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酸化傷害DNA修復系酵素群の立体構造解析および分子機能解析

研究課題

研究課題/領域番号 13480193
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関大阪大学

研究代表者

倉光 成紀  大阪大学, 大学院・理学研究科, 教授 (60153368)

研究分担者 増井 良治  大阪大学, 大学院・理学研究科, 講師 (40252580)
研究期間 (年度) 2001 – 2003
研究課題ステータス 完了 (2003年度)
配分額 *注記
14,500千円 (直接経費: 14,500千円)
2003年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2002年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2001年度: 12,500千円 (直接経費: 12,500千円)
キーワードDNA修復 / 酸化傷害 / ヌクレオチド / 触媒反応機構 / 基質認識機構 / 高度好熱菌 / 酸化傷害DNA修復 / 8-オキソグアニン / MutM / フリップアウト / Thermus thermophilus HB8 / 立体構造反応解析 / 基質特異性 / 分子機能解析
研究概要

DNAには様々な傷害が生じている。その傷害を直ちに修復してDNAの遺伝情報を持するために、細胞内には様々なDNA修復系が存在する。原核生物の場合、DNA修復には数十種類の酵素が関与するが、酸化傷害塩基の修復には、MutMタンパク質やMutYタンパク質の他、Nudixファミリーに属するMutTなどのタンパク質が含まれる。構造機能解析に適した高度好熱菌Thermus thermophilus HB8のタンパク質を利用して、これらタンパク質群の構造機能解析を行った。MutMについては、DNAとMutMタンパク質との複合体の立体構造が明らかになったので、それらの結果を基にし、触媒基と推定されるアミノ酸残基や傷害DNA認識に関与すると推定されるアミノ酸残基を置換した変異型酵素を作製した。それら変異型MutMタンパク質の基質認識機構や、律速段階における触媒基の役割について調べた。また、MutTの含まれるNudixタンパク質群についても解析を行った。Nudixタンパク質群には、多くの機能未知タンパク質が含まれるので、機能未知タンパク質の機能同定法を行うために、遺伝子破壊株作製用の耐熱性薬剤耐性遺伝子を作製し、作製した遺伝子破壊株について解析するとともに、分子機能の解析を行った。

報告書

(4件)
  • 2003 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2002 実績報告書
  • 2001 実績報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (24件)

  • [文献書誌] Hoseki, J.: "Increased Rigidity of Domain Structures Enhances the Stability of A Mutant Enzyme Created by Directed Evolution"Biochemistry. 42. 14469-14475 (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Iwai, T.: "The Nudix hydrolase Ndx1 from Thermus thermophilus HB8 Is A Diadenosine Hexaphosphate Hydrolase with A novel Activity"J.Biol.Chem.. 279. 1011-1033 (2004)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshiba, S.: "Structural Insights into The Thermus thermophilus ADP-Ribose Pyrophosphatase Mechanism via Crystal Structures with The Bound Substrate and Metal"J.Biol.Chem.. (in press). (2004)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 増井良治: "酸化傷害DNAの修復機構"蛋白質核酸酵素. 46. 1618-1624 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 増井良治: "タグ付きタンパク質の微生物による発現・調製"ポストシークエンス タンパク質実験法2. 114-130 (2002)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 増井良治: "PCRを用いた遺伝子の変異導入法"ここまでできるPCR最新活用マニュアル. 113-120 (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Masui, R.: "MutM : Single C_2C_2 Zinc Finger-DNA interaction"Landes Bioscience(印刷中).

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Masui, R., Nakagawa.N., Kuramitsu, S.: "MutM: Single C_2C_2 Zinc Finger-DNA interaction"Zinc Finger Proteins: from Atomic Contact to Cellular Function (edited by Iuchi, S. Kuldell, N.) Landes Bioscience. (in press).

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hoseki, J., Okamoto, A., Takada, N., Suenaga, A., Funatsugi, N., Konagaya, A., Taiji, M., Yano, T., Kuramitsu, S., Kagamiyama, H.: "Increased Rigidity of Domain Structures Enhances the Stability of A Mutant Enzyme Created by Directed Evolution"Biochemistry. 41. 14469-14475 (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Iwai.T., Kuramitsu, S., Masui, R: "The Nudix hydrolase Ndxl from Thermus thermophilus HB8 Is A Diadenosine Hexaphosphate Hydrolase with A Novel Activity"J.Biol.Chem.. 279. 1011-1033 (2004)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshiba.S., Ooga.T., Nakagawa, N., Shibata.T., Inoue.Y., Yokoyama, S., Kuramitsu, S., Masui.R.: "Structural Insights into The Thermus thermophilus ADP-Ribose Pyrophosphates Mechanism via Crystal Strictures with The Bound Substrate and Metal"J.Biol.Chem.. (in press). (2004)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hoseki, J.: "Increased Rigidity of Domain Structures Enhances the Stability of a Mutant Enzyme Created by Directed Evolution"Biochemistry. 42. 14469-14475 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Iwai, T.: "The Nudix Hydrolase Ndx1 from Thermus thermophilus HB8 Is a Diadenosine Hexaphosphate Hydrolase with a Novel Activity"J.Biol.Chem.. in press. (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] 倉光成紀: "ここまでできるPCR 最新活用マニュアル"羊土社. 8 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Masui, R.: "Zinc Finger Proteins : from Atomic Contact to Cellular Function (edited by Iuchi, S. and Kuldell.N.)"Landes Bioscience(印刷中). (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Tadashi Nakai: "Coexpression, purification, crystallization and preliminary X-ray characterrzation of glycine decarboxylase (P-protein) of the glycine-cleavage system from Thermus thermophilus HB8"Acta Cryst.. D59. 554-557 (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] S.Kuramitsu: "STRUCTURES AND FUNCTIONS OF HYPOTHETICAL PROTEINS FROM THERMUS THERMOPHILUS HB8"Acta Cryst.. A58. C195 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] N.Nakagawa: "STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSES OF β-DOMEINS OF Uvr B AND TRCF"Acta Cryst.. A58. C293 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] T.Wada: "STRUCTURE DETERMINA OF NOVEL PROTEIN OF UNKNOWN FUNCTION SYNTHESIZED USNG A CELL-FREE SYSTEM"Acta Cryst.. A58. C302 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 倉光成紀: "構造プロテオミクスは何をめざすのか?"蛋白質 核酸 酵素. 47・8. 865-881 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 倉光成紀: "バクテリア蛋白質の網羅的発現"蛋白質 核酸 酵素. 47・8. 1009-1013 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Hashimoto, Y.: "Distruption of Thermus thermophilus Genes by Homologous Recombination Using A Thermostable Kanamycin-Resistant Marker"FEBS Lett.. 506(3). 231-234 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Yamagata, A.: "Overexpression, Purification, and Characterization of Rec.J Protein from Thermus thermophilus HB8 and Its Core Domain"Nucleic Acids Res.. 29(22). 4617-4624 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 増井良治: "酸化傷害DNAの修復機構"蛋白質核酸酵素. 46(11). 1618-1624 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書

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公開日: 2001-04-01   更新日: 2016-04-21  

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