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皮膚組織で発現する遺伝子の比較からみたヒトとチンパンジーの違いの研究

研究課題

研究課題/領域番号 13554035
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分展開研究
研究分野 人類学(含生理人類学)
研究機関東京大学

研究代表者

平井 百樹  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (60156635)

研究分担者 数藤 由美子 (数籐 由美子)  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助手 (70313202)
研究期間 (年度) 2001 – 2003
研究課題ステータス 完了 (2003年度)
配分額 *注記
6,600千円 (直接経費: 6,600千円)
2003年度: 3,400千円 (直接経費: 3,400千円)
2002年度: 3,200千円 (直接経費: 3,200千円)
キーワードチンパンジー / 完全長cDNA / 塩基配列 / 皮膚 / 種差 / cDNA / SNP / 種特異性
研究概要

現在、チンパンジーについてはゲノム配列のシークエンシングが国際プロジェクトとして進行している。しかし、転写・発現している配列についての情報はほとんどない。本研究では、包括的にチンパンジーの遺伝子配列を解析する目的のもと、2頭のチンパンジー(Pan troglodytes venus)の皮膚と脳の組織を試料として、mRNAのコピーであるcDNAをクローン化し、ライブラリーとして大量に保存した。ヒトと相同な1,652遺伝子のうち、皮膚由来が937遺伝子、脳由来が928遺伝子得られたが、重複しているのは233遺伝子のみであり、組織特異的な発現傾向を示している可能性が大きい。皮膚からはvimentin、decorin、keratin関連遺伝子などが組織特異的に多く得られた。ひとつの遺伝子につき3つ以上のクローンの配列が得られている場合に、コンセンサス配列(共通配列)を作製して配列比較をおこなった。脳由来を含め全1,652遺伝子から226遺伝子のコンセンサス配列を得ることができた。対応するヒトの遺伝子配列と比較して、5'-cDNA全体、5'端の非翻訳領域(UTR)、コード領域(CDS)、コード領域を翻訳したアミノ酸配列について一致度(identity)を計算した。その結果、全体で99.3%、5'-UTRで98.79%、CDSで99.42%、アミノ酸配列では99.44%、という値が得られた。配列の比核解析の過程で塩基・アミノ酸単位のギャップや、数十塩基にわたって種間で大きく異なる配列があることが確認されている。これらは遺伝子配列の種差だけでなく、オルターナティブ・スプライシングや一塩基多型(SNP)などをも含んでいると考えられる。今後、種間で遺伝子配列より詳細な比較解析をおこなうには、遺伝子ごとに配列のダイナミズムに考慮して解析していく方法論を検討する必要があるだろう。

報告書

(4件)
  • 2003 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2002 実績報告書
  • 2001 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2004 2003 2002 その他

すべて 雑誌論文 (12件) 文献書誌 (9件)

  • [雑誌論文] Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones.2004

    • 著者名/発表者名
      Imanishi, T. et al.
    • 雑誌名

      PloS Biology 2

      ページ: 856-875

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] ヒトとチンパンジー : 遺伝子構成の異同を探る2003

    • 著者名/発表者名
      坂手龍一, 数藤由美子, 平井百樹
    • 雑誌名

      バイオサイエンスとインダストリー 12

      ページ: 11-16

    • NAID

      10011870913

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Gene arrangement at the Rhesus blood group locus of chimpanzees detected by fiber-FISH.2003

    • 著者名/発表者名
      Suto, Y. et al.
    • 雑誌名

      Cytogenet. Genome Res. 13

      ページ: 1022-1026

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Multicolor karyotyping of six Old World monkey species.2003

    • 著者名/発表者名
      Y.Suto, T.Ishida, M.Hirai
    • 雑誌名

      CYTOLOGIA 68

      ページ: 431-436

    • NAID

      10012477076

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Gene arrangement at the Rhesus blood group locus of chimpanzees detected by fiber-FISH.2003

    • 著者名/発表者名
      Y.Suto, Y.Ishikawa, H.Hyodo, T.Ishida, F.Kasai, T.Tanoue, I.Hayasaka, M.Uchikawa, T.Juji, M.Hirai
    • 雑誌名

      Cytogenet. Genome Res. 13

      ページ: 1022-1026

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Analysis of 5'-end sequences of chimpanzee cDNAs.2003

    • 著者名/発表者名
      R.Sakate, N.Osada, M.Hida, S.Sugano, I.Hayasaka, N.Shimohira, S.Yanagi, Y.Suto, K.Hashimoto, M.Hirai
    • 雑誌名

      Genome Research 13

      ページ: 1022-1026

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Analysis of 5'-end sequences of chimpanzee cDNAs.2002

    • 著者名/発表者名
      Sakate, R. et al.
    • 雑誌名

      Genome Research 13

      ページ: 1022-1026

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Cynomolgus monkey testicular cDNAs for discovery of novel human genes in the human genome sequence.2002

    • 著者名/発表者名
      Osada, N. et al.
    • 雑誌名

      BMC Genomics 3

      ページ: 36-40

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Cynomolgus monkey testicular cDNAs for discovery of novel human genes in the human genome sequence.2002

    • 著者名/発表者名
      N.Osada, M.Hida, J.Kusuda, R.Yanuma, M.Hirata, Y.Suto, M.Hirai, K.Terao, S.Sugano, K.Hashimoto
    • 雑誌名

      BMC Genomics 3

      ページ: 36-36

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Y-chromosomal red-green opsin genes of nocturnal New World monkey.2002

    • 著者名/発表者名
      S.Kawamura, N.Takenaka, C.Hiramatsu, M.Hirai, O.Takenaka
    • 雑誌名

      FEBS Letter 530

      ページ: 70-72

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] MafA is glucose-regulated and pancreatic beta-cell-specific transcriptional activator for the insulin gene2002

    • 著者名/発表者名
      K.Kataoka, S.Han, S.Shioda, M.Hirai, M.Nishizawa, H.Handa
    • 雑誌名

      J. Biological Chemistry 277

      ページ: 49903-49910

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Search for genes positively selected during primate evolution by 5'-end screening of cynomolgus monkey cDNAs2002

    • 著者名/発表者名
      N.Osada, J.Kusuda, M.Hirata, R.Tanuma, M.Hida, S.Sugano, M.Hirai, K.Hashimoto
    • 雑誌名

      Genomics 79

      ページ: 657-662

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sakate, R.: "Analysis of 5' -end sequences of chimpanzee cDNAs"Genome Research. 13・5. 1022-1026 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Suto, Y.: "Gene arrangement at the Rhesus blood group locus of chimpanzees detected by fiber-FISH"Cytogenet.Genome Research. 101・1. 161-165 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] 坂手龍一: "ヒトとチンパンジー:遺伝子構成の異同を探る"バイオインダストリーとサイエンス. 61・12. 11-16 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Osada, N.: "Search for genes positively selected during primate evolution by 5'-end-sequence screening of cynomolgus monkey cDNAs"Genomics. 79・5. 657-662 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Osada, N.: "Cynomolgus monkey testicular cDNAs for discovery of novel human genes in the human genome sequence"BMC Genomics. 3・1. 36 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 平井 百樹: "ヒトゲノムの染色体上の局在解析"Clinical Neuroscience. 31・3. 246-247 (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] N.Osada: "Assignment of 118 novel cDNAs of cynomolgus monkey brain to human chromosomes"Gene. 275. 31-37 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] S.Kawamura: "Genomic and spectral analyses of long to middle wavelength-sensitive visual pigments of common marmoset (Callithrix jacchus)"Gene. 269. 45-51 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] A.Fujiyama: "Construction and analysis of a human-chimpanzee comparative clone map"Science. 295. 131-134 (2002)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書

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公開日: 2002-04-01   更新日: 2016-04-21  

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