• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

病原性ウイルスにおける宿主内進化様式の解析

研究課題

研究課題/領域番号 13680758
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 分子生物学
研究機関東京医科歯科大学

研究代表者

任 鳳蓉  東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教務職員 (60280989)

研究分担者 鈴木 泰博  東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助手 (50292983)
田中 博  東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (60155158)
研究期間 (年度) 2001 – 2002
研究課題ステータス 完了 (2002年度)
配分額 *注記
2,500千円 (直接経費: 2,500千円)
2002年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2001年度: 1,500千円 (直接経費: 1,500千円)
キーワードウイルス宿主内進化 / 中立進化 / 淘汰進化 / 非一様性進化モデル / 逐次リンクアルゴリズム / 時系列的なウイルスサンプル / 縦断型系統樹構築 / Sequential-linkingアルゴリズム
研究概要

平成14年度は、この研究にとって実りの年であり、新たなスタートをした年でもあった。今年度中、2つの国際学会(Molecular Evolution, Jun.2002,Naples ; International conference on AIDS, Dec. 2002,Washington)と、3つの国内学会(第3回CBI学会,9月,東京;ウイルス学会,10月,札幌;分子生物学会,12月,横浜)で発表して、ウイルス専門の学者を始め、分子進化と分子計算などいろんな分野の専門者たちの意見を仰ぐことができた。そして、今年度の後半、分子進化やゲノム解析などの分野で影響力が大きい国際誌GENEに掲載が受諾された。
一方、平成13年度の日本ウイルス学会での発表をきっかけで、この研究で開発した方法は国立感染研エイズセンターで集めたHIV-1の連続サンプルに適用することになった。大量なデータ解析を行った中、いままでの最尤法に基づいた逐次リンクアルゴリズムは尤度の計算量が膨大であり、また変異種の増加により指数的に可能な系統関係が増加するという困難があることが分かった。これらの困難を克服するため、今年度は我々が近隣結合法を利用した遺伝距離準拠型逐次リンクアルゴリズムを開発することに取り込んだ。そして、この新しい計算アルゴリズムを使って抗HIV治療を受けているエイズ患者から継時的に採集したHIV-1のgag及びpol遺伝子のデータについて解析を行い、興味深い結果が得られた。すなわち、我々の方法より、HIVが薬剤の攻撃を受けながら患者の体内でどのように進化していたのかを縦断的な系統樹(longitudinal phylogenetic tree)で示すことができた。今後、ニュージーランドの研究グループが開発したsUPGMA(serial sampled UPGMA)法の長所を取り入れて、我々の方法をより実用性と信頼性の高いウイルス進化解析法に発展させる予定である。

報告書

(3件)
  • 2002 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2001 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (14件)

  • [文献書誌] Fengrong Ren (任鳳蓉): "Longitudinal phylogenetic tree of within-host viral evolution from noncontemporaneous samples : a distance-based sequential-linking method"GENE. (in press). (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fengrong Ren (任鳳蓉): "A New Algorithm for Analysis of Within-host HIV-1 Evolution"Biocomputing PubMed Identifier : 11262976. PSB(6). 595-605 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hiroshi Tanaka: "Analysis of Within-host Viral Evolution by Reconstructing the Longitudinal Phylogenetic Tree of HIV-1"Bulletin of the International Statistical Institute. Book(1). 355-358 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Soichi Ogishima: "Reconstruction and Analysis of Within-host Longitudinal HIV-1 Evolution by a Distance-based Sequential-linking Algorithm"Chem-Bio Informatics Journal. 1(2). 73-83 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fengrong Ren: "Longitudinal phylogenetic tree of within-host viral evolution from noncontemporaneous samples : a distance-based sequential-linking method"GENE. in press. (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fengrong Ren: "A New Algorithm for Analysis of Within-host HlV-1 Evolution"Biocomputing PubMed Identifier. 11262976. PSB(6). 596-605 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Soichi Ogishima: "Reconstruction and Analysis of Within-host Longitudinal HIV-1 Evolution by a Distance-based Sequential-linking Algorithm"Chem-Bio Informatics Journal. 1(2). 73-83 (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hiroshi Tanaka: "Analysis of Within-host Viral Evolution by Reconstructing the Longitudinal Phylogenetic Tree of HIV-1"the International Statistical Institute. Book(1) (2001)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2002 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fengrong Ren(任鳳蓉): "Longitudinal phylogenetic tree of within-host viral evolution from noncontemporaneous samples : a distance-based sequential-linking method"GENE. (In press). (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Fengrong Ren: "Inference and Prediction of Courses Courses of the Diseases Caused by Pathologic Viruses by Estimating Molecular Evolution of Within-host Virus"MEDINFO Pub Med Identifier : in preparation. 10(11). 979-983 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Fengrong Ren: "A New Algorith for Analysis of Within-host HIV-1 Evolution"Biocomputing PubMED Identifier : 11262976. PSB(6). 595-605 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Akihito Tsubota: "Genotype May Correlate with Liver Carcinogenesis and Tumor Characteristics in Cirrhotic Patients Infected with Hepatitis B Virus Subtype adw"Journal of Medical Virology. 65. 257-265 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Hiroshi Tanaka: "Analysis of Within-host Viral Evoluton by Reconstructing the Longitudinal Phylogenetic Tree of HIV-1"Bulletin of the International Statistical Institute. Book(1). 355-358 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Soichi Ogishima: "Reconstruction and Anaysis of Within-host Longitudinal HIV-1 Evolution by a Distance-based Sequential-linking Algorithm"Chem-Bio Informatics Journal. 1(2). 73-83 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書

URL: 

公開日: 2001-04-01   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi