CO分子はFe原子ではなく,Ni原子に結合することが分り.またその結合の様式は,ヘムタンパク質等で見いだされている「直線配位型」ではなく「曲がった配位型」であることが明らかになった.さらに水素結合型と遊離型の結晶回折データから計算した差の電子密度図(Fo-Foマップ)によるとCO分子の結合と遊離の過程でNi原子とひとつのシステイン(Cys546)S原子の電子密度分布が大きく変化していることが分った.Fe原子およびその2原子分子配位子の電子密度はほとんど変化していなかった.これらのことから分子状水素の解離にはNiとこのCys546のS原子が大きく関与していることを明らかにした.

報告書

(3件)
  • 2001 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2000 実績報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (23件)

  • [文献書誌] K.Suto: "How do the X-ray Structure and the NMR Structure of FMN-binding Protein Differ?"Acta Crystallogr.. D56. 368-371 (2000)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Higuchi: "The Presence of SO Molecule in [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki, as Detected by Mass Spectrometry"J. Inorg. Biochem. 80. 205-211 (2000)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N.Mizuno: "Preliminary X-ray Crystallographic Study of DsrD Protein from the Sulfate-reducing Bacterium Desulfovibrio vulgaris"Acta Crystallogr.. D56. 745-755 (2000)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] O.Trofanchuk: "Single Crystal EPR Studies of the Oxidized Active Site of [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F"J. Bio. Inorg. Chem.. 5. 36-44 (2000)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.Fujihashi: "Crystal structure of cis-prenyl chain elongating enzyme, undecaprenyl diphosphate synthase"Pro. Natl. Acad. Sci.. vol.98. 4337-4342 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 樋口芳樹: "生体反応・ヒドロゲナーゼ"日本生物物理学会誌. 40(4). 154-182 (2000)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 樋口芳樹: "水素の物性・反応の機能性化と応用"生体反応・ヒドロゲナーゼ. 249-253 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K. Suto, K. Kawagoe, N. Shibata, Y. Morimoto, Y. Higuchi, M. Kitamura and N. Yasuoka: "HOW do the X-ray Structure and the NMR Structure of FMN-binding Protein Differ?"Acta Crystallogr.. D56. 368-371 (2000)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y. Higuchi, F. Toujou, K. Tsukamoto and T. Yagi: "The Presence of SO Molecule in [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki, as Detected by Mass Spectrometry"J. Inorg. Biochem. 80. 205-211 (2000)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] N. Mizuno, D. S. Hittel, K. Miki, G. Voordouw, Y. Higuchi: "Preliminary X-ray Crystallographic Study of DsrD Protein from the Sulfate-reducing Bacterium Desulfovibrio vulgaris"Acta Crystallogr. D56. 754-755 (2000)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] O. Trofanchuk, M. Stein, Ch. Gesner, F. Lendzian, Y. Higuchi: "Single Crystal EPR Studies of the Oxidized Active Site of [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F"J. Bio. Inorg. Chem.. 5. 36-44 (2000)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M. Fujihashi, Y.-W. Zhang, Y. Higuchi, X-Y. Li, T. Koyama and K. Miki: "Crystal structure of cis-prenyl chain elongating enzyme, undecaprenyl diphosphate synthase"Pro. Natl. Acad. Sci.. 98. 4337-4342 (2001)

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      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshiki Higuchi: ""[NiFe]hydrogenase" In Hydrogen as a fuel : Learning from Nature"Taylor and Franc publishers (in press). (2002)

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    • 関連する報告書
      2001 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.Fujihashi: "Crystal structure of cis-prenyl chain elongating enzyme, undecaprenyl diphosphate synthase"Pro. Natl. Acad. Sci.. 98. 4337-4342 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 樋口芳樹: "ヒドロゲナーゼのX線結晶解析"日本結晶学会誌. 43. 227-233 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 樋口芳樹: "水素の物性・反応の機能性化と応用"生体反応・ヒドロゲナーゼ. 154-182 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] N.Mizuno 等: "Preliminary X-ray Crystallographic Study of DsrD Protein from the Sulfate-reducing Bacterium Desulfovibrio vulgaris"Acta Crystallographica. D56. 754-755 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] K.Suto 等: "How do the X-ray Structure and the NMR Structure of FMN-binding Protein Differ ?"Acta Crystallographica. D56. 368-371 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] O.Trofanchuk 等: "Single Crystal EPR Studies of the Oxidized Active Site of [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F"J.Bioinorganic Chemistry. 5. 36-44 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Higuchi 等: "The Presence of SO Molecule in [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki, as Detected by Mass Spectrometry"J.Inorganic Biochemistry. 80. 205-211 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] 樋口芳樹: "ヒドロゲナーゼの立体構造と機能発現"日本生物物理学会誌. 40・4. 249-253 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] 樋口芳樹: "ヒドロゲナーゼ活性中心の反応機構"現代化学. 8. 51-56 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書
  • [文献書誌] 八木達彦,樋口芳樹: "廣川タンパク質化学"廣川書店. 340 (2000)

    • 関連する報告書
      2000 実績報告書

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公開日: 2000-04-01   更新日: 2016-04-21  

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