• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

系統ゲノム学による頭足類の進化の統合的理解

研究課題

研究課題/領域番号 12F02330
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分外国
研究分野 層位・古生物学
研究機関東京大学

研究代表者

遠藤 一佳  東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

研究分担者 SETIAMARGA Davin  東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 外国人特別研究員
DAVIN Setiamarga  東京大学, 大学院・理学系研究科, 外国人特別研究員
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
2014年度: 200千円 (直接経費: 200千円)
2013年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2012年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
キーワード系統ゲノム解析 / 頭足類 / 生体鉱物 / オウムガイ / 貝殻タンパク質 / トランスクリプトーム / プロテオーム / 系統ゲノム学 / 軟体動物 / 環境変遷 / アコヤガイ / シグナル伝達因子 / 進化古生物学
研究実績の概要

本研究の主な目的は、頭足類の進化を総合的に理解することである。目的を達成するためには、以下の二つのサブテーマで研究を進めて行く。
1.頭足類オウムガイの貝殻基質タンパク質の同定
本研究で,オウムガイ Nautilus pompilius の貝殻基質タンパク質の同定をした.具体的には,61個の貝殻基質水溶性タンパク質を同定した.そのうちの36タンパクについて,保存的機能ドメインの同定が出来た.また,ゲノム情報が報告された貝殻を持つ軟体動物(貝殻亜門)の3種のアコヤガイ,カサガイ,カキの情報と比較ゲノム学的解析を行った結果,同定された様々なドメインのうち,14個が4種の全て(オウムガイ,アコヤガイ,カサガイ,カキ)にあることがわかった.その結果をもとに,軟体動物における貝殻形成や生体鉱物関連遺伝子やタンパク質の進化について議論した.上記した結果についての中間報告を学会で3回報告した(2012バイオミネラルワークショップにポスター発,2013JPGU(地球惑星科学連合大会)及び2015バイオミネラルワークショップで口頭発表).研究が最終段階まで到達したため現在,すべての結果をまとめて文章に起こしており,今年の上半期には論文投稿する予定である.
2.頭足類の系統ゲノム解析
現在,HiSeq次世代シーケンサーによるトランスクリプトーム配列決定が終わり,そのシーケンスアセンブリーも終わった.これから,系統解析に有用な相同遺伝子マーカーを選び、次いで、系統解析や分岐年代推定を行う予定である.本研究の最終成果を27年度中に学術論文に報告することを目指している.

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (4件)

  • [雑誌論文] An in-silico survey for early development signaling molecule-coding genes in the pearl oyster Pinctada fucata2013

    • 著者名/発表者名
      Setiamarga DHE*, Shimizu K, Kuroda J, Inamura K, Sato K, Hatori R, Ishikawa M, Ishio A, Isowa Y, Kaneko K, Maeda R, Matsumoto K, Nakano T, Sarashina I, Teruya S, Yamakawa T, Zhao R, Takeuchi T, Satoh N, Sasaki T, Matsuno K, Endo K
    • 雑誌名

      Zool Sci

      巻: 30 号: 10 ページ: 877-888

    • DOI

      10.2108/zsj.30.877

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Left-right asymmetric expression of dpp induces shell coiling in gastropods2013

    • 著者名/発表者名
      Shimizu K, Iijima M, Setiamarga DHE, Sarashina I, Kudo T, Asami T, Gittenberger E, Endo K
    • 雑誌名

      BMC EvoDevo

      巻: 4 ページ: 15-15

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An in-silico genomic survey to annotate genes coding for early development -relevant2013

    • 著者名/発表者名
      Setiamarga, D., ほか20名
    • 雑誌名

      Zoological Science

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 軟体動物オウムガイの貝殻プロテオーム解析2014

    • 著者名/発表者名
      デフィン・スティアマルガ
    • 学会等名
      第9回バイオミネラリゼーションワークショップ
    • 発表場所
      東京大学大気海洋研究所(千葉県)
    • 年月日
      2014-12-12
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Genomic Exploration of the Nautilus’ Shell Matrix Hydrophilic Proteins: An Insight To Their Evolution in Mollusks2014

    • 著者名/発表者名
      Setiamarga DHE and Endo K
    • 学会等名
      Japan Geoscience Union Meeting 2014
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • 年月日
      2014-05-01
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Genomic Explorations of The Shell Matrix Hydrophilic Proteins: A Progress Report2013

    • 著者名/発表者名
      Setiamarga DHE and Endo K
    • 学会等名
      The 8th Biomineralization Workshop
    • 発表場所
      東京大学理学部小柴ホール(東京都)
    • 年月日
      2013-11-30
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Mitochondrial Phylogenomics Supports The Monophylies of Extant Amphibians and Batrachia2013

    • 著者名/発表者名
      Setiamarga DHE, Machida, N, Setiamarga IHT, and Endo K
    • 学会等名
      Evolution 2013 Meeting
    • 発表場所
      Snowbird, Utah, USA
    • 年月日
      2013-06-21 – 2013-06-25
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

URL: 

公開日: 2013-04-25   更新日: 2024-03-26  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi