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ホモロジーモデリングの手法の開発とデータベース構築

研究課題

研究課題/領域番号 13208030
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関北里大学

研究代表者

梅山 秀明  北里大学, 薬学部, 教授 (20050619)

研究分担者 岩舘 満雄  北里大学, 薬学部, 助手 (10327447)
研究期間 (年度) 2001 – 2002
研究課題ステータス 完了 (2002年度)
配分額 *注記
32,400千円 (直接経費: 32,400千円)
2002年度: 15,400千円 (直接経費: 15,400千円)
2001年度: 17,000千円 (直接経費: 17,000千円)
キーワードバイオインフォマティックス / ホモロジーモデリング / ゲノム / タンパク質 / 立体構造 / 遺伝子 / CASP / CAFASP / 情報システム / ソフトウェア開発効率化 / 蛋白質
研究概要

タンパク質の立体構造の予測プログラムFAMSを用いて、国際コンテストである平成12年度に行われたCASP4、CAFASP2においてFAMSプログラムの優秀さが認められ、平成13年度は1000台のPCを用いた大規模データベース構築を行うこととなった。具体的には、遺伝学研究所で公開のGTOPのアライメントを元にして、FAMSを実行し巨大なタンパク質立体構造データベースFAMSBASEを構築した。総モデリング数は54万個であり、これは世界最大級に相当する。公開サーバーを通じて公開予定である。
平成14年度においては、国際コンテストであるCASP5,CAFASP3に参加した。
CASP5のホモロジーモデリング部門で、手動はホモロジーモデリング対象51ドメインのGDTTS(Global Distance Test Total Score)の合計で2位の成績だった。また完全自動(CAFASP3)の通常サーバー部門ではアミノ酸側鎖構築の精度が最も重要とされる。7サーバーが審査の対象となったが、本研究室のFAMSDサーバーが1位で、FAMSサーバーが2位となり、2002年の時点で国際的に競争力のあるソフトウェアであることが証明できた。メタサーバー(他のサーバーの出力をも使うサーバー)は除かれている。
またドッキングの国際コンテストでもあるCAPRIにも出場している。

報告書

(2件)
  • 2002 実績報告書
  • 2001 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (10件)

  • [文献書誌] Iwadate, M., Ebisawa, K., Umeyama, H: "Comparative Modeling of CAFASP2 Competition"Chem-Bio Informatics Journal. 1・4. 136-148 (2001)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 岩舘満雄, 梅山秀明: "FAMS:配列からタンパク質立体構造ホモロジーモデリング"生物物理. 42・6. 282-284 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Yamaguchi A, Iwadate M, Suzuki E, Yura K, Kawakita S, Umeyama H, Go M.: "Enlarged FAMSBASE : protein 3D structure models of genome sequences for 41 species"Nucleic Acids Research. 31・1. 463-468 (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Komatsu K, Kurihara Y., Iwadate M., Takeda-Shitaka M, Umeyama H: "Third Solvent Clusters Fitting for Protein-Protein Interaction Prediction"PROTEINS, Structure, Function and Genetics. (in press).

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 梅山秀明, 岩舘満雄(分担執筆): "ゲノム医科学と基礎からのバイオインフォマティクス(実験医学増刊)"羊土社(高木利久編). 203 (2001)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 岩舘満雄, 梅山秀明(分担執筆): "バイオデータベースとウェブツールの手取り足取り活用法"羊土社(中村保一、磯合敦、石川淳編). 203 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Mitsuo Iwadate, Kazuyoshi Ebisawa, Hideaki Umeyama: "Comparative Modeling of CAFASP2 Competition"Chem-Bio Informatics Journal. 1. 136-148 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] HIRONOR Sato, Hideaki Umeyama, et al.: "Augmentation of human immunodeficiency virus type 1 subtype E (CRF01_AE) multiple-drug resistance by insertion of a foreign 11-amino-acid fragment into the reverse transcriptase"Journal of Virology. 75. 5604-5613 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Osamu Sekine, Hideaki Umeyama, et al.: "Substitution of Gly-548 to Ala in the substrate binding pocket of prothrombin Perija leads to the loss of thrombin proteolytic activity"Thromb Haemost. 87. 282-287 (2002)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 梅山秀明, 岩舘満雄: "「実験医学」 Vol.19, p180-184"羊土社. 192 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書

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公開日: 2001-04-01   更新日: 2018-03-28  

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