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高速シークエンサーを用いたHTLV-1クローナリティー解析

研究課題

研究課題/領域番号 12J06916
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 ウイルス学
研究機関東京大学

研究代表者

フィルジ サナーズ (2014)  東京大学, 新領域創成科学研究科, 特別研究員(DC1)

FIROUZI Sanaz (2013)  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特別研究員(DC1)

FIROUZI Sanaz (2012)  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 特別研究員(DC1)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
2,700千円 (直接経費: 2,700千円)
2014年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2013年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2012年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワードHTLV-1 / adult T-cell leukemia / NGS technology / HTLV-1 integration sites / HTLV-1-Clonality / in- silico analysis / absolute size of clones / JSPFAD / 成人T細胞白血病(ATL) / HTLV-1ウイルス / クローナリティー解析 / Integration site 解析 / 次世代シークエンサー / Validation of Methodology / Integration site解析
研究実績の概要

We took advantage of NGS technology, a unique tag system, and an original in- silico analysis pipeline to develop and internally validate a new high-throughput methodology, which enables specific isolation of HTLV-1 integration sites, and an accurate measurement of the absolute size of clones from various kinds of clinical samples even those with very low PVLs [Firouzi et al. Genome medicine 2014]. In addition, we have started analyzing clinical samples with different disease status and PVLs. We could find differing clonality patterns specific to asymptomatic carriers (ACs) and different subtypes of ATL. Hence we proposed that HTLV-1-infected individuals may be classifiable into different groups, based on their clonality patterns, ultimately affecting their diagnosis and choice of therapy. Moreover, in a cohort study, we monitored rare sets of sequential clinical samples including: samples with no change in their clinical status, and those who progressed to a more advance clinical state, as well as patients before and after medical therapy. Our initial data showed that the changes in the clonal composition of infected individuals appear to be a beneficial prognostic indicator for early detection of ATL onset. Taken together, the realization of potential applications of our methodology may have far-reaching impacts on the diagnosis, prognosis, and clinical decision-making for treatment of infected individuals. Thus, a larger scale cohort study to evaluate the clonal composition of infected cells is currently in progress.

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2015 2014 2013 2012

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (10件)

  • [雑誌論文] Identification of TL-Om1, an ATL Cell Line, as a Reference Material for Human T-Lymphotropic Virus 1 Quantitative PCR.2015

    • 著者名/発表者名
      Kuramitsu M, Okuma K, Yamagishi M, Yamochi T, Firouzi S, Momose H, Mizukami T, Takizawa K, Araki K, Sugamura K, Yamaguchi K, Watanabe T, Hamaguchi I.
    • 雑誌名

      Journal of Clinical Microbiology

      巻: 53 号: 2 ページ: 587-596

    • DOI

      10.1128/jcm.02254-14

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Development and validation of a new high-throughput method to investigate the clonality of HTLV-1-infected cells based on provirus integration sites.2014

    • 著者名/発表者名
      Firouzi S, Lopez Y, Suzuki Y, Nakai K, Sugano S, Yamochi T, Watanabe T.
    • 雑誌名

      Genome Medicine

      巻: 6(6) 号: 6 ページ: 46-46

    • DOI

      10.1186/gm568

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] ”Monitoring clonal composition of HTLV-1-infected cells based on provirus integration sites”2014

    • 著者名/発表者名
      Sanaz Firouzi, Tadanori Yamochi, Yosvany Lopez, Yutaka Suzuki, Kenta Nakai, Sumio Sugano, Toshiki Watanabe
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜、横浜
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] “A new high-throughput method to investigate the clonality of HTLV-1-infected cells based on provirus integration sites”2014

    • 著者名/発表者名
      Sanaz Firouzi, Tadanori Yamochi, Yosvany Lopez, Yutaka Suzuki, Kenta Nakai, Sumio Sugano, Toshiki Watanabe
    • 学会等名
      第73回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜、横浜
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Putative ATL tumor initiating cellsの解析2014

    • 著者名/発表者名
      矢持忠徳、守田陽平、矢持淑子、Sanaz Firouzi、佐々木陽介、渡辺信和、内丸薫、宇都宮與、渡邉俊樹
    • 学会等名
      第73回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜、横浜
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] “A new high-throughput method to investigate the clonality of HTLV-1-infected cells based on provirus integration sites”2014

    • 著者名/発表者名
      Sanaz Firouzi, Tadanori Yamochi, Yosvany Lopez, Yutaka Suzuki, Kenta Nakai, Sumio Sugano, Toshiki Watanabe
    • 学会等名
      第1回日本HTLV-1学会学術集会
    • 発表場所
      東京大学医科学研究所
    • 年月日
      2014-08-22 – 2014-08-24
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Development of a new high-throughput method to investigate T-cell-clonality and integration site preference among HTLV 1-infected individuals(ポスター)2013

    • 著者名/発表者名
      Firouzi Sanaz
    • 学会等名
      NGS現場の会(第三回研究会)
    • 発表場所
      神戸国際会議場(兵庫県)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Development of a new high-throughput method to investigate T-cell-clonality and integration site preference among HTLV-1 infected individuals2012

    • 著者名/発表者名
      Firouzi Sanaz
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会
    • 発表場所
      福岡国際会議場、福岡
    • 年月日
      2012-12-14
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Development of a new high-throughput method to investigate T-cell-clonality and integration site preference among HTLV-1 infected individuals2012

    • 著者名/発表者名
      Firouzi Sanaz
    • 学会等名
      6th Retreat Meeting of the IMSUT&RCAST Global COE in OIST
    • 発表場所
      沖縄科学技術大学院大学、沖縄
    • 年月日
      2012-11-05
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Development of a new high-throughput method to investigate T-cell-clonalityand integration site preference among HTLV-1 infected individuals2012

    • 著者名/発表者名
      Firouzi Sanaz
    • 学会等名
      平成24年度東京大学医科学研究所研究成果発表会
    • 発表場所
      東京大学医科学研究所、東京
    • 年月日
      2012-05-31
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Development of a new high-throughput method to investigate T-cell-clonality and integration site preference among HTLV-1 infected individuals2012

    • 著者名/発表者名
      Firouzi Sanaz
    • 学会等名
      NGS現場の会・第二回研究会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク(大阪)
    • 年月日
      2012-05-24
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Development and validation of a new high-throughput method to investigate T-cell-clonality and integration site preference among HTLV-1-infected individuals2012

    • 著者名/発表者名
      Firouzi Sanaz
    • 学会等名
      第6回HTLV-1研究会・シンポジウム
    • 発表場所
      東京大学医科学研究所(東京都) (口演発表)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

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公開日: 2013-04-25   更新日: 2024-03-26  

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