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幾何構造を利用したクラスタリングによるcDNAの組織別発現パターン解析

研究課題

研究課題/領域番号 13780590
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 発生生物学
研究機関大阪大学

研究代表者

竹中 要一  大阪大学, 情報科学研究科, 助教授 (00324830)

研究期間 (年度) 2001 – 2002
研究課題ステータス 完了 (2002年度)
配分額 *注記
1,700千円 (直接経費: 1,700千円)
2002年度: 400千円 (直接経費: 400千円)
2001年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
キーワード遺伝子 / cDNA / 発現プロファイル / クラスタリング / バイオインフォマティクス / 発現パターン / カーネル関数
研究概要

DNAマイクロアレイ,DNAチップ等の生物工学上の技術の発展により,生物種や組織細胞等,実験条件の異なる様々な遺伝子発現プロファイルが大量に蓄積されつつある.そして,これらの膨大なデータから生物学的な情報を得るために,遺伝子の機能が類似しているもの毎に遺伝子発現プロファイルを分類することが求められている.本研究では,カーネル関数を用いて遺伝子発現プロファイルをユークリッド超空間上の座標に変換することによる遺伝子の機能解析を行った.
手法の有効性を検証するために,理化学研究所が作製したマウスの完全長cDNAに対応した発現プロファイル(49サンプルにおける約20000個の遺伝子の発現量)に対する解析を行った.その結果を,マウスの完全長cDNAを用いて遺伝子に機能注釈を行う国際共同研究であるFANTOM2(Functional Annotation of Mouse)の会議 1.Typhoon Meeting(2001/10/15〜10/19)及び2.Cherry Blossom Meeting(2002/4/29〜5/5)での発表を行った.また,注釈実務を行う遠隔会議3.FANTOM2 MATRICS (Mouse Annotation Teleconference for RIKEN cDNA Sequences)(2001/10/20〜2002/4/28)において本研究結果を利用した遺伝子の機能アノテーションを行った.これらの成果は,FANTOM Consortiumの業績として2002年12月のNatureに掲載されている.

報告書

(2件)
  • 2002 実績報告書
  • 2001 実績報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (7件)

  • [文献書誌] The FANTOM consortium and the RIKEN genome exploration research group Phase I & II team: "Analysis of the mouse transcriptome based upon functional annotation of 60,770 full length cDNAs"Nature. 420. 563-573 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Yoichi Takenaka: "A proposal of DNA computing on beads with application to SAT problems"Lecture note on computer science. 2340. 182-190 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Yoichi Takenaka: "DNA computing by competitive hybridization for maximum satisfiability problem"The 2002 IEEE world congress on computational intelligence, congress on evolutionary computation. 2002. 472-476 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Yoichi Takenaka, Nobuo Funabiki, Teruo Higashino: "Relaxation of coefficient sensitiveness to performance for neural networks using neuron filter through total coloring problems"IEICE Transactions of Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences. Vol.E84-A No.9. 2367-2370 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Yoichi Takenaka, Akihiro Hashimoto: "A proposal of DNA computing on beads and its application to SAT problems"Preliminary Proceedings of Seventh International Meeting on DNA computers. DNA7. 331-339 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 山脇 晋吾, 竹中 要一, 松田 秀雄, 橋本 昭洋: "特徴選択を考慮した遺伝子発現プロファイルのクラスタリング"第24回日本分子生物学会年会講演予稿集. 100-100 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 坊垣 恭右, 竹中 要一, 松田 秀雄, 橋本 昭洋: "遺伝子発現プロファイル解析のための分類木比較アルゴリズム"第24回日本分子生物学会講演予稿集. 101-101 (2001)

    • 関連する報告書
      2001 実績報告書

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公開日: 2001-04-01   更新日: 2016-04-21  

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