| 研究課題/領域番号 |
13F03728
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 外国 |
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| 研究分野 |
ゲノム生物学
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| 研究機関 | 独立行政法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
CARNINCI Piero (2014) 独立行政法人理化学研究所, ライフサイエンス技術基盤研究センター, 副センター長 (10333296)
CARNINCI Piero (2013) 独立行政法人理化学研究所, ライフサイエンス技術基盤研究センター, 副センター長
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| 研究分担者 |
KWON Tae-Jun 独立行政法人理化学研究所, ライフサイエンス技術基盤研究センター, 外国人特別研究員
KWON Tae・jun 独立行政法人理化学研究所, ライフサイエンス技術基盤研究センター, 外国人特別研究員
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2014年度)
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| 配分額 *注記 |
2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
2014年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2013年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
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| キーワード | Promoters / Transcriptome / Regulatory Analysis / Repeat analysis / Raw data processing and filtering / Data survey / Differential expression analysis / Clustering / Functional analysis |
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| 研究実績の概要 |
For the FY2014, we have completed the main bioinformatics analyses required for this project, using the collected transcriptome data from multiple Drosophila cell types at different stages of development using the CAGE experimental protocol. We decided to focus on: 1) Class IV da neuron development time course, and 2) specification of Class IV vs. the Class I-III cell types. We performed the following analyses:
1. Characterization of the expressed promoters based on their sequence composition and shapes (whether they are sharply peaked or broadly spread), and how they are differentially utilized.
2. Collecting and clustering of Drosophila-specific transcription factor binding site motifs and predicting their positions on the Drosophila genome. Due to the lack of available Drosophila-specific binding motifs, we collected and merged motifs based on their similarity.
3. Regulatory analysis of the differentially expressed promoters based on the collected motif set and available ChIP-seq and ChIP-chip data. We have come up with a list of candidate regulatory factors and are in the process of validating them experimentally.
4. Analysis of the repeat transcriptome for the analyzed samples. We found that certain repeats are differentially expressed according to developmental stages or cell types, and we are trying to determine what regulatory controls are behind these differences.
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| 現在までの達成度 (段落) |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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