• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

DNA複製機構解析のためのモンテカルロElongation最適化ハイブリッド法

研究課題

研究課題/領域番号 13F03028
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分外国
研究分野 物理化学
研究機関九州大学

研究代表者

青木 百合子  九州大学, 大学院総合理工学研究院, 教授

研究分担者 MOLAYEM Mohammad  九州大学, 大学院総合理工学研究院, 外国人特別研究員
研究期間 (年度) 2013
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2013年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
キーワード量子化学 / DNA / ナノチューブ / 部分構造最適化 / Elongation-モンテカルロ法 / 非線形光学特性 / Finite Field法 / 局所状態密度
研究概要

当該年度の目的は、DNAやナノチューブ系の構造最適化に有利な末端固定のElongation-OPT法を開発すること、また機能設計としてElongation法による非線形光学特性について、Elongation法から抽出したバンドや局所状態密度との比較も行うことであった。これまで開発してきたElongation法に構造最適化法を導入したELG-OPT法により効率的構造最適化は可能となり、初期構造から抜け出せない山に当たるとLocal Minimumに留まってしまうという従来法の難点をクリアできた。その理由として、本方法の部分構造最適化がもたらす利点であることを確認した。一方、電子状態理論の枠内だけの構造変化しか与えないので、グローバルに構造検索をするという点が満たされていない。分子動力学法と組み合わせたELG-MD法を用いても、従来のMD法のみを用いるよりは、より安定構造に到達し得るものの、ab initio Dにおける膨大な計算時間を考えると、特段の利用価値は見出せない。そこでMDを持ち込むことなく、計算時間の非常に速いモンテカルロ(MC)法をELG法と組み合わせることにより、よりグローバルな安定構造探索が可能となるよう発展させている。構造最適化法において、電子状態理論からの構造最適化法のみではなく、ダイナミックに構造を変化させ、ありとあらゆる安定構造の可能性を引き出しながらよりグローバルな安定構造に導く方法としての有効性を示せた。
一方、ナノチューブ系を扱ったことの延長として、BNCヘテロナノチューブにおける様々な含炭素含有量と様々な炭素の配置パターンを有する系に対し、Elohgation法とFiniteField法を結びつけた非線形光学特性計算を行い、これらの構造と光学特性への影響、局所状態密度との関係等について解析を行った。結果的に、日本での滞在4か月のみとなってしまったため、成果発表を行う機会はなかったが、現在本人は論文執筆中である。本方法をDNAに適用する予定であったが時間的に困難となり、本人帰国後も引き続き当研究室にて本課題を継続する予定である。

今後の研究の推進方策

(抄録なし)

報告書

(1件)
  • 2013 実績報告書

URL: 

公開日: 2014-01-29   更新日: 2024-03-26  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi