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DNA逆位反応を利用した不揮発性メモリー素子によるバイオセンサーの開発

研究課題

研究課題/領域番号 13554033
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分展開研究
研究分野 遺伝
研究機関岡山大学

研究代表者

沓掛 和弘  岡山大学, 理学部, 教授 (90143362)

研究分担者 原山 重明  (株)海洋バイオテクノロジー研究所, 釜石研究所, 所長
大西 浩平  高知大学, 遺伝子実験施設, 助教授 (50211800)
冨永 晃  岡山大学, 理学部, 助手 (60155570)
研究期間 (年度) 2001 – 2003
研究課題ステータス 完了 (2003年度)
配分額 *注記
13,900千円 (直接経費: 13,900千円)
2003年度: 2,800千円 (直接経費: 2,800千円)
2002年度: 2,200千円 (直接経費: 2,200千円)
2001年度: 8,900千円 (直接経費: 8,900千円)
キーワード逆位DNA / メモリー素子 / バイオセンサー / 鞭毛相変異 / Hセグメント / 複相型大腸菌 / レポーター遺伝子 / 欠陥プロファージ / 転写スイッチ / アラビノースセンサー
研究概要

1.不揮発性メモリー素子の設計
本研究で開発するバイオセンサーは,3つの要素からなる。第1の要素は特定物質の検出素子でありこれには転写調節蛋白質を用いる。第2の要素は検出情報を蓄える記憶素子であり,これにはDNAの逆位反応を利用する。第3の要素は,不揮発性メモリーの状態によって発現の有無が決定されるレポーター遺伝子である。第1の要素(検出素子)が特定の物質との結合した場合,これによって第2の要素(逆位DNA)の逆位反応を触媒する酵素(DNA逆位酵素)の遺伝子が発現されるようになるシステムを作成する。
2.モデル実験系の確立
モデルセンサーとして,鞭毛相変異を利用したシステムを構築した。大腸菌株EKK15はfliC遺伝子に欠損をもち,染色体上の別の座位にサルモネラのfljB遺伝子をもつ。この株はDNA逆位酵素の遺伝子を完全に欠き,fljBプロモーターを含むHセグメントはfljB非発現の向きに固定されている。したがって,本菌株は遊走性を示さない。この株内でDNA逆位酵素を発現させれば,Hセグメントの逆位にともなって,遊走性のある細菌が産生されることになる。発現ベクターを用いて,DNA逆位酵素の遺伝子がIPTGまたはアラビノースによって誘導されるシステムを構築した。
このラクトースセンサーとアラビノースセンサーについて,感度や物質濃度とアウトプットの直線関係を検討した。その結果,いずれの場合も検出感度が非常に高く,そのためにバックグラウンドのレベルがすでにかなり高いことが判明した。
3.新たな逆位DNAシステムの検索
バックグラウンドの問題を解決するために,人為的な制御が容易な逆位DNAシステムを検索した。有効な解決策は見いだせなかったが,その過程で,欠陥プロファージに由来する大腸菌の欠陥型逆位DNAやサルモネラの第2のDNA逆位酵素などの発見がもたらされた。

報告書

(4件)
  • 2003 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2002 実績報告書
  • 2001 実績報告書
  • 研究成果

    (38件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (38件)

  • [文献書誌] Tomoyasu, T.: "The ClpXP ATP-dependent protease regulates flagellum synthesis in Salmonella enterica serovar Typhi murium"Journal of Bacteriology. 184. 645-663 (2002)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Furukawa, Y.: "Interactions between bacterial flagellar axial proteins in their monomeric state in solution"Journal of Molecular Biology. 318. 889-900 (2002)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Teramoto, M.: "An AraC/XylS family member at a high level in a hierarchy of regulators for phenol-metabolizing enzymes in Comamonas testosteroni R5"Journal of Bacteriology. 184. 3941-3946 (2002)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kanda, A.: "Ectopic expression of Ralstonia solan acearum effector protein PopA early in invasion results in loss of virulence"Molecular Plant-Microbe Interactions. 16. 447-455 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kiba, A.: "Induction of resistance and expression of defense-related genes in tabacco leaves infiltrated with Ralstonia solan acearum"Plant and Cell Physiology. 44. 287-295 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tominaga, T.: "Characterization of six flagellin genes in the H3,H53 and H54 standard strains of Escherichia coli"Genes & Genetic Systems. 79(in press). (2004)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tomoyasu, T.: "The ClpXP ATP-dependent protease regulates flagellum synthesis in Salmonella enterica serovar Typhimurium"Journal of Bacteriology. 184. 645-663 (2002)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Furukawa, Y.: "Interactions between bacterial flagellar axial proteins in their monomeric state in solution"Journal of Molecular Biology. 318. 889-900 (2002)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Teramoto, M.: "An AraC/XylS family member at a high level in a hierarchy of regulators for phenol-metabolizing enzymes in Comamonas testosterone R5"Journal of Bacteriology. 184. 3941-3946 (2002)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kanda, A.: "Ectopic expression of Ralstonia solanacearum effector protein PopA early in invasion results in loss of virulence"Molecular Plant-Microbe Interactions. 16. 447-455 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kiba, A.: "Induction of resistance and expression of defense-related genes in tabacco leaves infiltrated with Ralstonia solanacearum"Plant and Cell Physiology. 44. 287-295 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Okuda, A.: "Intersubunit interaction and catalytic activity of catechol 2,3-dioxygenases"Biochemieal Journal. 371. 557-564 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kasai, Y.: "Molecular characterization and substrate preference of a polycyclic aromatic hydrocarbon dioxygenase from Cycloclasticus sp. strain A5"Applied and Environmental Microbiology. 69. 6688-6697 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hara, A.: "Alcanivorax which prevails in oil-contaminated seawater exhibits broad substrate specificity for alkane degradation"Environmental Microbiology. 5. 746-753 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ide, T.: "Identification by the phage-display technique of peptides that bind to H7 flagellin of Escherichia coli"Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry. 67. 1335-1341 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Baik, S.H.: "Significantly enhanced stability of glucose dehydrogenase by directed evolution."Applied and Environmental Microbiology. 69. 329-335 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tanaka, J.: "Activity and population structure of nitrifying bacteria in an activated-sludge reactor containing polymer beads"Environmental Microbiology. 5. 278-286 (2003)

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    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Peng, X.: "Isolation and characterization of thermophilic bacilli degrading cinnamic, 4-coumaric, and ferulic acids"Applied and Environmental Microbiology. 69. 1417-1427 (2003)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tominaga, T.: "Characterization of six flagellin genes in the H3, H53 and H54 standard strains of Escherichia coli"Genes & Genetic Systems. 79(in press). 79 (2004)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Matsuo, Y.: "Isolation and phylogenetic characterization of bacteria capable of inducing differentiation in the green alga Monostroma oxyspermum"Environmental Microbiology. 5. 25-35 (2003)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tominaga, T.: "Characterization of six flagellin genes in the H3, H53 and H54 standard strains of Escherichia coli"Genes & Genetic Systems. 79(in press). (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Matsuo, T.: "Isolation and phylogenetic characterization of bacteria capable of inducing Differentiation in the green alga Monostroma oxyspermum"Environmental Microbiology. 5. 25-35 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Peng, X.: "Isolation and characterization of thermophilic bacilli degrading ciiamic,4-coumaric, and ferulic acids"Applied and Environmental Microbiology. 69. 1417-1427 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Okuta, A.: "Intersubunit interaction and catalytic activity of catechol 2,3-dioxygenases"Biochemical Journal. 371. 557-564 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Kiba, A.: "Induction of resistance and expression of defense-related genes in tabacco leaves infiltrated with Ralstonia so lanacearum"Plant and Cell Physiology. 44. 287-295 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Kanda, A.: "Ectopic expression of Ralstonia so lanacearum effector protein PopA early in invasion results in loss of virulence"Molecular Plant-Microbe Interactions. 16. 447-455 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Tomoyasu, T.: "The ClpXP ATP-dependent protease regulates flagellum synthesis in Salmonella enterica serovar Typhimurium"Journal of Bacteriology. 184. 645-663 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Furukawa, Y.: "Interactions between bacterial flagellar axial proteins in their monomeric state in solution"Journal of Molecular Biology. 318. 889-900 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Kaneda, Y.: "Purification, molecular cloning, and characterization of pyridoxine 4-oxidase from Microbacterium luteolum"Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry. 66. 1022-1031 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Teramoto, M.: "An AraC/XylS family member at a high level in a hierarchy of regulators for phenol-metabolizing enzymes in Comamonas testosteroni R5"Journal of Bacteriology. 184. 3941-3946 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Umemura, T.: "Sensing of cytoplasmic pH by bacterial chemoreceptors involves the linker region that connects the membrane-spanning and the signal-modulating helices"Journal of Biological Chemistry. 277. 1593-1598 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Okuta, A.: "Intersubunit interaction and catalytic activity of catechol 2,3-dioxygenases"Biochemical Journal. (印刷中). (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Tomoyasu, T.: "The ClpXP ATP-dependent protease regulates flagellum synthesis in Salmonella enterica serovar Typhimurium"Journal of Bacteriology. 184. 645-653 (2002)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Uemura, T.: "Sensing of cytoplasmic pH by bacterial chemoreceptors involves the linker region that connects the membrane-spanning and the signal-modulating helices"Journal of Biological Chemistry. 277. 1593-1598 (2002)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Kikuchi, M.: "DNA shuffling and family shuffling for in vitro gene evolution"Methods in Molecular Biology. 182. 243-257 (2002)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Tominaga, A.: "characterization of cryptic flagellin genes in Shigellaboydii and Shigella dy senteriae"Genes & Genetic Systems. 76. 111-120 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Kasai, Y.: "The TOL plasmid pWWO xylN gene product from Pseudomonas putida is involved in m-xylene uptake"Journal of Bacteriology. 183. 6663-6666 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Futamata, H.: "Group-specific monitoring of phenol hydroxylase genes for a functional assessment of phenol-stimulated trichloroethylene bioremediation"Applied and Environmental Microbiology. 67. 4671-4677 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書

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公開日: 2001-04-01   更新日: 2016-04-21  

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