| 研究課題/領域番号 |
13J00789
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 国内 |
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| 研究分野 |
生物多様性・分類
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| 研究機関 | 筑波大学 |
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研究代表者 |
西村 祐貴 筑波大学, 生命環境科学研究科, 特別研究員(DC1)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2015年度)
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| 配分額 *注記 |
3,600千円 (直接経費: 3,600千円)
2015年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2014年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2013年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
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| キーワード | ミトコンドリアゲノム / ハクロビア / アライメントデータベース / ハクロビア生物群 / 次世代シーケンサー / ミトコンドリアDNA / バクロビア生物群 / イントロン |
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| 研究実績の概要 |
光合成性真核微生物であるクリプト藻類とハプト藻類、従属栄養性生物であるカタブレファリス類、テロネマ類、ピコゾア類、ゴニオモナス類、有中心粒太陽虫類、パルピトモナス類など多様な生物群が、ハクロビアと呼ばれる一つの系統群にまとめられるかどうかは議論が分かれている。本研究ではハクロビアに属するとされる系統群からそれぞれ複数種についてミトコンドリアゲノム(mtDNA)を解読し、系統解析や比較ゲノム解析を行うことにより、ハクロビア仮説を検証することを目的としている。
平成27年度は有中心粒太陽虫の未記載種SRT127について次世代シーケンサーから得られたデータの解析を行い、mtDNAの解読に成功した。SRT127 mtDNAの遺伝子組成は既に解読されているどの種のmtDNAとも異なっており、遺伝子組成を手がかりに近縁種を予測することが出来なかった。この他にも本mtDNAは高いGC含量、変異遺伝暗号、複数の転移性因子を有するなど、典型的なmtDNAには見られない特徴を備えていたが、いずれも近縁種を予想するための有力な手がかりとはならなかった。
本研究や共同研究者らの研究によりハクロビアに含まれるとされる生物のmtDNAデータが蓄積されてきたと言える。そこで真核生物内で共通してmtDNAにコードされる遺伝子を連結した遺伝子系統解析を行い、ハクロビア仮説の検証を試みた。この際、アライメントを管理するための新規データベースを設計し、これを利用して既存のデータと本研究で得られたデータを組み合わせて系統解析に供するアライメントを作成した。残念ながら得られた系統樹の解像度は全体的に低く、ハクロビアの単系統性が妥当かどうか議論することは出来なかった。一方で、設計したアライメントデータベースについては有用性が確かめられたので、プロシーディングという形で国際学会へ投稿し、査読を経て受理された。
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| 現在までの達成度 (段落) |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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