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ゲノムホメオスタシスの分子機構

研究課題

研究課題/領域番号 13141101
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関大阪大学

研究代表者

品川 日出夫  大阪大学, 微生物病研究所, 招へい教授 (40029799)

研究分担者 堀内 嵩  岡崎国立共同研究機構, 基礎生物学研究所, 教授 (60108644)
園田 英一朗  京都大学, 大学院医学研究科, 助教授 (50281093)
岩崎 博史 (岩埼 博史)  横浜市立大学, 大学院国際総合科学究科, 準教授 (60232659)
柴田 武彦  理化学研究所, 遺伝生化学研究室, 主任研究員 (70087550)
花岡 文雄  大阪大学, 生命機能研究科, 教授 (50012670)
柳田 充弘  京都大学, 大学院・生命科学研究科, 教授 (80025428)
小川 英行  岩手看護短期大学, 学長 (70028207)
研究期間 (年度) 2001 – 2006
研究課題ステータス 完了 (2006年度)
配分額 *注記
98,700千円 (直接経費: 98,700千円)
2006年度: 1,500千円 (直接経費: 1,500千円)
2005年度: 8,100千円 (直接経費: 8,100千円)
2004年度: 8,100千円 (直接経費: 8,100千円)
2003年度: 26,900千円 (直接経費: 26,900千円)
2002年度: 28,600千円 (直接経費: 28,600千円)
2001年度: 25,500千円 (直接経費: 25,500千円)
キーワードDNAモータータンパク質 / 酵母 / DNA組換え / ゲノム再編成 / ゲノム安定化 / ゲノム動態 / 組換え / DNA損傷応答 / DNA修復 / 癌 / 遺伝学 / 複製 / 放射線 / 相同的DNA組換え / 染色体の不安定化 / 複製フォーク / Rad60遺伝子 / MGS1遺伝子 / DNA複製 / フォークの進行阻害 / Mgs1タンパク質 / Rad6-Rad18
研究概要

本研究領域の研究成果の概要
本領域研究では、ゲノムの安定性を維持するための種々の機構を解明すると共に、それらの欠損によって起こる染色体の不安定化や個体レベルで起こる病態の解析を進めた。
主な成果として:
1.組換え反応の後期過程における大腸菌RuvABCによるHolliday構造の解離の機構を原子レベルで解析し、DNAモーターの動きを可視化した。また真核生物で、組換えの後期過程に関与する新規の遺伝子を4個発見しそれらの機能を解析した。
2.リボゾームRNA遺伝子の重複を安定に維持する種々の仕組みを解明した。
3.真核生物の組換えの前期過程の新しい経路を発見し、構成遺伝子を同定した.
4.酵母をモデルとして、自然に起こるゲノム再編成の制御の機構を解明した。
5.制限酵素と修飾酵素のペアが利己的遺伝子として、ゲノム間を移動し、ゲノム再編成の引金になることを証明した。
6.超好熱古細菌で、多数のゲノム維持に関与する酵素と遺伝子を同定し、人の遺伝病との関連において、重要な貢献をした。
研究成果の取りまとめ
1.平成13年度〜平成17年度 科学研究費補助金 特定領域研究『ゲノムホメオスタシスの分子機構』の研究成果報告書(154ページ)としてわかりやすい形で班員の研究成果の図を入れて解説した。加えて班員の主要な研究成果のうち一流国際学術誌に発表した論文の別刷りを精選論文集(587ページ)としてまとめた。
2.研究経過等の報告書を作成し、事後評価のためのヒアリングで、研究成果を発表し、質疑応答を行った。
3.研究成果公開のため2006年皮紐換え・ゲノム再編ワークショップを共催し、班員が全員研究成果を発表した。

報告書

(7件)
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2004 実績報告書
  • 2003 実績報告書
  • 2002 実績報告書
  • 2001 実績報告書
  • 研究成果

    (58件)

すべて 2007 2006 2005 2004 2003 2002 2001 その他

すべて 雑誌論文 (39件) 産業財産権 (1件) 文献書誌 (18件)

  • [雑誌論文] Cooperative Roles of Vertebrate Fbh1 and Blm DNA Helicases in Avoidance of Crossovers during Recombination Initiated by Replication Fork Collapse.2007

    • 著者名/発表者名
      Kohzaki M, Hatanaka A, Sonoda E, Yamazoe M, Kikuchi K, Trung NV, Szuts D, Sale JE, Shinagawa H, Watanabe M, Takeda S
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol. (In press)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Degradation of Escherichia coli RecN aggregates by ClpXP protease and its implications for DNA damage tolerance.2006

    • 著者名/発表者名
      Nagashima K, Kubota Y, Shibata T, Sakaguchi C, Shinagawa H, Hishida T
    • 雑誌名

      J Biol Chem. 281・41

      ページ: 30941-30946

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Direct observation of DNA rotation during branch migration of Holliday junction DNA by Escherichia coli RuvA-RuvB protein complex.2006

    • 著者名/発表者名
      Han YW, Tani T, Hayashi M, Hishida T, Iwasaki H, Shinagawa H, Harada Y
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A. 103-31

      ページ: 11544-11548

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Functional and physical interaction of yeast Mgs1 with PCNA : impact on RAD6-dependent DNA damage tolerance.2006

    • 著者名/発表者名
      Hishida T, Ohya T, Kubota Y, Kamada Y, Shinagawa H
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol. 26・14

      ページ: 5509-5517

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Condensin loaded onto the replication fork barrier site in ribosomal DNA (rDNA) repeats during S-phase in a FOB1-dependent fashion to prevent contraction of a long repeats in S.cerevisiae.2006

    • 著者名/発表者名
      Johzuka, K. et al.
    • 雑誌名

      Mol. Cell. Biol. 26

      ページ: 2226-36

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Rhp51-dependent recombination intermediates that do not generate checkpoint signal are accumulated in Schizosaccharomyces pombe rad60 and smc5/6 mutants after release from replication arrest.2006

    • 著者名/発表者名
      Miyabe I. et al.
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol. 26

      ページ: 343-53

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Condensin loaded onto the replication fork barrier site in ribosomal DNA (rDNA) repeats during S-phase in a FOB1-dependent fashion to prevent contraction of a long repeats in S. cerevisiae.2006

    • 著者名/発表者名
      Johzuka, K. et al.
    • 雑誌名

      Mol. Cell. Biol. 26

      ページ: 2226-36

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Rhp51-dependent recombination intermediates that do not generate checkpoint signal are accumulated in Schizosaccharomyces pombe rad60 and smc5/6 mutants after release from replication arrest.2006

    • 著者名/発表者名
      Miyabe I, Morishita T, Hishida T, Yonei S, Shinagawa H.
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol. 26・1

      ページ: 343-353

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Identifying gene-independent noncoding functional elements in the yeast ribosomal DNA by phylogenetic footprinting.2005

    • 著者名/発表者名
      Ganley AR. et al.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102

      ページ: 11787-11792

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Recombination Regulation by Transcription-Induced Cohesin Dissociation in rDNA Repeats.2005

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, T. et al.
    • 雑誌名

      Science 309

      ページ: 1581-1584

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Role of the Schizosaccharomyces pombe F-Box DNA helicase in processing recombination intermediates.2005

    • 著者名/発表者名
      Morishita T, Furukawa F, Sakaguchi C, Toda T, Carr AM, Iwasaki H, Shinagawa H.
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol. 25・18

      ページ: 8074-8083

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Identifying gene-independent noncoding functional elements in the yeast ribosomal DNA by phylogenetic footprinting.2005

    • 著者名/発表者名
      Ganley, ARD., Hayashi, K., Horiuchi, T., Kobayashi, T.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA 102・33

      ページ: 11787-11792

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] A novel gene amplification system in yeast based on double rolling-circle replication.2005

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, T., Horiuchi, T.
    • 雑誌名

      EMBO J. 24・1

      ページ: 190-198

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Multiple roles of vertebrate REV genes in DNA repair and recombination.2005

    • 著者名/発表者名
      Okada, T.Sonoda, E.Yoshimura, M.Kawano, Y.Saya, H., Kohzaki, M., Takeda, S.
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol 25・14

      ページ: 6103-6111

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Fen-1 facilitates homologous recombination by removing divergent sequences at DNA break ends.2005

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi, T.Taniguchi, Y.Hatanaka, A., Sonoda, E.Hochegger, H.Adachi N., Matsuzaki, Y., Koyam, H., van Gent, D.C., Jasin, M., Takeda, S.
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol 26・16

      ページ: 6948-6955

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] A novel gene amplification system in yeast based on double rolling-circle replication.2005

    • 著者名/発表者名
      Watanabe T, Horiuchi T.
    • 雑誌名

      EMBO J. 24

      ページ: 190-198

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Role of the Escherichia coli RecQ DNA helicase in SOS signaling and genome stabilization at stalled replication forks.2004

    • 著者名/発表者名
      Hishida T. et al.
    • 雑誌名

      Genes Dev. 18

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Direct evidence that a conserved arginine in RuvB AAA^+ ATPase acts as an allosteric effector for the ATPase activity of the adjacent subunit in a hexamer.2004

    • 著者名/発表者名
      Hishida T. et al.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A. 101

      ページ: 9573-7

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] SIR2 regulates recombination between different rDNA repeats, but not recombination within individual rDNA genes in Yeast.2004

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, T. et al.
    • 雑誌名

      Cell 77

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] A protein complex containing Mei5 and Sae3 promotes the assembly of the meiosis-specific RecA homolog Dmc1.2004

    • 著者名/発表者名
      Hayase, A. et al.
    • 雑誌名

      Cell 119

      ページ: 927-940

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Direct evidence that a conserved arginine in RuvB AAA+ ATPase acts as an allosteric effector for the ATPase activity of the adjacent subunit in a hexamer.2004

    • 著者名/発表者名
      Hishida T. et al.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA. 101

      ページ: 9573-7

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] A protein complex containing Mei5 and Sae3 promotes the assembly of the meiosis-specific RecA homolog Dmcl.2004

    • 著者名/発表者名
      Hayase, A. et al.
    • 雑誌名

      Cell 119

      ページ: 927-940

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Role of the Escherichia coli RecQ DNA helicase in SOS signaling and genome stabilization at stalled replication forks.2004

    • 著者名/発表者名
      Hishida T, Han YW, Shibata T, Kubota Y, Ishino Y, Iwasaki H, Shinagawa H.
    • 雑誌名

      Genes Dev. 18

      ページ: 1886-1897

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Direct evidence that a conserved arginine in RuvB AAA+ ATPase acts as an allosteric effector for the ATPase activity of the adjacent subunit in a hexamer.2004

    • 著者名/発表者名
      Hishida T, Han YW, Fujimoto S, Iwasaki H, Shinagawa H.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A. 101

      ページ: 9573-9577

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Rad62 protein functionally and physically associates with the smc5/smc6 protein complex and is required for chromosome integrity and recombination repair in fission yeast.2004

    • 著者名/発表者名
      Morikawa H, Morishita T, Kawane S, Iwasaki H, Carr AM, Shinagawa H.
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol. 24

      ページ: 9401-9413

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] SIR2 regulates recombination between different rDNA repeats, but not recombination within individual rRNA genes in yeast.2004

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi T, Horiuchi T, Tongaonkar P, Vu L, Nomura M.
    • 雑誌名

      Cell 117

      ページ: 441-453

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Reverse genetic studies of the DNA damage response in the chicken B lymphocyte line DT40.2004

    • 著者名/発表者名
      Yamazoe M, Sonoda E, Hochegger H, Takeda S.
    • 雑誌名

      DNA Repai 3

      ページ: 1175-1185

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Two different Swi5-containing protein complexes are involved in mating-type switching and recombination repair in fission yeast.2003

    • 著者名/発表者名
      Akamatsu Y. et al.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A. 100

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Multiple roles of Rev3, the catalytic subunit of polzeta in maintaining genome stability in vertebrates.2003

    • 著者名/発表者名
      Sonoda, E. et al.
    • 雑誌名

      Embo J 22

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Two different Swi5-containing protein complexes are involved in mating-type switching and recombination repair in fission yeast.2003

    • 著者名/発表者名
      Akamatsu Y. et al.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA. 100

      ページ: 15770-5

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Saccharomyces cerevisiae MGS1 is essential in strains deficient in the RAD6-dependent5 DNA damage tolerance pathway.2002

    • 著者名/発表者名
      Hishida T. et al.
    • 雑誌名

      EMBO J. 21

      ページ: 2019-29

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The Schizosaccharomyces pombe rad60 gene is essential for repairing double-strand DNA breaks spontaneously occurring during replication and induced by DNA-damaging agents.2002

    • 著者名/発表者名
      Morishita T, et al.
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol. 22

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystal structure of the RuvA-RuvB complex : a structural basis for the Holliday junction migrating motor machinery.2002

    • 著者名/発表者名
      Yamada K, et al.
    • 雑誌名

      Mol Cell. 10

      ページ: 671-81

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Amplification of Hot DNA segments in Escherichia coli.2002

    • 著者名/発表者名
      Kodama K, et al.
    • 雑誌名

      Mol Microbiol. 45

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] RAD18 and RAD54 cooperatively contribute to maintenance of genomic stability in vertebrate cells.2002

    • 著者名/発表者名
      Sonoda, E. et al.
    • 雑誌名

      Embo J 21

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Saccharomyces cerevisiae MGS 1 is essential in strains deficient in the RAD6-dependent DNA damage tolerance pathway.2002

    • 著者名/発表者名
      Hishida T. et al.
    • 雑誌名

      EMBO J. 21

      ページ: 2019-29

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Scc1/Rad21/Mcd1 is required for sister chromatid cohesion and kinetochore function in vertebrate cells.2001

    • 著者名/発表者名
      Sonoda E. et al.
    • 雑誌名

      J Biol Chem 276

      ページ: 44413-44418

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Homologous DNA recombination in vertebrate cells.2001

    • 著者名/発表者名
      Sonoda E. et al.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA 98

      ページ: 8388-8394

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Sccl/Rad21/Mcd1 is required for sister chromatid cohesion and kinetochore function in vertebrate cells.2001

    • 著者名/発表者名
      Sonoda E. et al.
    • 雑誌名

      J Biol Chem 276

      ページ: 44413-44418

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [産業財産権] 特許2002

    • 発明者名
      石野良純
    • 権利者名
      生物分子工学研究所
    • 公開番号
      2004-121069
    • 出願年月日
      2002-10-01
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Akamatsu Y, Dziadkowiec D, Ikeguchi M, Shinagawa H, Iwasaki H.: "Two different Swi5-containing protein complexes are involved in mating-type switching and recombination repair in fission yeast."Proc Natl Acad Sci U S A.. 100(26). 15770-15775 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Ueno M, Nakazaki T, Akamatsu Y, Watanabe K, Tomita K, Lindsay HD, Shinagawa H, Iwasaki H.: "Molecular characterization of the Schizosaccharomyces pombe nbs1+gene involved in DNA repair and telomere maintenance."Mol Cell Biol.. 23(18). 6553-6563 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Hishida T, Iwasaki H, Han YW, Ohnishi T, Shinagawa H.: "Uncoupling of the ATPase activity from the branch migration activity of RuvAB protein complexes containing both wild-type and ATPase-defective RuvB proteins."Genes Cells.. 8(9). 721-730 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Nishino T, Komori K, Ishino Y, Morikawa K.: "X-ray and biochemical anatomy of an archaeal XPF/Rad1/Mus81 family nuclease : similarity between its endonuclease domain and restriction enzymes."Structure. 11(4). 365-366 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Sonoda E, Okada T, Zhao GY, Tateishi S, Araki K, Yamaizumi M, Yagi T, Verkaik NS, van Gent DC, Takata M, Takeda S.: "Multiple roles of Rev3,the catalytic subunit of polzeta in maintaining genome stability in vertebrates."EMBO J.. 22(12). 3188-3197 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Takeuchi Y, Horiuchi T, Kobayashi T.: "Transcription-dependent recombination and the role of fork collision in yeast rDNA."Genes Dev.. 17(12). 1697-1506 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Morishita T, Tsutsui Y, Iwasaki H, Shinagawa H.: "The Schizosaccharomyces pombe rad60 gene is essential for repairing double-strand DNA breaks spontaneously occurring during replication and induced by DNA-damaging agents"Mol. Cell. Biol.. 22・10. 3537-3548 (2002)

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公開日: 2001-04-01   更新日: 2018-03-28  

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