| 研究課題/領域番号 |
13556028
|
|---|
| 研究種目 |
基盤研究(B)
|
| 配分区分 | 補助金 |
|---|
| 応募区分 | 展開研究 |
|---|
| 研究分野 |
水産学一般
|
|---|
| 研究機関 | 東京大学 |
|---|
研究代表者 |
西田 睦 東京大学, 海洋研究所, 教授 (90136896)
|
|---|
| 研究分担者 |
宮 正樹 千葉県立中央博物館, 動物学研究科, 上席研究員 (30250137)
松浦 啓一 国立科学博物館, 動物研究部, 室長(研究職) (70141984)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2001 – 2003
|
| 研究課題ステータス |
完了 (2003年度)
|
| 配分額 *注記 |
11,400千円 (直接経費: 11,400千円)
2003年度: 2,800千円 (直接経費: 2,800千円)
2002年度: 3,300千円 (直接経費: 3,300千円)
2001年度: 5,300千円 (直接経費: 5,300千円)
|
|---|
| キーワード | 魚類 / ミトコンドリアゲノム / データベース / オンライン検索 / 生物多様性 / DNA標識 / 種識別 / 系統解析 / mtDNA / 塩基配列 |
|---|
| 研究概要 |
水域の生物多様性や生物資源の適切な保全・管理方策策定の必要に応えるためには、遺伝的多様性の把握、種内集団の峻別、卵や稚仔魚を含むあらゆる試料の種の正確な識別など、精緻な遺伝的情報に基づいた知見が不可欠である。しかし、自然資源や野外の生物多様性に関するそうした情報の集積とそれを知るためのオンライン・データベースはまだ乏しいのが現状である。
そこで本研究では、有用な遺伝的情報源であるミトコンドリアDNAに着目し、「魚類のミトコンドリアゲノム・データベース」を構築することを目指した。その結果、多数の魚類から大量のオリジナルデータを得てさまざまな新しい学術的知見を得ることができた。そして、魚類のミトコンドリアゲノムに関する英語版オンライン・データベース「MitoFish」を作成し、世界に公開した(http://mitofish.ori.u-tokyo.ac.jp/)。
本データベースの主な機能は第一に、国際的DNAデータベース(DDBJ/GenBank/EMBL)に登録されている魚類ミトコンドリアゲノム完全長データのすべてが容易に一覧、検索できることである。これによって、関心のある魚類やその近縁種について、ミトコンドリアゲノム全長情報があるかどうかをすぐに知ることができる。第二に、この完全長データを対象に、手元の部分塩基配列データの相同性検索(BLASTサーチ)ができることである。これによって、手元の試料に近縁な魚類は何かを知ることができる。第三に、関係の深い文献情報、標本情報あるいは生物情報なども容易に入手できるよう、関連データベースとインターネットを通じて相互に連携していることである。魚類に関するこのようなデータベースは類例がなく、今後のDNAデータの充実に合わせて改訂を続けていくことにより、本データベースはますます有用なものに成長すると思われる。
|
