| 研究課題/領域番号 |
12J07847
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 国内 |
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| 研究分野 |
分子生物学
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| 研究機関 | 独立行政法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
木村 優子 (2014) 独立行政法人理化学研究所, 中川RNA生物学研究室, 特別研究員(PD)
長谷川 優子 (2012-2013) 独立行政法人理化学研究所, 中川RNA生物学研究室, 特別研究員(PD)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2014年度)
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| 配分額 *注記 |
3,960千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 360千円)
2014年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2013年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2012年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
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| キーワード | ncRNA / hnRNP U / Genome imprinting / Non-coding RNA / RNA結合タンパク質 / ゲノムインプリンティング / non-coding RNA / 核マトリックス |
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| 研究実績の概要 |
本年度は次世代シーケンサーを用い、RNA結合タンパク質hnRNP Uのノックダウンによるゲノムワイドな遺伝子発現解析を行った。遺伝子発現変動を調べたところ、hnRNP Uノックダウン細胞では常染色体にコードされている遺伝子に比べ、X染色体上の遺伝子について発現が上昇する遺伝子の割合が高いことが分かった。この一因として、hnRNP UノックダウンによるX染色体不活性化の阻害が可能性として考えられ、以前に当研究室で発表した論文(Hasegawa et al., Developmental cell, 2010)の結果と整合性がとれた。また、前年度まにhnRNP Uによる制御を見出したKcnq1クラスター内のインプリンティング遺伝子に関しても、有意な発現上昇が観察された。一方で、アリル特異的な遺伝子発現解析やサンガーシーケンス法による確認実験から、hnRNP UはKcnq1クラスター以外のインプリンティング遺伝子のアリル特異的な発現制御には関与していないことも明らかになった。更に詳細な解析が必要ではあるものの、hnRNP UがKcnq1クラスターを特異的に制御するメカニズムとして、Kcnq1ot1 non-coding RNAへの強い結合が可能性として考えられるだろう。また、アリル特異的な遺伝子発現解析により、既知のインプリンティング遺伝子には該当しない複数の遺伝子において、hnRNP Uノックダウンによりアリル間の発現比に影響が生じることが明らかになった。このような遺伝子がどのようにしてhnRNP Uに制御されているかは、長鎖ncRNAとの関連性も含めて未解明であり、更なる解析が今後の課題として挙げられる。
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| 現在までの達成度 (段落) |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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