• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

原口から脊索を生み出した進化過程のChIP-seq法を用いた解析

研究課題

研究課題/領域番号 12J09531
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 進化生物学
研究機関沖縄科学技術大学院大学

研究代表者

安岡 有理  沖縄科学技術大学院大学, Marine Genomics Unit, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
3,630千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 330千円)
2014年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2013年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2012年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
キーワード脊索 / 原口 / 進化 / 発生 / 転写制御 / brachyury / ChIP-seq / RNA-seq
研究実績の概要

1)サンゴ胚に薬剤処理を施し、Wnt/β-cateninシグナルを活性化したところ、brachyuryの発現が活性化され、外胚葉全体に発現が広がった。一方、Wnt/β-cateninシグナルを抑制したところ、brachyuryの発現が弱まるもしくは消失した。さらに、サンゴbrachyuryの上流約1 kbをクローニングし、Xenopus胚を用いてLuciferase reporter assayを行った結果、サンゴTcfによってレポーターの発現が制御されることが示された。
2)Xenopus特異的な二つのbrachyuryパラログ遺伝子brachyury(主に尾芽に発現)およびbrachyury2(主に脊索に発現)のエンハンサー候補配列の活性について、トランスジェニックレポーター解析を行った。その結果、brachyury U1領域は脊索とともに体節でもエンハンサー活性を持つが、U2領域と組み合わせることで体節でのレポーター遺伝子の発現は弱まり、脊索での発現がより顕著になることが示された。一方、brachyury2のU1領域は体節でのエンハンサー活性が弱く、脊索でのエンハンサー活性が強かった。このU1領域の活性の違いが、二つの遺伝子機能の分化に寄与した可能性が高い。さらに、各brachyury機能阻害胚のRNA-seq解析を行った結果、Brachyury2特異的な標的遺伝子候補として、脊索細胞の液胞化や細胞形態に関わる遺伝子が多く見つかった。
3)サンゴbrachyuryの機能阻害胚を用いたRNA-seq解析の結果同定された標的遺伝子候補のうち、brachyury機能阻害胚で発現の減少した遺伝子は原腸胚期で主に外胚葉で発現しており、逆に機能阻害胚で発現が増加した遺伝子は内胚葉で発現することが示された。これは、サンゴBrachyuryが原口において外胚葉と内胚葉の分化のバランスを制御していることを示唆している。
4)Xenopus Brachyury2およびホヤBrachyuryの抗原を精製するため、FLAGタグを用いたところ、これまでのGST融合タンパク質よりも安定して大腸菌内で発現させられることがわかった。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (11件)

すべて 2015 2014 2013 2012

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (9件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Occupancy of tissue-specific cis-regulatory modules by Otx2 and TLE/Groucho for embryonic head specification2014

    • 著者名/発表者名
      Yasuoka Y, Suzuki Y, Takahashi S, Someya H, Sudou N, Haramoto Y, Cho KW, Asashima M, Sugano S, Taira M.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 5 号: 1 ページ: 4322-4322

    • DOI

      10.1038/ncomms5322

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evidence for participation of GCS1 in fertilization of the starlet sea anemone Nematostella vectensis: implication of a common mechanism of sperm-egg fusion in plants and animals.2014

    • 著者名/発表者名
      Ebchuqin E, Yokota N, Yamada L, Yasuoka Y, Akasaka M, Arakawa M, Deguchi R, Mori T, Sawada H.
    • 雑誌名

      Biochem Biophys Res Commun

      巻: 451 号: 4 ページ: 522-528

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2014.08.006

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Subfunctionalization of two brachyury genes in Xenopus reveals Brachyury functions in the vertebrate notochord2015

    • 著者名/発表者名
      Yasuoka, Y., Koyanagi, R. and Satoh, N.
    • 学会等名
      第48回日本発生生物学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2015-06-03
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Transcriptional basis of the head organizer in the amphibian gastrula: ChIP seq analysis of the head organizer transcription facotors, Otx2, Lim1 and Gsc.2014

    • 著者名/発表者名
      33.Yasuoka, Y., Suzuki, Y., Takahashi, S., Someya, H., Sudou, N., Haramoto, Y., Asashima, M., Sugano, S. and Taira, M.
    • 学会等名
      第85回日本動物学会年会
    • 発表場所
      東北大学川内北キャンパス(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2014-09-12
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Genomics Study of the Spemann-Mangold Organizer: Occupancy of Tissue-Specific cis-Regulatory Modules by Otx2 and TLE/Groucho for Embryonic Head Specification.2014

    • 著者名/発表者名
      Yasuoka, Y.
    • 学会等名
      15th International Xenopus Conference
    • 発表場所
      Pacific Grove, CA, USA
    • 年月日
      2014-08-26
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Functional analysis of the T-box transcription factor Brachyury in coral gastrula embryos.2014

    • 著者名/発表者名
      Yasuoka, Y., Koyanagi, R., Shinzato, C. and Satoh, N.
    • 学会等名
      第47回日本発生生物学会年会
    • 発表場所
      ウィンクあいち(愛知県名古屋市)
    • 年月日
      2014-05-28
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] ChIP-Seq analysis of Transcription factor Siamois for mechani sms of head organizer formation, 転写因子SiamoisのChIP-Seq解析による頭部オーガナイザー形成機構の解明2013

    • 著者名/発表者名
      本田裕樹、桐ケ谷嘉章、安岡有理、鈴木穣、高橋秀治、浅島誠、菅野純夫、平良眞規
    • 学会等名
      日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      ポスター会場3(神戸国際展示場1号館2階)
    • 年月日
      2013-12-04
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Enhancer Chromatin Signatures during Gastrulation of Xenopus Embryos2013

    • 著者名/発表者名
      Yuuri Yasuoka
    • 学会等名
      CDB Symposium 2013 "The Making of a Vertebrate"
    • 発表場所
      神戸、理研CDB
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] NGS analyses using Xenopus embryos (Xenopus胚を用いた次世代シーケンス解析)2012

    • 著者名/発表者名
      安岡有理
    • 学会等名
      第6回XCIJ首都圏支部会(XCIJ-MA) 兼 第6回日本ツメガエル研究集会
    • 発表場所
      東京、立教大学
    • 年月日
      2012-07-14
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Massively parallel regulation of head and non-head genes by Otx2, Lim1 and Gsc underlies the evolution of the head organizer in the chordate2012

    • 著者名/発表者名
      Yuuri Yasuoka, Yutaka Suzuki, Shuji Takahashi, Norihiro Sudou, Yoshikazu Haramoto, Yukiko Tandou, Kaoru Kubokawa, Ken W. Cho, Makoto Asashima, Sumio Sugano, Masanori Taira
    • 学会等名
      第45回日本発生生物学会・第64回日本細胞生物学会合同大会
    • 発表場所
      神戸、神戸国際会議場
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Head specification mediated by Otx2 partner with Lim1 or Gsc and control expression of thousands of target genes in a massively parallel fashion2012

    • 著者名/発表者名
      Yuuri Yasuoka, Yutaka Suzuki, Shuji Takahashi, Norihiro Sudou, Yoshikazu Haramoto, Ken W. Cho, Makoto Asashima, Sumio Sugano, Masanori Taira
    • 学会等名
      14th Xenopus international conference
    • 発表場所
      フランス,GIENS RENINSVLA
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

URL: 

公開日: 2013-04-25   更新日: 2024-03-26  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi