| 研究課題/領域番号 |
13141201
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| 研究種目 |
特定領域研究
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
小林 一三 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30126057)
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| 研究分担者 |
半田 直史 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 産学官連携研究員(特任助手) (00396855)
板谷 光泰 三菱化学生命科学研究所, 主任研究員 (60374013)
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| 研究期間 (年度) |
2001 – 2005
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| 研究課題ステータス |
完了 (2005年度)
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| 配分額 *注記 |
61,000千円 (直接経費: 61,000千円)
2005年度: 11,100千円 (直接経費: 11,100千円)
2004年度: 10,800千円 (直接経費: 10,800千円)
2003年度: 12,800千円 (直接経費: 12,800千円)
2002年度: 12,800千円 (直接経費: 12,800千円)
2001年度: 13,500千円 (直接経費: 13,500千円)
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| キーワード | ゲノム / 細菌 / ゲノム再編 / ゲノム進化 / 比較ゲノム / たんぱく立体構造 / バイオテクノロジー / 環境 / ゲノム・ダイナミックス / 細菌ゲノム / 制限酵素 / ゲノム工学 / 遺伝子増幅 / 枯草菌 / 感染症 / 染色体切断 / ゲノム安定性 / 利己的遺伝子 / 動く遺伝子 / 遺伝子 / 進化 / 相同組み換え / DNA修復 / 非相同組換え |
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| 研究概要 |
A:実験解析
制限修飾遺伝子が増幅することを発見した。制限修飾遺伝子の制限活性依存の転移を証明した。細胞内のEcoRI分子数とM.EcoRI分子数を測定し両者の安定性に大差が無いことを示した。EcoRII制限修飾遺伝子に対して、単独メチル化酵素Dcmがゲノムをメチル化して保護していることを証明した。大腸菌の環状染色体DNAの二重鎖切断による線状化を様々な組換え関連変異体で測定した。制限修飾遺伝子によってドライブされるDNAホモロジーに依存した非相同組換えを解析した。III型制限修飾遺伝子によるファージ・ゲノムの攻撃がファージの組換え機能によって修復される事を示した。超好熱古細菌Pyrococousから制限酵素PabIを精製しTA3'という新しい制限末端を証明した。M.PabIを解析し、耐熱性を証明した。
組換え体アデノウイルスとDNA/RNAキメラを突然変異レポーターマウスに投与して、体細胞遺伝子ターゲッティングを試みた。
B:ゲノム比較
黄色ブドウ球菌の複数株を比較し、中規模多型の形成機構を推測した。I型制限酵素の特異性サブユニットで、二つのDNA配列認識ドメインの間の組換えを発見した。パラログのクラスターの進化過程を再構築した。Neisseriaで、繊維状ファージNfが自身のトランスポゼースによって組み込まれる事を推測した。複雑に見える大規模多型の形成を、動く遺伝子の働きによって説明した。
C:数理
ホリディー構造の分岐点移動反応を、非対称ランダム・ウォーク過程としてモデル化した。減数分裂での交叉の間の干渉について、ランダムウォーク・モデルで説明した。中毒遺伝子が集団中で広まるための条件を、解析的手法とシミュレーションで明らかにした。空間構造の重要性が示された。
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