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東南アジア熱帯樹木種の遺伝学的研究のためのDNAデータベース作成

研究課題

研究課題/領域番号 13575002
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分海外学術
研究分野 遺伝
研究機関九州大学

研究代表者

SZMIDT Alfred  九州大学, 大学院・理学研究院, 助教授 (70325497)

研究分担者 颯田 葉子  総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 助教授 (20222010)
猪股 伸幸  九州大学, 大学院・理学研究院, 助手 (20301335)
山崎 常行  九州大学, 大学院・理学研究院, 名誉教授 (10108649)
研究期間 (年度) 2001 – 2003
研究課題ステータス 完了 (2003年度)
配分額 *注記
11,500千円 (直接経費: 11,500千円)
2003年度: 2,700千円 (直接経費: 2,700千円)
2002年度: 3,300千円 (直接経費: 3,300千円)
2001年度: 5,500千円 (直接経費: 5,500千円)
キーワードDNAデータベース / 熱帯林 / フタバガキ / マングローブ / 遺伝的多様性
研究概要

このプロジェクトの目的は、アジアに分布する生態的・経済的に有用な樹木の自然集団のDNAサンプルに関し、データベースを構築し、インターネット上で公開することである。データベースには分類、採集地、サンプルの状態などが明記してある。インターネットを介した通信販売のように、検索と注文ができるシステムになっている。データベースに登録してあるDNAサンプルは、利益が目的でない科学者であれば規定の信任状を確認の上、誰にでも送料のみで配っている。データベースは私達の研究室で管理している以下のウェブサイトからアクセスできる。
http://genetics.biology.kyushn-u.ac.jp.
アジアには莫大な数の樹種が現存している。そのため全ての樹種について研究することは不可能であるし、また不必要である。そこで私たちは、材木、燃料、繊維、果実として特に生態的・経済的に有用な樹木に焦点を当てている。これまで、このような樹木はアジアのそれぞれの国で同定されてきた。特に私達はBambusa、Calamus、Rhizophora、Dipterocarpus、Shorea、Tectona属の収集に力を注いだ。またサンプルは日本、マレーシア、タイ、中国、インド、スリランカ、ベトナム、セイシェル諸島、マダガスカルから採集されたものである。これまでデータベースにはアジアとマダガスカルからの200種2000個体以上のサンプルが登録されている。最近、スウェーデンとロシアの科学者との協力で、アジアに分布するカラマツ属の全種の唯一のサンプルコレクションを手に入れた。これらのサンプルについて、現在データベースに入力中であり、今年の後半に公開する予定である。
このプロジェクトについて3人の修士課程の学生と2人の学部生が研究した。

報告書

(4件)
  • 2003 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2002 実績報告書
  • 2001 実績報告書
  • 研究成果

    (49件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (49件)

  • [文献書誌] Ribeiro, M.M.: "Variation in chloroplast single-sequence repeats in Portuguese maritime pine (Pinus pinaster Ait.)"Theoretical and Applied Genetics. 102. 97-103 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Szmidt, A.E.: "Effects of RNA editing on the coxI evolution and phylogeny"Euphytica. 118. 9-18 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Parducci L.: "Genetic variation at chloroplast microsatellites (cpSSR) in Abies nebrodensis (Lojac.)"Theoretical and Applied Genetics. 102. 733-740 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Wang, X-R.: "Molecular markers in population genetics of forest trees."Scandinavian Journal of Forest Research. 16. 199-200 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Parani, M.: "Species identification in seven small millet species using PCR-RFLP of tmS-psbC gene region."Genome. 44(3). 495-499 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Parducci L.: "Genetic variation at chloroplast microsatellites (cpSSR) in Abies nebrodensis (Lojac.)"Forest Genetics. 8(2). 119-127 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Lerceteau, E.: "Detection of quantitative trait loci in Pinus sylvestris L across years."Euphytica. 121. 117-122 (2001)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Wang, X-R.: "Genetic composition and diploid hybrid speciation of a high mountain pine, Pinus densata, native to the Tibetan plateau."Genetics. 159. 337-346 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ribeiro, M.: "Comparison of genetic diversity estimates within and among populations of maritime pine using cpSSR and AFLP data."Molecular Ecology. 11. 869-877 (2002)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Szmidt A.E.: "Clonal diversity and genetic structure of Empetrum hermaphroditum Hagerup populations from northern Sweden."Journal of Vegetation Science. 13. 627-634 (2002)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Wang, X-R.: "Island population structure of Norway spruce (Picea abies) in northern Sweden"International Journal of Plant Sciences. 164. 711-717 (2003)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kormutak, A.: "Intraspecific variation in chloroplast DNA psbAI gene region of silver fir (Abies alba Mill.)"Forest Genetics. 10. 19-22 (2003)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ishiyama, H.: "Nucleotide variation in the GapC region of four species of Shorea and its putative hybrids."Tropics. 13(2). 89-99 (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Dayananda, T.G.: "Molecular phylogeny of Sri Lankan Dipterocarpaceae in relation to other Asian Dipterocarpaceae based on plastid DNA sequence data."Tropics. 13(2). 79-81 (2003)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sirikantaramas, S.: "Diversity of ectornycorrhizal fungi associated with Dipterocarpaceae in Malaysia."Tropics. 13(2). 69-77 (2003)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Goto, H: "Nucleotide variation of seven genes in Drosophila kikkawai."Genes and Genetic Systems. 79. 19-26 (2004)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ribeiro, M.M.: "Variation in chloroplast single-sequence repeats in Portuguese maritime pine(Pinus pinaster Ait.)."Theoretical and Applied Genetics. 102. 97-103 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Szmidt, A.E., Lu, M-Z., Wang, X-R.: "Effects of RNA editing on the coxl evolution and phylogeny reconstruction."Euphytica. 118. 9-18 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Parducci L., Szmidt A.E., Madaghiele A., Anzidei M., Vendramin G.G.: "Genetic variation at chloroplast microsatellites(cpSSR) in Abies nebrodensis(Lojac.) Mattei and in three neighboring Abies species."Theoretical and Applied Genetics. 102. 733-740 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Wang, X-R., Szmidt, A.E.: "Molecular markers in population genetics of forest trees."Scandinavian Journal of Forest Research. 16. 199-220 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Parani, M., Rajesh, K., Lakshmi, M., Parducci, L., Szmidt, A.E., Parida, A.: "Species identification in seven small millet species using PCR-RFLP of trnS-psbC gene region."Genome. 44(3). 495-499 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Parducci, L., Szmidt, A.E., Ribeiro, M.M., Drouzas, A.D.: "Taxonomic position and origin of the endemic Sicilian fit Abies nebrodensis(Lojac.) Mattei based on allozyme analysis."Forest Genetics. 8(2). 119-127 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Lerceteau, E., Szmidt, A.E., Andersson, B.: "Detection of quantitative trait loci in Pinus sylvestris L across years."Euphytica. 121. 117-122 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Wang, X-R., Szmidt, A.E., Savolainen, O.: "Genetic composition and diploid hybrid speciation of a high mountain pine, Pinus densata, native to the Tibetan plateau."Genetics. 159. 337-346 (2001)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ribeiro, M.M., Mariette, S., Vendramin, G.G., Szmidt, A.E., Plomion, C., Kremer, A.: "Comparison of genetic diversity estimates within and among populations of maritime pine using CPSSR and AFLP data."Molecular Ecology. 11. 869-877 (2002)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Szmidt A.E., Nilsson, M-C., Briceno, Zackrisson, O., E., Wang, X-R.: "Clonal diversity and genetic structure of Empetrum hermaphroditum Hagerup populations from northern Sweden."Journal of Vegetation Science. 13. 627-634 (2002)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Wang, X-R., Chhatre, V.E., Nilsson, -M-C., Song, W., Zackrisson, O., Szmidt, A.E.: "Island population structure of Norway spruce(Picea abies) in northern Sweden"International Journal of Plant Sciences. 164. 711-717 (2003)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kormutak, A., Vookova, B., Gomory, D., Wang, X-R., Szmidt, A.E.: "Intraspecific variation in chloroplast DNA psbAl gene region of silver fir(Abies alba Mill.)."Forest Genetics. 10(1). 19-22 (2003)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ishiyama, H., Kado, T., Iwasaki, M., Ab Shukor, N., Szmidt, A.E., Yamazaki, T.: "Nucleotide variation in the GapC region of four species of Shorea and its putative hybrids."Tropics. 13(2). 89-99 (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Dayananda, T.G., Szmidt, A.E., Yamazaki, T., de Silva, M.: "Molecular phylogeny of Sri Lankan Dipterocarpaceae in relation to other Asian Dipterocarpaceae based on plastid DNA sequence data."Tropics. 13(2). 79-81 (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sirikantaramas, S., Sugioka, N., Lee, S-S., Ibrahim, F.H., Lee, H-S., Szmidt, A.E., Yamazaki, T.: "Diversity of ectomycorrhizal fungi associated with Dipterocarpaceae in Malaysia."Tropics. 13(2). 69-77 (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Goto, H, Inomata, N., Szmidt, A.E., Yamazaki, T.: "Nucleotide variation of seven genes in Drosophila kikkawai."Genes and Genetic Systems. 79. 19-26 (2004)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Wang, X-R.: "Norway spruce (Picea abies (L.) Karst.) layering and boreal island population structure in northern Sweden."International Journal of Plant Sciences. 164. 711-717 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Kormutak, A.: "Intraspecific variation in chloroplast DMA psbAI gene region of silver fir (Abies alba Mill.)."Forest Genetics. 10(1). 19-22 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Ishiyama, H.: "Nucleotide variation in the GapC region of four species of Shorea and its putative hybrids."Tropics. 32(in press). (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Dayananda, T.G.: "Molecular phylogeny of Sri Lankan Dipterocarpaceae in relation to other Asian Dipterocarpaceae based on plastid DNA sequence data."Tropics. 32(in press). (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Sirikantaramas, S.: "Diversity of ectomycorrhizal fungi associated with Dipterocarpaceae in Malaysia."Tropics. 32(in press). (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Goto, H.: "Nucleotide variation of seven genes in Drosophila kikkawai."Genes and Genetic Systems. 79(in press). (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Ribeiro. M.: "Chloroplast single-sequence repeats variation in Portuguese maritime pine (Pinus pinaster Ait.)"Theoretical and Applied Genetics. 102. 97-103 (2001)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Ribeiro. M.: "Comparison of genetic diversity estimates within and among populations of maritime pine using cpSSR and AFLP data"Molecular Ecology. 11. 869-877 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Szmidt A. E.: "Clonal diversity and genetic structure of Empetrum hermaphroditum Hagerup populations from northern Sweden"Journal of Vegetation Science. 13. 627-634 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Szmidt, A.E. et al.: "Effects of RNA editing on the coxI evolution and phylogeny reconstruction"Euphytica. 118. 9-18 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] parducci L. et al.: "Genetic variation at chloroplast microsatellites (cpSSR) in Abies nebrodensis (Lojac.) Mattei and in three neighboring Abies species"Theoretical and Applied Genetics. 102. 733-740 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Wang, X-R. et al.: "Molecular markers in population genetics of forest trees"Scandinavian Journal of Forest Research. 16. 199-220 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Parani, M. et al.: "Species identification in seven small millet species using PCR-RFLP of trnS-psbC gene region"Genome. 44(3). 495-499 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Parducci, L. et al.: "Taxonomic position and origin of the endemic Sicilian fir Abies nebrodensis (Lojac.) Mattei based on allozyme analysis"Forest Genetics. 8(2). 119-127 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Lerceteau, E. et al.: "Detection of quantitative trait loci in Pinus sylvestris L across years"Euphytica. 121. 117-122 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Wang, X-R. et al.: "Genetic composition and diploid hybrid speciation of a high mountain pine, Pinus densata, native to the Tibetan plateau"Genetics. 159. 337-346 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Ribeiro, M. et al.: "Comparison of genetic diversity estimates within and among populations of maritime pine using cpSSR and AFLP data"Molecular Ecology. (in press). (2002)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書

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公開日: 2001-04-01   更新日: 2021-04-07  

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