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ホモロジーヒット法を用いた核共生機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 13309002
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 広領域
研究機関群馬大学

研究代表者

篠沢 隆雄  群馬大学, 工学部, 教授 (30025449)

研究分担者 金谷 重彦  奈良先端科学技術大学, 大学院・遺伝子教育センター, 助教授 (90224584)
研究期間 (年度) 2001 – 2003
研究課題ステータス 完了 (2003年度)
配分額 *注記
10,790千円 (直接経費: 8,300千円、間接経費: 2,490千円)
2003年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2002年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
キーワード核共生説 / 真核生物の起源 / 古細菌 / 真正細菌 / ホモロジーヒット法 / 遺伝子情報解析 / カタラーゼ / ホモロジーヒット解析
研究概要

(1)真核生物の起源は、真正細菌と分岐した古細菌から分岐したと考えられていた。研究代表者篠沢のグループは多数の遺伝子情報の類似性をその類似度に従い、比較選別する新たな方法であるホモロジーヒット法を開発し、真核生物の出現は真正細菌への古細菌の共生である(核共生説)事を解明した(Nature Cell Biology, 2001)。更に、形質膜遺伝子等も真正細菌由来である事を解明した(Genes Genet.Syst.2002年)。
(2)出芽酵母やセンチュウ、ドロソフィラなどの真核生物の遺伝子と50数種類の古細菌と真正細菌の、FASTAプログラムにより、オルソロガス遺伝子の数に基づく系統樹を作成した。それに基づき核共生に関与した古細菌(パイロコッカス)と真正細菌(プロテオγ)を同定した(Journal of Molecular Evolution 2004年)。
(3)核共生機構の解明には、微生物間の正確な系統樹が必須である。リボソームRNA(小サブユニット)の系統樹を1000種類自動作成するプログラムを作成し、正確な系統樹を作成した。とりわけ進化的位置が不正確であったシアノバクテリアの位置を決定した(2003年日本分子生物学会年会。論文作成中。)。
(4)核共生に伴う遺伝子選別の痕跡を想定してゲノムDNAのイントロンおよびエキソンにおけるGC含量の相関関係を解析した(Genes Genet.Syst.2003年)。
(5)核共生を可能にした重要な遺伝子として、ストレスタンパク質及び活性酸素処理(スーパーオキシドジスムターゼ、SOD、及びカタラーゼ)遺伝子に焦点を当てた。ストレスタンパク質のデータベースの作成とインターネット上の公開を行った。更にストレスタンパク質のメイン構造等による、新規命名法を論文化した(In Silico Biology, 2004年)。
(7)好塩性菌カタラーゼを、大腸菌で大量生産した。更に遺伝子工学的に熱安定なキメラ酵素を作成した(Biosci.Biotechnol.Biochem.2004年)。
(8)細胞共生に関し、ユニークな生物であるゾウリムシからFe-SOD遺伝子をクローニングし、DNA Data Bank of Japan(DDBJ)データベースに登録した(AB164196)。
(9)ホモロジーヒット解析は、求人求職情報等大量な情報を比較解析選別するのにも有用である。工業所有権の出願を国内(20001-183856)とアメリカ・カナダ(PCT出願)に行った。
(10)上記以外では、真核生物におけるコドン使用頻度とtRNA遺伝子やタンパク質合成の効率の解析や大腸菌ゲノムに於ける繰り返し塩基配列の解析等を行った。

報告書

(4件)
  • 2003 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2002 実績報告書
  • 2001 実績報告書
  • 研究成果

    (42件)

すべて 2004 2003 2002 2001 その他

すべて 雑誌論文 (31件) 図書 (1件) 産業財産権 (2件) 文献書誌 (8件)

  • [雑誌論文] Alkali-and Halo-tolerant Catalase from Halomonas sp. SK1:Overexpression in Escheridhia coli, Purification, Characteri2ation, and Genetic Modification2004

    • 著者名/発表者名
      L.Huyen, Ai Thuy, K.Phucharoen, A.Ideno, T.Maruyama, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      Biosci.Biotechnol.Biochem. 68・4

      ページ: 814-819

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Molecular Chaperones : Proposal of a Systematic Computer-Oriented Nomenclature and Construction of a Centralized Database2004

    • 著者名/発表者名
      H.Sghaier, L.Huyen Ai, T.Horiike, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      In Silico Biology 4

      ページ: 311-322

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The OriBin of Eukaryotes Is Suggested as the Symbiosis of Pyrococcus into γ-Proteobacteria by PhyloBenetic Tree Based on Gene Content2004

    • 著者名/発表者名
      T.Horiike, K.Hamada, D.Miyata, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      J.Mol.Evol. 59

      ページ: 606-619

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Alkali-and Halo-tolerant Catalase from Halomonas sp. SK1 : Overexpression in Escherichia coli, Purification, Characterization, and Genetic Modification2004

    • 著者名/発表者名
      L.Huyen Ai Thuy, K.Phucharoen, A.Ideno, T.Maruyama, T.shinozawa
    • 雑誌名

      Biosci. Biotechnol. Biochem 68(4)

      ページ: 814-819

    • NAID

      10013143677

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Molecular Chaperones : Proposal of a Systematic Computer-Oriented Nomenclature and Construction of a Centralized Database.2004

    • 著者名/発表者名
      H.Sghaier, L.Huyen Ai, T.Horiike, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      Silico Biology 4

      ページ: 311-322

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The Origin of Eukaryotes Is Suggested as the Symbiosis of Pyrococcus into γ-Proteobacteria by Phylogenetic Tree Based on Gene Content2004

    • 著者名/発表者名
      T.Horiike, K.Hamada, D.Miyata, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      J.Mol.Evol. 59

      ページ: 606-619

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Presense af isochore structures in reptile genomes suggested by the relationship between GC contents of intron regions and those of codin8 regions2003

    • 著者名/発表者名
      K.Hamada, T.Horiike, H.Ota, K.Mizuno, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      Genes Genet. Syst. 78

      ページ: 195-198

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Visualization of Gene Classification Based on Expression Profile Using BL-SOM2003

    • 著者名/発表者名
      H.Nishio, Md.Altaf-UI-Amin, T.Sato, K.Wada, Y.Wada, K.Minato, K.Kobayashi, N.Ogasawara, S.Kanaya
    • 雑誌名

      Workshop on Self-Organizing Maps HIBIKINO 2003? Intelligent Systems and Innovational Computing-Kyusyu Institute of Technology Kitakyusyu Science and Research Park Hibikino, Kitakyusyu, Japan 11-14 September, 2003

      ページ: 101-106

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Informatics for Unveiling Hidden Genome Signatures2003

    • 著者名/発表者名
      T.abe, S.Kanaya, M.Kinouchi, Y.Ichiba, T.Kozuki, T.Ikemura
    • 雑誌名

      Genome Research 13

      ページ: 693-702

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Comparative Genome Analysis Focused on Periodicity from Prokaryote to Higher Eukaryote Genomes Based on PoWer Spectrum2003

    • 著者名/発表者名
      A.Fukushima, T.Ikemura, S.Kanaya
    • 雑誌名

      J.Comput.Chem.Jpn. 2・3

      ページ: 95-110

    • NAID

      10012456402

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Presense of isochore structures in reptile genomes suggested by the relationship between GC contents of intron regions and those of coding regions.2003

    • 著者名/発表者名
      K.Hamada, T.Horiike, H.Ota, K.Mizuno, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      Genes Genet.Syst. 78

      ページ: 195-198

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Informatics for Unveiling Hidden Genome Signatures.2003

    • 著者名/発表者名
      T.Abe, S.Kanaya, M.Kinouchi, Y.Ichiba, T.Kozuki, T.Ikemura
    • 雑誌名

      Genome Research 13

      ページ: 693-702

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Comparative Genome Analysis Focused on Periodicity from Prokaryote to Higher Eukaryote Genomes Based on Power Spectrum2003

    • 著者名/発表者名
      A.Fukushima, T.Ikemura, S.Kanaya
    • 雑誌名

      J.comput.Chem.Jpn. 2(3)

      ページ: 95-110

    • NAID

      10012456402

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Visualization of Gene Classification Based on Expression Profile Using BL-SOM.2003

    • 著者名/発表者名
      H.Nishio, Md.Altaf-UI-Amin, T.Sato, K.Wada, Y.Wada, K.Minato, K.Kobayashi, N.Ogasawara, S.Kanaya
    • 雑誌名

      Workshop on Self-Organizing Maps HIBIKINO 2003 -Intelligent Systems and Innovational Computing- Kyusyu Institute of Technology Kitakyusyu Science and Research Park Hibikino, Kitakyusyu, Japan 11-14

      ページ: 101-106

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Origin of Eukaryotic Cell Nuclei by Symbiosis of Archaea in Bacteria supported by the neWly clarified origin of functional genes2002

    • 著者名/発表者名
      T.Horiike, K.Hamada, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      Genes Genet. Syst. 77

      ページ: 369-376

    • NAID

      10010380961

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Purification, characterization and gene sequencing of a catalase from an alkali- and halo- tolerant bacterium, Halomonas sp. SK1.2002

    • 著者名/発表者名
      K.Phucharoen, K.Hoshino, Y.Takenaka, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      Biosci. Biotechnol. Biochem. 66・5

      ページ: 955-962

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Changes in body temperature pattern in vertebrates do not influence the codon usages of α-globin genes2002

    • 著者名/発表者名
      K.Hamada, T.Horiike, S.Kanaya, H.Nakamura, H.Ota, T.Yatogo, K.Okada, H.Nakamura, K.Okada, H.Nakamura, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      Genes Genet. Syst. 77

      ページ: 197-207

    • NAID

      130000060816

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Distribution of Repetitive Sequences on the Leading and Lagging Strands of the Escherichia coli Genome : Comparative Study of Lons Direct Repeat (LDR) Sequences2002

    • 著者名/発表者名
      M.Kawano, S.Kanaya, T.Oshima, Y.Matsuda, T.Ara, H.Mori
    • 雑誌名

      DNA Research 9

      ページ: 1-10

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Transcriptome analysis of all two-component regulatory system mutants of Escherichia cali K-122002

    • 著者名/発表者名
      T.Oshima, H.Aiba, Y.Masuda, S.Kanaya, M.Sugiura, B.L.Wanner, H.Mori, T.Mizuno
    • 雑誌名

      Molecular Microbiology 46・1

      ページ: 281-291

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Origin of Eukaryotic Cell Nuclei by Symbiosis of Archaea in Bacteria supported by the newly clarified origin of functional genes.2002

    • 著者名/発表者名
      T.Horiike, K.Hamada, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      Genes Genet. Syst. 77

      ページ: 369-376

    • NAID

      10010380961

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Purification, Characterization, and Gene Sequencing of a Catalase from an Alkali- and Halo-tolerant Bacterium, Halomonas sp. SK1, Biosci.2002

    • 著者名/発表者名
      K.Phucharone, K.Hoshino, Y.Takenaka, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      Biotechnol. Biochem. 66(5)

      ページ: 955-962

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Distribution of Repetitive Sequences on the Leading and Lagging Strands of the Escherichia coli Genome : Comparative Study of Long Direct Repeat(LDR)Sequences.2002

    • 著者名/発表者名
      M.Kawano, S.Kanaya, T.Oshima, Y.Matsuda, T.Ara, H.Mori
    • 雑誌名

      DNA Research 9

      ページ: 1-10

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Transcriptome analysis of all two-component regulatory system mutants of Escherichia coli K-12.2002

    • 著者名/発表者名
      T.Oshima, H.Aiba, Y.Masuda, S.Kanaya, M.Sugiura, B.L.Wanner, H.Mori, T.Mizuno
    • 雑誌名

      Molecular Microbiology 46(1)

      ページ: 281-291

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Origin of eukaryotic cell nuclei by symbiosis of Archaea in Bacteria is revealed by homology-hit analysis2001

    • 著者名/発表者名
      T.Horiike, K.Hamada, S.Kanaya, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      Nature Cell Biology 3・2

      ページ: 210-214

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Does endosymbiosis explain the origin of the nucleus? (reply)2001

    • 著者名/発表者名
      T.ShinozaWa, T.Horiike, K.Hamada
    • 雑誌名

      Nature Cell Biology 3

      ページ: 173-174

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Molecular cloning and DNA sequencinB of the manganese catalase gene from Thermoleophilum album NM.2001

    • 著者名/発表者名
      K.Phucharoen, Y.Takenaka, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      DNA Sequence Issue5-6

      ページ: 413-417

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Codon Usage and tRNA Genes in Eukaryotes : Correlation of Codon Usage Diversity with Translation Efficiency and with CG-Dinucleotide Usage as Assessed by Multivariate Analysis2001

    • 著者名/発表者名
      S.Kanaya, Y.Yamada, M.Kinouchi, Y.Kudo, T.Ikemura
    • 雑誌名

      J.Mol.Evol 53

      ページ: 290-298

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Origin of eukaryotic cell nuclei by symbiosis of Archaea in Bacteria is revealed by homology-hit analysis2001

    • 著者名/発表者名
      T.Horiike, K.Hamada, S.Kanaya, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      Nature Cell Biology 3(2)

      ページ: 210-214

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Does endosymbiosis explain the origin of the nucleus? (reply)2001

    • 著者名/発表者名
      T.Shinozawa, T.Horiike, K.Hamada
    • 雑誌名

      Nature Cell Biology 3

      ページ: 173-174

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Molecular cloning and DNA sequencing of the manganese catalase gene from Thermoleophilum album NM.2001

    • 著者名/発表者名
      K.Phucharoen, Y.Takenaka, T.Shinozawa
    • 雑誌名

      DNA sequence 12

      ページ: 413-417

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Codon Usage and tRNA Genes in Eukaryotes : Correlation of Codon Usage Diversity with Translation Efficietf and with CG-Dinucleotide Usage as Assessed by Multivariate Analysis2001

    • 著者名/発表者名
      S.Kanaya, Y.Yamada, M.Kinouchi, Y.Kudo, T.Ikemura
    • 雑誌名

      J.Mol.Evol. 53

      ページ: 290-298

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [図書] 「CELLULAR ORIGIN AND LIFE IN EXTREME HABITATS」 NUCLEUS SYNBIOSIS HYPOTHESIS : Formation of Eukaryotic Cell Nuclei by the Symbiosis of Archaea in Bacteria.2001

    • 著者名/発表者名
      T.Shinozawa, T.Horiike, K.Hamada
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      Kluwer academic publishers (J.Seckbach(ed))
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [産業財産権] 相同性解析システム、相同性解析方法、相同性解析プログラムおよび取引成立システム2001

    • 発明者名
      篠沢隆雄, 金谷重彦, 堀池徳祐, 濱田一男
    • 権利者名
      科学技術振興事業団篠沢隆雄金谷重彦
    • 出願年月日
      2001-07-31
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [産業財産権] 相同性解析システム、相同性解析方法、相同性解析プログラムおよび取引成立システム2001

    • 発明者名
      篠沢隆雄, 金谷重彦, 堀池徳祐, 濱田一男
    • 権利者名
      科学技術振興事業団篠沢隆雄金谷重彦
    • 出願年月日
      2001-11-22
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kazuo Hamada: "Presense of isochore structures in reptile genomes suggested by the relationship between GC contents of intron regions and those of coding regions."Genes Genet.Syst.. 78. 195-198 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Marisa Motomura: "Purification and characterization of an aflatoxin degradation enzyeme."Microbiol.Res.. 158. 237-242 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Le Huyen Ai Thuy: "Alkali-and halo-tolerant catalase from Halomonas sp. SK1 : Overexpression in Escherichia coli, purification, characterization, and genetic modification."Biosci.Biotechnol.Biochem.. 68・4(in press). (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] T.Horiike, K.Hamada, T.Shinozawa: "Origin of Eukaryotic Cell Nuclei by Symbiosis of Archaea in Bacteria supported by the newly clarified origin of functional genes"Genes Genet : Syst. 77. 369-376 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Phucharoen. Krisana: "Molecular cloning and DNA sequencing of the manganese catalase gene from Thermoleophilum album NM."DNA Sequence. Issue5-6. 413-417 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Phucharoen. Krisana: "Purification, characterization and gene sequencing of a catalase froom an alkai and halo-atolerentbacterium, Halomonas sp. SK1"Biosci.Biotechnal.Biochem. (in press). 1

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Horiike Tokumasa: "Origin of eukaryotic cell nuclei by symbiosis of Archaea in Bacteria is revealed by homology-hit analysis"Nature Cell Biol. 3. 210-214 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Shinozawa T, Horiike T, Hamada K.: "「CELLULAR ORIGIN AND LIFE IN EXTREME HABITAIS」 Symbiosis NUCLEUS SYMBIOSIS HYPOTHESIS : Formation of Eukaryotic Cell Nuclei by the Symbiosis of Archaea in Bacteria"Kluwer academic publishers (in press).

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書

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公開日: 2002-04-01   更新日: 2016-04-21  

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