• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

次世代シークエンサーで検出された癌細胞ゲノム・エピゲノム変異の統合的情報解析手法

研究課題

研究課題/領域番号 12J05406
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 ゲノム医科学
研究機関東京大学

研究代表者

鈴木 絢子  東京大学, 新領域創成科学研究科, 特別研究員(DC1)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
2,700千円 (直接経費: 2,700千円)
2014年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2013年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2012年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワードマルチオミクス解析 / ゲノム / エピゲノム / トランスクリプトーム / 肺腺癌 / 細胞株 / がんゲノム / ChIP-Seq / 統合情報解析
研究実績の概要

肺腺癌細胞株におけるマルチオミクスシークエンス解析を行い、論文発表を行った。
<マルチオミクス統合解析> 癌細胞の異常な遺伝子発現低下に関わるゲノム・エピゲノム変異について解析した。既知の癌抑制遺伝子を中心に解析した結果、発現異常に関連するゲノム・エピゲノム異常は遺伝子によって特徴があることが示唆された。また、DNAメチル化や抑制性のヒストン修飾(H3K27me3およびH3K9me3)といった転写抑制因子は、細胞株によって特徴があることが示唆された。さらに、これらの特徴ある抑制因子パターンを持つ細胞株において、関連するヒストン修飾因子のゲノム変異が一部見出されており、エピゲノムパターンに影響を及ぼすゲノム変異候補を抽出することができた。
<バリデーション実験および解析> 解析に使用したRNA-Seq、バイサルファイトシークエンス、ChIP-Seqデータの確認実験を行った。RNA-Seqは、52遺伝子の発現量についてqRT-PCRとの比較を行った。バイサルファイトシークエンスは、サンガーシークエンスでCpGサイトのDNAメチル化率を確認した。ChIP-Seqは、qPCRによる濃縮および定性性の確認、反復実験、ENCODEデータとの比較等を行った。
<臨床検体データとの統合解析> 先行研究で解析した肺腺癌臨床検体のゲノム変異と細胞株のゲノム変異を比較した。特に、エピゲノムおよびトランスクリプトームに影響を及ぼすようなクロマチンリモデリング関連、ヒストン修飾関連、および、スプライシング関連遺伝子に着目したところ、ARID1AやEP300を含むいくつかの遺伝子において臨床検体および細胞株の両者で変異が見られた。これらの共通点及びその組み合わせは、臨床検体と細胞株におけるトランスクリプトームおよびエピゲノムデータの統合および相互写像に重要であると考えられる。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2015 2014 2013 2012

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (8件)

  • [雑誌論文] Aberrant transcriptional regulations in cancers: genome, transcriptome and epigenome analysis of lung adenocarcinoma cell lines.2014

    • 著者名/発表者名
      Ayako Suzuki , Hideki Makinoshima, Hiroyuki Wakaguri, Hiroyasu Esumi, Sumio Sugano, Takashi Kohno, Katsuya Tsuchihara, Yutaka Suzuki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Reseach

      巻: 42(22) 号: 22 ページ: 13557-13572

    • DOI

      10.1093/nar/gku885

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Integrative multi-omics analysis in lung adenocarcinoma cells2015

    • 著者名/発表者名
      Ayako Suzuki, Takashi Kohno, Katsuya Tsuchihara, Yutaka Suzuki
    • 学会等名
      The 16th annual Advances in Genome Biology and Technology (AGBT) meeting
    • 発表場所
      Marco Island (アメリカ合衆国・フロリダ)
    • 年月日
      2015-02-25 – 2015-02-28
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Multi-layered analysis of transcriptional aberrations in lung adenocarcinoma cell lines2014

    • 著者名/発表者名
      Ayako Suzuki, Sumio Sugano, Takashi Kohno, Katsuya Tsuchihara, Yutaka Suzuki
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜 (神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Integrative analysis of regulatory aberrations in lung adenocarcinoma cell lines2014

    • 著者名/発表者名
      Ayako Suzuki, Takashi Kohno, Katsuya Tsuchihara, Yutaka Suzuki
    • 学会等名
      The 64th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics (ASHG)
    • 発表場所
      San Diego Convention Center (アメリカ合衆国・カルフォルニア)
    • 年月日
      2014-10-18 – 2014-10-22
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Integrative analysis of genome, transriptome and epigenome in 26 lung adenocarcinoma cell lines2014

    • 著者名/発表者名
      Ayako Suzuki, Takashi Kohno, Katsuya Tsuchihara, Yutaka Suzuki
    • 学会等名
      第37回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜 (神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Regulatory Aberrations in Cancer Cells ; Integrative Genome, Transcriptome and Epigenome analysis in 26 lung adenocarcinoma cell lines2014

    • 著者名/発表者名
      鈴木絢子
    • 学会等名
      The 15th annual Advances in Genome Biology and Technology (AGBT) meeting
    • 発表場所
      Marco Island(アメリカ合衆国・フロリダ)
    • 年月日
      2014-02-13
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Comprehensive catalogues of genome, transcriptome and epigenome in lung adenocarcinoma cell lines2013

    • 著者名/発表者名
      鈴木絢子
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2013-12-04
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of cancer mutation patterns in lung cancers2013

    • 著者名/発表者名
      鈴木絢子
    • 学会等名
      The 10th International Workshop on Advanced Genomics
    • 発表場所
      学術総合センター 一橋講堂(東京都千代田区)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of cancer mutation patterns in lung adenocarcinoma2012

    • 著者名/発表者名
      鈴木絢子
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      マリンメッセ福岡
    • 年月日
      2012-12-12
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

URL: 

公開日: 2013-04-25   更新日: 2024-03-26  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi