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2.5Å分解能結晶構造にもとづく牛肝臓20Sプロテアソームの抗原提示機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 13680749
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関京都大学 (2003-2004)
姫路工業大学 (2001-2002)

研究代表者

森本 幸生  京都大学, 原子炉実験所, 教授 (80200450)

研究期間 (年度) 2001 – 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
2004年度: 500千円 (直接経費: 500千円)
2003年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
2002年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2001年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
キーワードプロテアソーム / 超分子複合体 / 結晶構造解析 / X線結晶構造解析 / 免疫応答 / 核内移行シグナル
研究概要

20Sプロテアソームは、高等動物のみならず、植物、古細菌、酵母に至るまで広範囲な生物種に存在しており、沈降係数20S,分子量約75万の巨大な分子でありその形状は円筒形の粒子である。この粒子は古細菌を除いてヘテロな14種類のサブユニット2組から構成され、α1-α7、β1-β7の組み合わせであり、それらがリング上に会合して、積みあがったような構造をしている。26Sプロテアソームは、20Sプロテアソームに可逆的に調節因子蛋白質群が会合した分子集合体であり、ATP依存的にポリユビキチン化された蛋白質の分解を行う。分解機構の本体である20Sプロテアソームの全立体構造を明らかにした。免疫応答系が存在しない酵母の20Sプロテアソームとの各サブユニットの比較では、牛肝臓に特徴的な立体構造上の差異が見られた。さらにタンパク質分解機構としてβ7サブユニットのN104、T1,D59、R99およびβ1サブユニットのY88残基が協調的に加水分解する機構を提案した。免疫型プロテアソームでは、これらβサブユニットの「入れ替わり」が必要であるが、これがいかにして起こるのか、非常に興味深い問題として残る。
またタンパク質分解カスケードのうち、ユビキチンを付加する酵素E1,E2についての構造解析を行った。E1についてはSPring-8-BL41XUでの回折実験の結果、分解能12Åと低角ながら回折反射を得ることができ、その格子長は1軸104Åであることが明らかとなった。E2については25kフラグメントを大腸菌発現系で得て結晶化を行った。SPririg-8、BL41XUでの回折実験の結果、結晶学的データは、a=38.055,b=32.971,c=136.434 Å,空間群P2_12_12_1と求められた。

報告書

(5件)
  • 2004 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2003 実績報告書
  • 2002 実績報告書
  • 2001 実績報告書
  • 研究成果

    (35件)

すべて 2005 2004 2002 2001 その他

すべて 雑誌論文 (15件) 図書 (2件) 文献書誌 (18件)

  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of L-lactate oxidase (LOX), R181M mutant, from Aerococcus viridans2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Umena, K.Yorita, et al.
    • 雑誌名

      Acta.Crystallographica F61

      ページ: 439-441

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Conformational Changes in the α-subunit coupled to binding of the β_2-subunit of tryptophan synthase from Escherichia coli2005

    • 著者名/発表者名
      K.Nishio, Y.Morimoto, et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 1184-1192

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of L-lactate oxidase (LOX), R181M mutant, from Aerococcus viridans2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Umena, K.Yorita, et al.
    • 雑誌名

      Acta.Crystallographica, F 61

      ページ: 439-441

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Conformational Changes in the α-subunit coupled to binding of the β_2-subunit of tryptophan synthase from Escherichia coli : Crystal structure of tryptophan synthase α-subunit alone.2005

    • 著者名/発表者名
      K.Nishlo, Y.Morimoto, et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 1184-1192

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of L-lactate oxidase (LOX), R181M mutant, from Aerococcus viridans2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Umena, et al.
    • 雑誌名

      Acta.Cryst.sec.F (発表予定)

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Conformational Changes in the α-subunit coupled to binding of the β_2-subunit of tryptophan synthase from Escherichia coli : Crystal structure of tryptophan synthase α-subunit alone.2005

    • 著者名/発表者名
      K.Nishio, et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 1184-1192

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] X-ray induced reduction of the crystal of high-molecular weight cytochrome c revealed by microspectrophotometry.2004

    • 著者名/発表者名
      M.Sato, N.Shibata, et al.
    • 雑誌名

      J.Synchrotron Radiation 11

      ページ: 113-116

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] X-ray Induced reduction of the crystal of high-molecular weight cytochrome c revealed by microspectrophotometry.2004

    • 著者名/発表者名
      M.Sato, N.Shibata, et al.
    • 雑誌名

      J.Synchrotron Rad. 11

      ページ: 113-116

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and MAD data collection of high-molecularweight cytochrome c from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F.2004

    • 著者名/発表者名
      N.Shibata, et al.
    • 雑誌名

      Protein Pept.Lett. 11

      ページ: 93-96

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] X-ray induced reduction of the crystal of high-molecular weight cytochrome c revealed by microspectrophotometry.2004

    • 著者名/発表者名
      M.Sato, et al.
    • 雑誌名

      J.Synchrotron Rad. 11

      ページ: 113-116

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] 中性子科学への招待-中性子入門-2004

    • 著者名/発表者名
      森本幸生
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌 46

      ページ: 120-126

    • NAID

      10012907268

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Substrate-induced Conformational Change of a Coenzyme B12-Dependent Enzyme : Crystal Structure of the Substrate-Free Form of Diol Dehydratase.2002

    • 著者名/発表者名
      N.Shibata, J.Masuda, et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 41

      ページ: 12607-12617

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The crystal structure of coenzyme B12-dependant glyceroldehydratase in complex with cobalamin and 1,2-propanediol.2002

    • 著者名/発表者名
      M.Yamanishi, M.Yunoki, et al.
    • 雑誌名

      European J.Biochemistory 269

      ページ: 4484-4494

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The Structure of the Mammalian 20S Proteasome at 2.75Å Resolution.2002

    • 著者名/発表者名
      M.Unno, T.Mizushima, et al.
    • 雑誌名

      Structure 10

      ページ: 609-618

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The crystal structure of coenzyme B12-dependant glycerol dehydratase in complex with cobalamin and 1,2-propanediol.2002

    • 著者名/発表者名
      M.Yamanishi, M.Yunoki, et al.
    • 雑誌名

      European J.Biochemistory 269

      ページ: 4484-4494

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] 極限状態を見る放射光アナリシス(尾嶋正治編)2001

    • 著者名/発表者名
      森本幸生(分担執筆)
    • 総ページ数
      214
    • 出版者
      日本分光学会測定法シリーズ 学会出版センター
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] 極限状態を見る放射光アナリシス(尾嶋正治編)日本分光学会測定法シリーズ2001

    • 著者名/発表者名
      森本幸生(分担執筆)
    • 出版者
      学会出版センター
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.Sato, et al.: "X-ray induced reduction of the crystal of high-molecular weight cytochrome c revealed by microspectrophotometry"J.Synchrotron Rad.. 11. 113-116 (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] M.Yamanishi, et al.: "The crystal structure of coenzyme B12-dependant glycerol dehydratase in complex with cobalamin and 1,2-propanediol"European J.Biochemistory. 269. 4484-4494 (2002)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] M.Unno, et al.: "The Structure of the Mammalian 20S Proteasome at 2.75Å Resolution"Structure. 10. 609-618 (2002)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] M.Unno, et al.: "Structure determination of the Constitutive 20S proteasome from Bovine Liver at 2.75Å Resolution"J.Biochem.. 131. 171-173 (2002)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] N.Shibata, et al.: "Substrate-induces Conformational Change of a Coenzyme B12-Dependent Enzyme : Crystal Structure of the Substrate-free form of Diol Dehydratase"Biochemistry. 41. 12607-12617 (2002)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Tomisugi, et al.: "New crystal forms and low resolution structure analysis of 20S Proteasomes from bovine liver"J.Biochem.. 127. 941-943 (2000)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] M.Unno, et al.: "The Structure of the Mammalian 20S Proteasome at 2.75Å Resolution"Structure. 10. 609-618 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] M.Unno, et al.: "Structure determination of the Constitutive 20S proteasome from Bovine Liver at 2.75Å Resolution"J.Biochem.. 131. 171-173 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] N.Shibata, et al.: "Substrate-Induces Conformational Change of a Coenzyme B12-Dependent Enzyme : Crystal Structure of the Substrate-free form of Diol Dehydratase"Biochemistry. 41. 12607-12617 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] M.Yamanishi, et al.: "The crystal structure of coenzyme B12-dependent glycerol dehydratse in complex with cobalamin and 1,2-propanediol"European J.Biochemistry. (in press). (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Tomisugi, et al.: "New crystal forms and low resolution structure analysis of 20S Proteasomes from bovine liver"J.Biochem.. 127. 941-943 (2000)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] T.Matsumoto, et al.: "Roles of Functional Loops and the C-Terminal Segment of a Single-Stranded DNA Binding Protein Elucidated by X-Ray Structure Analysis"J.Biochem.. 127. 329-335 (2000)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] M.Unno, et al.: "Structure determination of the Constitutive 20S proteasome from Bovine Liver at 2.75Å Resolution"J. Biochem.. 131. 171-173 (2002)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] J.Masuda, et al.: "Radical production simulated by photo-irradiation of the diol dehydratase-adeninylpentylcobalamin complex"J. Synchrotron Radiation. 8(in press). (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] K.Suto, et al.: "High Resolution Structure of FMN-binding Protein"J. Phys. Soc. Jpn.. 70. 406-407 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] T.Tomisugi, et al.: "New crystal forms and low resolution structure analysis of 20S Proteasomes from bovine liver"J. Biochem.. 127. 941-943 (2000)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] T.Matsumoto, et al.: "Roles of Functional Loops and the C-Terminal Segment of a Single-Stranded DNA Binding Protein Elucidated by X-Ray Structure Analysis"J. Biochem.. 127. 329-335 (2000)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] K.Suto, et al.: "How do the X-ray structure and the NMR structure of FMN-Binding Protein differ ?"Acta. Cryst.. D56. 368-371 (2000)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書

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公開日: 2001-04-01   更新日: 2016-04-21  

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