二次元色彩化によるゲノムデータベースの解析

• 研究課題/領域番号: 13208007
• 研究種目: 特定領域研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 名古屋大学
• 研究代表者: 大澤 研二 名古屋大学, 大学院・多元数理科学研究科, 助教授 (50203758)
• 研究分担者: 大沢 健夫 名古屋大学, 大学院・多元数理科学研究科, 教授 (30115802) ; 吉田 徹彦 東亜合成(株), 名古屋研究機構・新製品開発研究所, 主任研究員 ; 尾畑 伸明 東北大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (10169360)
• 研究期間 (年度): 2001
• 研究課題ステータス: 完了 (2001年度)
• 配分額: 3,000千円 (直接経費: 3,000千円); 2001年度: 3,000千円 (直接経費: 3,000千円)
• キーワード: ゲノム / タンデムリピート / 色彩化 / ヒトゲノム / 細菌

研究概要

・ヒト21番染色体中のタンデムリピートの解析:ヒト21番染色体中のタンデムリピートの解析を行い、28Mbセグメント中に30塩基長以上の周期をもつタンデムリピートを約300ヶ所同定した。見つかったうちで最も長い周期は639塩基であった。全体に渡る分布では、ある領域に集中する傾向が見られるとともに、かなりの長さに渡ってタンデムリピートが存在しない領域が見られた。
・多くの細菌ゲノム中のタンデムリピートの探索:弘前大学の清水俊夫教授との共同研究により、大腸菌以外の細菌についても探索を行い、多くの知見を得た。特に一部の細菌ゲノムでは、非常に多くのタンデムリピートの存在が明らかとなった。また、ピロリ菌の一つのゲノムでは、大きなinverted repeatsの存在が明らかとなった。
・他の探索手法との比較:Bensonの開発したタンデムリピート探索法との比較により、二次元色彩化でのみ発見できるタンデムリピートの存在を確認した。ヒト21番染色体のRepeatMaskerによる反復配列の解析結果と比較し、多くのタンデムリピートが二次元色彩化でのみ見出される事を確認した(二次元色彩化により発見されたタンデムリピートのうち約40%がRepeatMaskerでは発見されていない)。