| 研究課題/領域番号 |
13204025
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| 研究種目 |
特定領域研究(C)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 東京医科歯科大学 |
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研究代表者 |
井本 逸勢 (橘 逸勢) 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教授 (30258610)
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| 研究分担者 |
稲澤 譲治 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (30193551)
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| 研究期間 (年度) |
2001
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| 研究課題ステータス |
完了 (2001年度)
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| 配分額 *注記 |
6,400千円 (直接経費: 6,400千円)
2001年度: 6,400千円 (直接経費: 6,400千円)
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| キーワード | ゲノム / マイクロアレイ / 構造解析 |
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| 研究概要 |
ポストゲノムシークエンスの時代を迎え、ゲノムの一次構造の異常をhigh-throughputに探索していくツールの開発は、隣接遺伝子症候群などの先天異常や癌など病型が同じでありながら複雑な表現型を示す疾患をはじめヒト疾患の遺伝的要因を迅速に明らかにしていく上で必須である。このため、網羅的かつ高精度にゲノムDNAコピー数の変化を検出する高密度・高感度ゲノムDNAマイクロアレイの開発研究を推進し、以下の成果を得た。
1.マイクロアレイ作成に必要なゲノムDNAの単離、標的DNAの作成、試作アレイの作製:マイクロアレイの標的DNAとして、癌関連遺伝子特異的、染色体特異的CGHアレイ用などのBAC/PACクローンからのDNA単離をほぼ終了した。このDNAを材料として、実際にスポットするDNA断片のPCR法による作製を開始した。さらに、作製されたDNA断片の一部を用いて、試作アレイの作製を行い、また小規模の実用アレイの作製に着手しその評価を開始した。
2.試作レベルのマイクロアレイを用いた解析技術・結果の評価:試作レベルのマイクロアレイ(癌関連遺伝子特異的アレイなど)を用いたゲノムDNAコピー数解析を、これまでの基礎技術開発により確立したプロトコールに従い行った。正常DNAならびにCGHやFISH法によりゲノムコピー数の変化を詳細に解析済みである食道癌細胞株から得られたDNAなどを対象にした検討によって、これまでに、再現性、分解能、1コピーの変化まで検出できる感度を確認している。また、得られた結果を元にさらに実用アレイ用に、プロトコールの改良を行った。
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