| 研究課題/領域番号 |
12794019
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| 研究種目 |
地域連携推進研究費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究分野 |
分子生物学
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| 研究機関 | 東海大学 |
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研究代表者 |
猪子 英俊 東海大学, 医学部, 教授 (10101932)
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| 研究分担者 |
川畑 慎一郎 島津製作所, 分析機器事業部, プロダクトマネージャー
田宮 元 東海大学, 医学部, 助手 (10317745)
椎名 隆 東海大学, 医学部, 助手 (00317744)
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| 研究期間 (年度) |
2000 – 2002
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| 研究課題ステータス |
完了 (2002年度)
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| 配分額 *注記 |
29,600千円 (直接経費: 29,600千円)
2002年度: 14,800千円 (直接経費: 14,800千円)
2001年度: 14,800千円 (直接経費: 14,800千円)
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| キーワード | 質量分析 / MALDI-TOF / 遺伝子多型 / SNP / HLA / マイクロサテライト / スライドガラス / DNAチップ |
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| 研究概要 |
DNA分子をMALDI-TOF式の質量分析法によって測定する場合、その鎖長が長くなるにつれて検出されるシグナルは微弱になり、感度・分解能の低下が引き起こる。このような理由により、長鎖長(100bp以上)のDNAはもとより、比較的短いDNA鎖であっても2塩基鎖の識別はこれまで非常に困難なものであった。
本研究では、MALDI TOFMSでマイクロサテライト多型識別を可能にするために必要である、長鎖長DNA(100塩基以上)の測定について、2塩基の差長の違いを安定して検出するための'至適条件'の検討を行った。パラメータとしてまずはじめに(1)精製法、(2)サンプル濃度、(3)レーザー強度に着目し、詳細に条件を検討した。その結果、100塩基長の合成オリゴ(PolyT)に対して分解能101(100塩基と102塩基の識別可能)を達成することができた。また、各種精製法を検討することで276塩基長(PCR産物)までのDNAを検出することができた。分子量の高い3〜5塩基繰り返しマイクロサテライトについても、チップ上で質量分析法を用いた分子量測定によって多型性の検索が可能となるように測定条件を見いだした。
さらなる長鎖DNAの分析を行うため、既存の分析装置にはない、赤外線レーザーを用いたMALDI-TOFMS装置の試作を行った。また、解析系のハイスループット化を目指して多数の微量サンプルをスポットしたDNAチップ(MSチップ)を、安価なガラスプレートで作製した。このMSチップを用いて基礎検討を行い、マイクロサテライト繰り返し多型の検索のみならず一塩基多型(SNPs)の解析にも応用できる、極めて高精度の測定技術を確立した。さらには、長鎖長DNAの測定に適すると考えられるIRレーザーを搭載したMALDI-TOF型質量分析機器を開発し、その有効性を確かめた。
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