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個体をベースとした生物多様性のためのデータベースシステムの開発および構築と運用

研究課題

研究課題/領域番号 13554034
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分展開研究
研究分野 生態
研究機関東北大学

研究代表者

河田 雅圭  東北大学, 大学院・生命科学研究科, 教授 (90204734)

研究分担者 粕谷 英一  九州大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (00161050)
早瀬 敏幸  東北大学, 流体科学研究所, 教授 (30135313)
横山 潤  東北大学, 大学院・生命科学研究科, 助手 (80272011)
平山 義治  白山工業株式会社, データマーク事業部, 主任研究員
三中 信宏  独立行政法人農業環境技術研究所, 地球環境部, 主任研究官
平山 善治  白山工業株式会社, データマーク事業部, 主任研究員
研究期間 (年度) 2001 – 2003
研究課題ステータス 完了 (2003年度)
配分額 *注記
14,200千円 (直接経費: 14,200千円)
2003年度: 2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
2002年度: 4,100千円 (直接経費: 4,100千円)
2001年度: 7,800千円 (直接経費: 7,800千円)
キーワード生物多様性 / データベース / NoCode / 個体ベース
研究概要

我々は、生物多様性を登録するための新たなシステム,NoCodeを提唱し、それに基づき、データベースシステムを構築している、データベースシステムの改良、および新たな機能の追加を行い、Nocode Database ver 0.2を構築し、試用運行の段階まで到達した。
これまでの多様性データベースは種をベースとして登録、記録が行われるために、生態学進化生物学、保全生物学的な解析には適していない。そこで、本データベースは属性を原初概念とする計算法による個体データベースを実現したものである。本システムは、発展リレーショナルモデルをもとに設計開発を行った。本データベースの特徴は、登録は個体単位で行われ、個体の特性をレコードとして随時追加、登録できる。また、個体を登録するにあたり、登録すべき特性を検索、また追加などが可能である。昨年度からシステムの改良を行い、現在、ログイン、ユーザー管理機能、メニュー、フォーム管理、フォームの編集、フォームを用いた新規個体データの追加、フォームを用いた個体データの検索、個体データの編集を行えるように開発した。
また、本システムの試用運行のために、陸産巻き貝とマルハナバチをモデルにデータベースの試用入力を行った。
このシステムによって、生物の登録を個体ベースで柔軟に行うことが可能になり、個体の特性による検索などが可能になり分類名にこだわらない検索をすることができる。また、位置データをGISなどと連動させることにより、生物保全に役立てることができると期待できる.

報告書

(4件)
  • 2003 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2002 実績報告書
  • 2001 実績報告書
  • 研究成果

    (27件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (27件)

  • [文献書誌] Teshima, H., D.Angus, Y.Kuwahara, J.Yokoyama, S.Chiba, T.Fukuda, H.Ogimura, M.Kawata: "The evolution of extreme shell shape variation in the land snail Ainohelix editha : a phylogeny and hybrid zone analysis"Molecular Ecology. 12. 1869-1878 (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nakamaru, M., M.Kawata: "Evolution of Rumor that discriminate lying defectors"Evolutionary Ecology Research. 6. 261-283 (2004)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Minaka, N., H.Yamamoto, T.Asano, T.Suemura, K.Machii: "A more efficient heuristic algorithm for the large phylogenetic Steiner problem."Cladistics. 19. 151 (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kasuya E: "Angular transformation - another effect of different sample sizes"Ecological Research. (In press). (2004)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tsukaya, H., Fukuda, T., Yokoyama: "Hybridization and introgression between Callicarpa japonica and C.mollis (Verbenaceae) in central Japan, as inferred from nuclearand chloroplast DNA sequences"Molecular Ecology. 12. 3003-3011 (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Teshima, H., D.Angus, Y.Kuwahara, J.Yokoyama, S.Chiba, T.Fukuda, H.Ogimura, M.Kawata: "The evolution of extreme shell shape variation in the land snail Ainohelix editha : a phylogeny and hybrid zone analysis"Molecular Ecology. 12. 1869-1878 (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nakamaru, M, M.Kawata: "Evolution of Rumor that discriminate lying defectors"Evolutionary Ecology Research. 6. 261-283 (2004)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Minaka, N., H.Yamamoto, T.Asano, T.Suemura, K.Machii: "A more efficient heuristic algorithm for the large phylogenetic Steiner problem."Cladistics 2003. 19. 151

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kasuya E: "Angular transformation -another effect of different sample sizes"Ecological Research. (In press). (2004)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tsukaya, H., Fukuda, T., Yokoyama: "Hybridization and introgression between Callicarpa japonica and C.mollis (Verbenaceae) in central Japan, as inferred from nuclear and chloroplast DNA sequences"Molecular Ecology. 12. 3003-3011 (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Teshima, H., D.Angus, Y.Kuwahara, J.Yokoyama, S.Chiba, T.Fukuda, H.Ogimura, M.Kawata: "The evolution of extreme shell shape variation in the land snail Ainohelix editha : a phylogeny and hybrid zone analysis"Molecular Ecology. 12. 1869-1878 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Nakamaru, M, M.Kawata: "Evolution of Rumor that discriminate lying defectors"Evolutionary Ecology Reseach. 6. 261-283 (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Minaka, N., H.Yamamoto, T.Asano, T.Suemura, K.Machii: "A more efficient heuristic algorithm for the large phylogenetic Steiner problem"Cladistics. 19. 151 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Kasuya E: "Angular transformation-another effect of different sample sizes"Ecological Research. (In press).

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Tsukaya, H., Fukuda, T., Yokoyama: "Hybridization and introgression between Callicarpa japonica and C.mollis (Verbenaceae) in central Japan, as inferred from nuclearand chloroplast DNA sequences"Moleclar Ecology. 12. 3003-3011 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Hayashi, I.T., Kawata, M.: "How genes causing unfit hybrid evolve within population? : A review for models of postzygotic isolation"Population Ecology. 43. 179-188 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Echenique, L.M., J.Yokoyama, M.Kawata, S.Abe, Y.Ishibashi: "Isolation and characterization of microsatellite loci in the Bang is leaf-nosed bat Hipposideros turpis"Molecular Ecology Notes. 2. 396-401 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Minaka, N: "Quantitative comparison of parsimoniously reconstructed ancestral character-states in a cladogram"Cladistics. 18. 227 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Kinoshita, M., Kasuya E, Yahara T: "Effects of time-dependent competition for oviposition sites on clutch sizesand offspring sex ratios in a fig wasp"Oikos. 96. 31-35 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Yokoyama, J., Fukuda, T., Yokoyama, A., Maki, M: "The intersectional hybrid between Weigela hortensis and W. maximowiczii (Caprifoliaceae)"Botanical Journal of the Linnean Society. 138. 369-380 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Yukawa, T., Miyoshi, K., Yokoyama, J.: "Phylogenetic relationships among species in the genera Chisocheton and Guarea, which have unique indeterminate leaves, as inferred from sequences of chloroplast DNA"Bulletin of the National Science Museum, Series B(Botany). 28. 129-139 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Kawata, M.: "Invasion of vacant niches and subsequent sympatric speciation"Proceedings of the Royal Socity of London B. 269. 55-63 (2002)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Hayashi, I.T., Kawata, M.: "Evolution of postmating isolation : comparison of three models based on possible genetic mechanisms"Population Ecology. 43. 179-188 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Kasuya, E.: "Mann-Whitney U test when variances are unequal"Animal Behaviour. 61. 1247-1249 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Tsuji, K., Kasuya, E.: "What do indices of reproductive skew measure?"American Naturalist. 158. 155-165 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Kjellberg, F., Jousselin, E., Bronstein, JL., Patel, A., Yokoyama, J., Rasplus, J.-Y.: "Pollination mode in fig wasps : the predictive power of correlated traits."Proceedings of the Royal Society of London, Series B, Biological Sciences. 268. 1113-1121 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Fujiwara, S., M.Kawachi, N.Minaka, I.Inouye, M.Tsuzuki: "Molecularphylogeny of the Prymnesiophyta based on the rbcL gene and sequencevariation in the spacer region of the RuBisCO operon"Journal of Phycology. 37. 121-129 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書

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公開日: 2001-04-01   更新日: 2016-04-21  

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