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アゼチジン-2-カルボン酸加水分解酵素を題材とした酵素反応の構造生物学的研究

研究課題

研究課題/領域番号 12J04074
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 応用生物化学
研究機関京都大学

研究代表者

豊田 真悠子  京都大学, 大学院農学研究科, 特別研究員(DC2)

研究期間 (年度) 2012 – 2013
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
2,000千円 (直接経費: 2,000千円)
2013年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2012年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
キーワードタンパク質 / X線回折 / 結晶構造解析 / 酵素 / 中間体
研究概要

L-アゼチジン-2-カルボン酸加水分解酵素(以下、A2CH)を用いた蛍光光度分析
前年度に引き続いて、A2CHとその基質L-アゼチジン-2-カルボン酸(AZC)の相互作用を解析するための研究を行った。まず、溶液状態のA2CHを波長295nmの光で励起して、内在するTrp残基に由来する蛍光を観察した。0.01~0.1MのAZC存在下で野生型A2CH溶液の蛍光光度測定を行ったところ、AZC濃度の上昇につれて蛍光強度の減少が見られた。これは、基質との相互作用によって触媒部位周辺の微小環境が変化することを示すと考えられた。一方、基質アナログのL-プロリンを同様にして加えた場合には、蛍光強度はあまり変化しなかったことから、A2CHとL-プロリンとの相互作用は基質に比べて非常に弱いことが推定された。
L-アゼチジン-2-カルボン酸加水分解酵素(以下、A2CH)を用いたX線結晶構造解析
前年度作製した変異体に比べて酵素全体の構造へ変異が与える影響がより小さい、新たな変異体W20F, H184A, T16Vを作製した。このうち結晶化に成功したW20F, H184AについてはX線構造解析を行った。いずれも全体的な構造は野生型に相似していた。これまでに得られたA2CHの構造では、触媒部位の入りロ付近にあるTrp20の側鎖、および残基番号204-211のループ領域(リッドループ)が、基質の有無によって異なる構造をとることが分かっていた。しかし、H184Aのアポ酵素の構造では、Trp20の側鎖やリッドループが複合体型構造をとっていた。また、W20Fの構造は、変異部分Phe20の側鎖に揺らぎが見られ、H184Aと同じく基質が入っていないにもかかわらずリッドループがふさがっていることが分かった。このことから、W20F, H184Aともに基質認識に重要な役割を担っているのではないかと考えられた。

今後の研究の推進方策

(抄録なし)

報告書

(2件)
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2013 2012

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] Structural and functional characterizat ion of recombinant medaka fish alpha-amylase expressed in veast Pichia pastoris2012

    • 著者名/発表者名
      Kimihiko Mizutani, Mayuko Toyoda, Yuichiro Otake. Soshi Yoshioka, Nobuyuki Takahashi and Bunzo Mikami
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta

      巻: 1,824 号: 8 ページ: 954-962

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2012.05.005

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure of β-1, 4-mannanase from the common sea hare Aplysia kurodai at 1.05 Å resolution2012

    • 著者名/発表者名
      Kimihiko Mizutani, Sae Tsuchiya, Mayuko Toyoda, Yuko Naobu, Keiko Tomilaga, Keizo Yuasa, Nobuyuki Takahashi, Akihlko Tsuji and Bunzo Mikmi
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section F

      巻: 68 号: 10 ページ: 1164-1168

    • DOI

      10.1107/s1744309112037074

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 複合体結晶構造に基づくアゼチジン-2-カルボン酸加水分解酵素の反応機構2013

    • 著者名/発表者名
      豊田真悠子、実森啓二、WACKETT Lawrence P.、江崎信芳、栗原達夫、三上文三
    • 学会等名
      2013年度日本農芸化学会大会
    • 発表場所
      東北大学 川内北キャンパス(宮城県)
    • 年月日
      2013-03-25
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

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公開日: 2013-04-25   更新日: 2024-03-26  

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