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酵母アッセイによる遺伝子型決定に基づく神経膠腫専用個性診断DNAアレイの開発

研究課題

研究課題/領域番号 13557111
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分展開研究
研究分野 脳神経外科学
研究機関北海道大学

研究代表者

多田 光宏  北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 助教授 (10241316)

研究分担者 濱田 淳一  北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 助教授 (50192703)
守内 哲也  北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 教授 (20174394)
研究期間 (年度) 2001 – 2002
研究課題ステータス 完了 (2002年度)
配分額 *注記
13,600千円 (直接経費: 13,600千円)
2002年度: 4,100千円 (直接経費: 4,100千円)
2001年度: 9,500千円 (直接経費: 9,500千円)
キーワードglioblastoma / cDNA array / transcriptome / p53 mutation / feature subset selection / pattern classification / neural network / glioma / cDNA aray / yeast assay / transcriptional factor / nution / genetic disease
研究概要

神経膠腫の個性診断のための低コストアレイを作製し,個々の遺伝子診断に代替する診断方法を確立することを目標とする.この研究により以下のような成果を得た.
1)任意の遺伝子のストップコドン型変異の有無について迅速な遺伝子診断が可能な酵母Universal Stop Codon Assayを開発、それの誌上発表を行った(Am J Pathol).
2)1300遺伝子を厳選し、それをナイロンフィルター上に高密度スポットした、独自のアレイを開発、119種の癌細胞株のRNAサンプルにてそのアレイによる遺伝子発現プロフィールを検討し、良好な成績を得た。
3)U251MG, SF268,SF295,SF539,SNB-75,SNB-78の6種の神経膠腫細胞株において、p53,APC, PTEN遺伝子変異の有無を検討するとともに、上記DNAアレイにて遺伝子発現プロフィールを解析し、発現が他の癌細胞株と比べ、特異な上昇または下降を示す遺伝子85種を抽出した。
4)脳腫瘍を中心とする各種癌においてp53変異の化学療法感受性、放射線感受性におよぼす影響を検討、さらにdominant negative変異の意義を検討し誌上発表を行った。
これらの結果から、設計作成されたDNAアレイは本研究計画遂行上、申し分ない特性を備えていることが明らかになった。
5)脳腫瘍の個性診断にはp53,PTEN遺伝子変異の検討に加え,上記アレイを用いた解析結果を特徴選択アルゴリズムおよびニューラルネットワークによりパターン識別することで識別率の高い判定が得られることが判明した.現在,臨床サンプルによる試験を実施中である.

報告書

(3件)
  • 2002 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2001 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (28件)

  • [文献書誌] Tada M: "Inactivate the remaining p53 allele or the alternate p73?-Preferential selection of the Arg72 polymorphism in cancers with recessive p53 mutants but not transdominant mutants"Carcinogenesis. 22. 515-517 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tsuiki H: "Mechanism of hyperploid cell formation induced by microtubule inhibiting drug in glioma cell lines"Oncogene. 20. 420-429 (2001)

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      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ikeda J: "Restoration of endogenous wild type p53 activity in a glioblastoma cell line with intrinsic temperature-sensitive p53 induces growth arrest but not apoptosis"Int J Cancer. 94. 35-43 (2001)

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      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kataoka A: "Development of a yeast stop codon assay readily and generally applicable to human genes"Am J Pathol. 159. 1239-1245 (2001)

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      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Matsumoto J: "Differential Mechanisms of Constitutive Akt/PKB Activation and Its Influence on Gene Expression in pancreatic Cancer Cells"Jpn J Cancer Res. 93. 1317-1326 (2002)

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      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Miyazaki, Y: "HOXD3 enhances motility and invasiveness through the TGF-beta-dependent and independent pathways in A549 cells"Oncogene. 21. 798-808 (2002)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 多田光宏: "脳神経外科医に必要な分子生物学"三輪書店,東京(分担). 86-99 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tada M: "Inactivate the remaining p53 allele or the alternate p73? -- Preferential selection of the Arg72 polymorphism in cancers with recessive p53 mutants but not transdominant mutants"Carcinogenesis. 22. 515-517 (2001)

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      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tsuiki H: "Mechanism of hyperploid cell formation induced by microtubule inhibiting drug in glioma cell lines"Oncogene. 20. 420-429 (2001)

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      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ikeda J: "Restoration of endogenous wild type p53 activity in a glioblastoma cell line with intrinsic temperature-sensitive p53 induces growth arrest but not apoptosis"Int J Cancer. 94. 35-43 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kataoka A: "Development of a yeast stop codon assay readily and generally applicable to human genes"Am J Pathol. 159. 1239-1245 (2001)

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      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Matsumoto J: "Differential Mechanisms of Constitutive Akt/PKB Activation and Its Influence on Gene Expression in Pancreatic Cancer Cells"Jpn J Cancer Res. 93. 1317-1326 (2002)

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      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Miyazaki, Y: "HOXD3 enhances motility and invasiveness through the TGF-beta-dependent and independent pathways in A549 cells"Oncogene. 21. 798-808 (2002)

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      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tada, M.: "Molecular Biology for Neurosurgeons"Mitsuwa-Shoten. 96-99 (2001)

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      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tada M: "Inactivate the remaining p53 allele or the alternate p73? Preferential selection of he Arg72 polymorphism in cancers with recessive p53 mutants but not transdominant mutants"Carcinogenesis. 22. 515-517 (2001)

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      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Tsuiki H: "Mechanism of hyperploid cell formation induced by microtubule inhibiting drug in glioma cell lines"Oncogene. 20. 420-429 (2002)

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      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Ikeda J: "Restoration of endogenous wild type p53 activity in a glioblastorna cell line with intrinsic temperature-sensitive p53 induces growth arrest but not apoptosis"Int J Cancer. 94. 35-43 (2001)

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      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Kataoka A: "Development of a yeast stop codon assay readily and generally applicable to human genes"Am J Pathol. 159. 1239-1245 (2001)

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      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Matsumoto J: "Differential Mechanisms of Constitutive Akt/PKB Activation and Its Influence on Gene Expression in Pancreatic Cancer Cells"Jpn J Cancer Res. 93. 1317-1326 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Miyazaki: "HOXD3 enhances motility and invasiveness through the TGF-beta-dependent and independent Pathways in A549 cells"Oncogene. 21. 798-808 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 多田光宏: "脳神経外科医に必要な分子生物学"三輪書店,東京. 86-99 (2001)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Tada M.: "Inactivale the remaining p53 allele or the altemate p73?-Preferential selection of the Arg72 polymorphism in cancers with recessive p53 mutants but not transdominant mutants"Carcinogenesis. 22. 515-517 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Tsuiki H.: "Mechanism of hyperploid cell formation induced by microtubule inhibiting drug in gliomacell lines"Oncogene. 20. 420-429 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Ikeda J.: "Restoration of endogenous wild type p53 activity in a glioblastoma cell line with intrinsic temperature-sensitive p53 induces growth anest but not apoptosis"Int J Cancer. 94. 35-43 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Kataoka A.: "Development of a yeast stop codon assay readily and generally applicable to human genes"Am J Pathol. 159. 1239-1245 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Hamada J.: "Increased oxidative DNA damage in mammary tumor cells by continuous epidermal"J Natl Cancer Inst. 93. 214-219 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 多田光宏: "Transdominance assay(技術講座)"細胞. 34. 77-81 (2002)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 多田光宏: "脳神経外科医に必要な分子生物学"三輪書店,東京(分担). 86-99 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書

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公開日: 2001-04-01   更新日: 2016-04-21  

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