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アーキア特有の補酵素A生合成機構の全容解明

研究課題

研究課題/領域番号 12J02716
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 応用微生物学
研究機関京都大学

研究代表者

冨田 宏矢  京都大学, 工学研究科, 特別研究員(DC2)

研究期間 (年度) 2012 – 2013
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
1,800千円 (直接経費: 1,800千円)
2013年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2012年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワード補酵素A / アーキア / 生合成 / Themococcus / ketopantoate hydroxymethyltransferase / β-alanine / glutamate decarboxylase / aspartate decarboxylase / Thermococcus / pantoate kinase / phosphopantothenate synthetase / ketopantoate reductase / フィードバック阻害
研究概要

申請書課題2. CoA生合成の制御機構
既に解析したThermococcus kodakarensisのketopantoate reductase (KPR)に続き、ketopantoate hydroxymethyltransferase (KPHMT)の解析を行った。その結果、KPHMTはCoAによる阻害を受けなかったことから、本菌のCoA生合成において、KPRは第一の阻害ターゲットであることが明らかとなった。
申請書課題3. β-Alanineの生合成
CoAの分子骨格の構成成分であるβ-alanineに関し、本菌におけるその生合成機構の解明を進めるため、glutamate decarboxylase (GAD)のホモログ遺伝子であるTKl814の解析を行った。生化学的解析の結果、TK1814はGluのみならずAspに対しても酵素活性を示したが、Aspに対するk_<cat>/K_m値はGluに対する値よりもはるかに大きいことが分かった。このことから、TK1814はADCとして機能することが示唆された。さらに遺伝学的解析を行うため、TK1814遺伝子破壊株を作製し、その生育特性を検証した。その結果、TK1814遺伝子破壊株は明確な生育を示さなかったが、CoAやβ-alanineの添加によってその生育は回復した。一方で、GAD反応の生成物であるγ-aminobutyrateを添加した場合では、生育は全く回復しなかった。この結果より、TKI814はADCとして機能し、β-alanine, CoAの生合成に重要であることが遺伝学的に証明された。
以上より、アーキアにおけるβ-alanineの生合成機構を解明し、β-alanineはGADホモログが持つADC活性によってAspから合成されることが明らかとなった。

今後の研究の推進方策

(抄録なし)

報告書

(2件)
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2014 2013 2012

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (6件)

  • [雑誌論文] Characterization of two members among the five ADP-forming acyl coenzyrne A (acyl-CoA) synthetases reveals the presence of a 2-(imidazol-4-yl) acetyl-CoA synthetase in Thermococcus kodakarensis2014

    • 著者名/発表者名
      T. Awano, A. Wilming, H. Tomita, Y. Yokooji, T. Fukui, T. Imanaka, and H. Atomi
    • 雑誌名

      Journal of Bacteriology

      巻: 196(1) 号: 1 ページ: 140-147

    • DOI

      10.1128/jb.00877-13

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] An archaeal glutamate decarboxylase homolog functions as an aspartate decarboxylase and is involved in β-alanine and coenzyme A biosynthesis2014

    • 著者名/発表者名
      H. Tomita, Y. Yokooji, T. Ishibashi, T. Imanaka, and H. Atomi
    • 雑誌名

      Journal of Bacteriology

      巻: 196(6) 号: 6 ページ: 1222-1230

    • DOI

      10.1128/jb.01327-13

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of phosphopantothenate synthetase from Thermococcus kodakarensis2014

    • 著者名/発表者名
      A. Kishimoto, A. Kita, T. Ishibashi, H. Tomita, Y. Yokooji, T. Imanaka, H. Atomi, and K. Miki
    • 雑誌名

      Proteins

      巻: (印刷中) 号: 9 ページ: 1924-1936

    • DOI

      10.1002/prot.24546

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification and characterization of an archaeal ketopantoate reductase and its involvement in regulation of coenzyme A biosynthesis2013

    • 著者名/発表者名
      H. Tomita, T. Imanaka, and H. Atomi
    • 雑誌名

      Molecular Microbiology

      巻: 90(2) 号: 2 ページ: 307-321

    • DOI

      10.1111/mmi.12363

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] CoA biosynthesis in archaea2013

    • 著者名/発表者名
      Atomi, H., Tomita, H., Ishibashi, T., Yokooji, Y., Imanaka, T.
    • 雑誌名

      Biochemical Society Transactions

      巻: VOL 41 号: 1 ページ: 427-431

    • DOI

      10.1042/bst20120311

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biochemical characterization of pantoate kinase, a novel enzyme necessary for coenzyme A biosynthesis in the Archaea2012

    • 著者名/発表者名
      Tomita, H., Yokooji, Y., Ishibashi, T., Imanaka. T., Atomi. H.
    • 雑誌名

      Journal of Bacteriology

      巻: VOL 194 号: 19 ページ: 5434-5443

    • DOI

      10.1128/jb.06624-11

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A detailed biochemical characterization of phosphopantothenate synthetase, a novel enzyme involved in coenzyme A biosynthesis in the Archaea2012

    • 著者名/発表者名
      Ishtbashi, T., Tomita, H., Yokooji, Y., Morikita, T., Watanabe, B., Hiratake, J., Kishimoto, A., Kita, A., Miki, K., Imanaka
    • 雑誌名

      Extremophiles

      巻: VOL 16 号: 6 ページ: 819-828

    • DOI

      10.1007/s00792-012-0477-5

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Studies on the mechanisms of coenzyme A biosynthesis in Archaea2013

    • 著者名/発表者名
      H. Tomita, Y. Yokooji, T. Ishibashi, T. Imanaka, H.
    • 学会等名
      Biotechnology and Chemistry for GREEN GROWTH
    • 発表場所
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
    • 年月日
      2013-03-11
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] アーキアにおける補酵素A生合成の制御機構の解明とその利用2013

    • 著者名/発表者名
      冨田宏矢、横大路裕介、石橋拓也、今中忠行、跡見晴幸
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2013年度大会
    • 発表場所
      北九州国際会議場 (福岡県北九州市)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Functional characterization of enzymes involved in archaeal coenzyme A biosynthesis2013

    • 著者名/発表者名
      H. Tomita, Y. Yokooji, T. Ishibashi, T. Imanaka, H. Atomi
    • 学会等名
      12^<th> International meeting on Thermophiles
    • 発表場所
      University of Regensburg, Germany
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] アーキアの補酵素A生合成に関する酵素学的解析および制御機構の解明2012

    • 著者名/発表者名
      冨田宏矢、横大路裕介、石橋拓也、今中忠行、跡見晴幸
    • 学会等名
      第13回極限環境生物学会
    • 発表場所
      日本大学文理学部(東京都)
    • 年月日
      2012-12-01
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] アーキアの補酵素A生合成に関する生化学的解析2012

    • 著者名/発表者名
      冨田宏矢、横大路裕介、石橋拓也、今中忠行、跡見晴幸
    • 学会等名
      第64回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      神戸国際会議場(兵庫県)
    • 年月日
      2012-10-24
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Enzymes and regulation involved in archaeal coenzyme A biosynthesis2012

    • 著者名/発表者名
      H. Tomita, Y. Yokooji, T. Ishibashi, T. Imanaka, H.
    • 学会等名
      9th International Congress on Extremophiles
    • 発表場所
      Hotel NH Central Convenciones (スペイン)
    • 年月日
      2012-09-11
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

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公開日: 2013-04-25   更新日: 2024-03-26  

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