| 研究課題/領域番号 |
13208013
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| 研究種目 |
特定領域研究
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
松田 秀雄 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50183950)
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| 研究分担者 |
坊農 秀雅 理化学研究所, ゲノム科学総合研究センター, 研究員
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| 研究期間 (年度) |
2001 – 2004
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| 研究課題ステータス |
完了 (2002年度)
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| 配分額 *注記 |
32,400千円 (直接経費: 32,400千円)
2002年度: 15,400千円 (直接経費: 15,400千円)
2001年度: 17,000千円 (直接経費: 17,000千円)
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| キーワード | 遺伝子配列解析 / クラスタリング / cDNA / マイクロアレイ / モチーフ / 機能注釈 / 代謝パスウェイ / ゲノム情報解析 |
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| 研究概要 |
今年度は、次の研究を行った。
・従来の遺伝子の機能注釈付けでは、その多くがデータベースの相同性検索やHMMなどで表現されたモチーフのサーチなど、データベース中の個々のデータとの1対1の個別比較の結果に基づいていたため、得られたスコアが有意かそうでないかの判定が困難であった。そこで、本研究では、ゲノムレベルで遺伝子機能情報を統合化するため、まず配列データ全体を相同性に基づくクラスタリングによりクラスタに分類し、各クラスタから相互の相同性のもとになっている領域をグラフ理論に基づく方法で探索した後、既存のデータベースにモチーフとして登録されているものを除くことで、新規モチーフを求めた。同じモチーフを持つ配列同士を同じファミリと見なすことにより、機能注釈付けをファミリ全体で行うことができる。理研ゲノム科学総合研究センターにて配列決定されたマウス完全長cDNA配列(配列数約60,000個)に本手法を適用した結果、16個の新規モチーフが得られ、そのうちの10個については機能注釈付けに使えることがわかった。
・理研ゲノム科学総合研究センターにて作製されたマウスcDNAマイクロアレイ(cDNA数約40,000個)により得られた、マウスの種々の発生時期や臓器での遺伝子の発現データのデータベースを開発するとともに、発現データのクラスタリングにより種々の発生時期や臓器特異性、代謝パスウェイに関与している一群の遺伝子を明らかにした。
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