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多種反応系の見せる多階層的挙動の理論的研究

研究課題

研究課題/領域番号 12J08104
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 生物物理学
研究機関東京大学

研究代表者

上村 淳  東京大学, 総合文化研究科, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
3,630千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 330千円)
2014年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2013年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2012年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
キーワード触媒反応ネットワーク / 栄養律速 / 多様性 / 分子の少数性 / 情報理論 / 遺伝子発現
研究実績の概要

今年度は主に触媒増殖反応ネットワーク系において分子複製に必須な栄養資源が枯渇・競合している状況での振る舞いについて研究を進めた.これまで先行研究において,多種類の分子種がランダムな触媒・基質関係をネットワーク状に構成しながら複製・増殖する化学反応モデルを用いて,確率的でエラーの生じる“いい加減な”化学反応系からいかに化学成分・組成を一定に保持しながら再帰的に増殖できる細胞が生じるかなどが議論されてきた.しかし,そのような分子集団が再帰的に増殖する状況では少数種のみが生き残り、多様な分子組成が失われる傾向があることが知られており、いかに細胞が多様な組成を安定に保持出来るのかという疑問には答えられてこなかった.
そのような背景のもと,複製の際に必須な栄養資源を陽に取り入れたモデルを提案し、それらが枯渇・競合した状況では細胞の多様性が転移的に増す振る舞いを見せることを発見した. 各細胞レベルで栄養資源が枯渇すると、より少数の構成分子間の反応経路を選択し成長する領域から、より多くの構成分子間の反応経路を用いて成長する領域へと資源の枯渇具合に応じて転移的に変化することを力学系モデルによって説明し、資源の枯渇具合に応じた分子種の増加の仕方について解析的な結果を導いた。また、細胞間で栄養資源が競合する効果を導入すると、各細胞の構成分子の多様化に加えて、相互に触媒関係を構成する異なる分子種の組から成る細胞(細胞タイプの多様化)が共存し、100世代程度の分裂世代にわたって似た化学分子種構成の細胞が増殖する様子が見られた. この結果は複雑な機構を持ち合わせた化学反応系でなくとも、資源が枯渇・競合した状況下では再帰的な増殖を続けながら多様性を増す様子が普遍的に見られることを示唆する結果である.

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2015 2014 2013 2012

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 7件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (16件) (うち招待講演 2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Transition to diversification by competition for multiple resources in a catalytic reaction network2015

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kamimura, Kunihiko Kaneko
    • 雑誌名

      Journal of Systems Chemistry

      巻: 6 号: 1

    • DOI

      10.1186/s13322-015-0010-1

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Compartmentalization and Cell Division through Molecular Discreteness and Crowding in a Catalytic Reaction Network2014

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kamimura, Kunihiko Kaneko
    • 雑誌名

      Life

      巻: 4 号: 4 ページ: 586-597

    • DOI

      10.3390/life4040586

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Delayed pursuit-escape as a model for virtual stick balancing2013

    • 著者名/発表者名
      J. G. Milton, A. Fuerte, C. Belair, J. Lippai, A. Kamimura, T. Ohira
    • 雑誌名

      Nonlinear Theory and Its Applications, IEICE

      巻: 4 ページ: 129-137

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 確率的細胞システムにおけるベイズ情報処理2013

    • 著者名/発表者名
      小林徹也、上村淳
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 53 ページ: 86-89

    • NAID

      10031151787

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 細胞のふるまいを読み解く時系列に潜む情報量2013

    • 著者名/発表者名
      小林徹也、上村淳
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 31 ページ: 1239-1244

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [雑誌論文] Information Processing and integration with intracellular dynamics near critical point2012

    • 著者名/発表者名
      A. Kamimura, T. J. Kobayashi
    • 雑誌名

      Frontiers in Fractal Physiology

      巻: 3 ページ: 203-203

    • DOI

      10.3389/fphys.2012.00203

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Emergence of primitive cellular structure in a catalytic reaction network2012

    • 著者名/発表者名
      A. Kamimura, K. Kaneko
    • 雑誌名

      Proceedings of 2012 International Symposium on Nonlinear Theory and its Applications

      ページ: 21-24

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nonlinear dynamics of information processing in intracellular phenomen2012

    • 著者名/発表者名
      T. J. Kobayashi, T. Yamada, A. Kamimura
    • 雑誌名

      Proceedings of 2012 International Symposium on Nonlinear Theory and its Applications

      ページ: 33-36

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 触媒増殖反応系における資源競争効果と多様化2015

    • 著者名/発表者名
      上村淳、金子邦彦
    • 学会等名
      日本物理学会第70回年次大会
    • 発表場所
      早稲田大学西早稲田キャンパス(東京都・新宿区)
    • 年月日
      2015-03-24
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Competition for a variety of resources results in diversification of cellular components and types2015

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kamimura, Kunihiko Kaneko
    • 学会等名
      The Third Annual Winter q-bio Meeting
    • 発表場所
      ラハイナ(アメリカ)
    • 年月日
      2015-02-20
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 触媒反応ネットワークにおける資源枯渇・競争と多様化2015

    • 著者名/発表者名
      上村淳、金子邦彦
    • 学会等名
      第7回定量生物学の会
    • 発表場所
      九州大学筑紫キャンパス(福岡県・春日市)
    • 年月日
      2015-01-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Minority molecules and competition in a catalytic reaction network2014

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kamimura, Kunihiko Kaneko
    • 学会等名
      日本生物物理学会第52回年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • 年月日
      2014-09-26
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Collective behavior in chase and escape2014

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kamimura
    • 学会等名
      JSMB/SMB 2014
    • 発表場所
      大阪府立国際会議場(大阪府・大阪市)
    • 年月日
      2014-08-01
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Reproduction of a protocell as a result of molecular crowding with a minority molecule in a catalytic reaction network2014

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kamimura
    • 学会等名
      OQOL 2014
    • 発表場所
      国際高等研究所(京都府・木津川市)
    • 年月日
      2014-07-12
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Reproduction and control of a protocell with a minority molecule in a catalytic reaction network2014

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kamimura, Kunihiko Kaneko
    • 学会等名
      ORIGINS 2014
    • 発表場所
      奈良県新公会堂(奈良県・奈良市)
    • 年月日
      2014-07-10
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 相互触媒増殖系における資源枯渇効果2014

    • 著者名/発表者名
      上村 淳
    • 学会等名
      日本物理学会第69回年次大会
    • 発表場所
      東海大学(神奈川県平塚市)
    • 年月日
      2014-03-27
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Resource competition in protocells with a minority molecule of a catalytic reaction network2014

    • 著者名/発表者名
      A. Kamimura
    • 学会等名
      The Second Annual Winter q-bio Meeting
    • 発表場所
      ヒルトンワイコロアビレツジ(ハワイ・アメリカ)
    • 年月日
      2014-02-19
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 触媒増殖反応系における栄養律速効果2013

    • 著者名/発表者名
      上村 淳
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      徳島大学(徳島県徳島市)
    • 年月日
      2013-09-25
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Relevance of minority molecules to reproductions of protocell swith a limiting resource for replications2013

    • 著者名/発表者名
      A. Kamimura
    • 学会等名
      Protocells : Back to the Future Workshop (ECAL 2013 Satellite)
    • 発表場所
      ホテルVilla Diodoro(タオルミーナ・イタリア)
    • 年月日
      2013-09-02
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 触媒反応系の見せる空間構造と排除体積効果2013

    • 著者名/発表者名
      上村 淳
    • 学会等名
      日本物理学会第68回年次大会
    • 発表場所
      広島大学 (広島県)
    • 年月日
      2013-03-27
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Reproduction of a primitive cellular structure with a minority molecule in a catalytic reaction cycle2013

    • 著者名/発表者名
      A. Kamimura
    • 学会等名
      The First Annual Winter q-bio Meeting
    • 発表場所
      ホノルル・ハワイ (アメリカ)
    • 年月日
      2013-02-20
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Emergence of primitive cellular structure in a catalytic reaction network2012

    • 著者名/発表者名
      A. Kamimura
    • 学会等名
      2012 International Symposium on Nonlinear Theory and its Applications
    • 発表場所
      パルマデマヨルカ (スペイン)
    • 年月日
      2012-10-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Emergence of a spatial structure with a minority molecule in a catalytic reaction network2012

    • 著者名/発表者名
      上村 淳
    • 学会等名
      日本生物物理学会第50回年次大会
    • 発表場所
      名古屋大学 (愛知県)
    • 年月日
      2012-09-23
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 分子の離散性と混雑性に起因した空間構造の形成と分裂2012

    • 著者名/発表者名
      上村 淳
    • 学会等名
      第五回定量生物学の会年会
    • 発表場所
      東京大学 (東京都)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [図書] Mathematical Approaches to Biological Systems: Networks, Oscillations and Collective Motions2015

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kamimura, Shigenori Matsumoto, Toru Ohira
    • 総ページ数
      166
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2013-04-25   更新日: 2024-03-26  

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