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深海熱水由来超好熱菌のゲノムとメタゲノム解析に基づく有用遺伝子ライブラリーの構築

研究課題

研究課題/領域番号 13J02043
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 水産学一般
研究機関京都大学

研究代表者

大福 高史  京都大学, 農学研究科, 特別研究員(DC2)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
2,200千円 (直接経費: 2,200千円)
2014年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2013年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
キーワード超好熱古細菌 / ゲノム解析 / 耐熱性酵素 / 全ゲノム解読 / ゲノムシンテニー / ウイルス / ゲノム多様化 / 重金属の輸送酵素
研究実績の概要

本研究は、好熱古細菌の有する耐熱性に優れた酵素の利用に向けた基盤構築を目的としている。今年度の成果は以下の通りである。
(1) 好熱性クレンアーキオータ門古細菌が有する有用遺伝子資源のカタログ化
自然環境からのDNA抽出法の確立が困難であったため、未培養古細菌を含む微生物のDNAを網羅的にシーケンスできるメタゲノム解析には至らなかった。しかしながら、海洋や陸地の熱水環境に生息する(超)好熱菌から構成されるクレンアーキオータ門に属する古細菌分離株について、産業上有用な遺伝子資源のカタログ化に成功した。クレンアーキオータ門古細菌の9属26種から合計43株のゲノム配列をNCBIのReference Sequence databaseより得て、同属内合計240ペアの古細菌を網羅的にゲノム比較した。それぞれの古細菌は多くの独自の代謝関連遺伝子を保有していた。代謝関連遺伝子の機能を詳細に解析した結果、エネルギー生産やアミノ酸代謝に関与する遺伝子が多く認められた。好熱古細菌が保有する遺伝子がコードする酵素は高い耐熱性が見込まれ、将来的な応用利用が期待できる。
(2) 好熱性クレンアーキオータ門古細菌のゲノム進化の様式
クレンアーキオータ門古細菌の進化に関する学術的に重要な知見を得た。進化とともにゲノム上の遺伝子の位置関係が変化する古細菌は、多様な環境適応を示すゼネラリストである一方、海洋性超好熱古細菌エアロパイラム属を含む10ペアのクレンアーキオータ門古細菌は、ゲノム縮小化が起こった後、自身の生息環境に適応したスペシャリストであると推察された。スペシャリストではその祖先生物で不必要な遺伝子を脱落させ、遺伝子レパートリーが類似していることが示された。さらにスペシャリストは、自身のゲノムの変化を許容しにくいものの、ウイルスと相互作用することでゲノム可塑性を示すことが示唆された。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (9件)

  • [雑誌論文] Variation of the virus-related elements within syntenic genomes of the hyperthermophilic archaeon Aeropyrum.2013

    • 著者名/発表者名
      Daifuku, T., Yoshida, T., Kitamura, T., Kawaichi, S., Inoue, T., Nomura, K., Yoshida, Y, Kuno, S., and Sako, Y.
    • 雑誌名

      Applied Environmental Microbiology

      巻: 79巻 号: 19 ページ: 5891-5898

    • DOI

      10.1128/aem.01089-13

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome variation in the hyperthermophilic archaeon Aeropyrum.2013

    • 著者名/発表者名
      Daifuku, T., Yoshida, T., and Sako, Y.
    • 雑誌名

      Mobile Genetic Elements

      巻: 3巻 号: 5 ページ: e26833-e26833

    • DOI

      10.4161/mge.26833

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cysteine 295 indirectly affects Ni coordination of carbon monoxide dehydrogenase-II C-cluster.2013

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Inoue, Kyosuke Takao, Takashi Yoshida, Kei Wada, Takashi Daifuku, Yasuko Yoneda, Keiichi Fukuyama, & Yoshihiko Sako.
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Researcr Communications

      巻: 441 号: 1 ページ: 13-17

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2013.09.143

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantitative detection of carboxydotrophic bacteria Carboxydothermus in a hot aquatic environment.2013

    • 著者名/発表者名
      Yasuko Yoneda, Takashi Yoshida, Takashi Dafiuku, Takayuki Kitamura, Takahiro Inoue, Sanae Kano, Yoshihiko Sako.
    • 雑誌名

      Fundamental and Applied Limnology

      巻: 182 号: 2 ページ: 161-170

    • DOI

      10.1127/1863-9135/2013/0374

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 好熱古細菌クレンアーキオータ門のゲノム進化2014

    • 著者名/発表者名
      ◯大福高史、吉田天士、左子芳彦.
    • 学会等名
      平成26年度日本水産学会近畿支部例会
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2014-11-22
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 超好熱古細菌Aeropyrum属のゲノム上に認められたウイルス関連因子の多様性2013

    • 著者名/発表者名
      大福高史、吉田天士、北村崇行、川市智史、井上喬裕、野村敬吾、吉田由唯、久野草太郎、左子芳彦
    • 学会等名
      微生物科学研究の多様性と新展開シンポジウム
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2013-11-08
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 一酸化炭素資化性好熱菌Carboxydothermus属のゲノム解析2013

    • 著者名/発表者名
      高尾郷介、吉田天士、米田恭子、大福高史、福山宥斗、左子芳彦
    • 学会等名
      微生物科学研究の多様性と新展開シンポジウム
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2013-11-08
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 一酸化炭素を資化する好熱菌の分離と性状解析2013

    • 著者名/発表者名
      米田恭子、吉田天士、川市智史、大福高史、北村崇行、井上喬裕、鹿野早苗、高部圭司、安田尚登、今田千秋、左子芳彦
    • 学会等名
      微生物科学研究の多様性と新展開シンポジウム
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2013-11-08
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] ウイルスによる超好熱古細菌Aeropyrum属のゲノム多様化2013

    • 著者名/発表者名
      大福高史、吉田天士、北村崇行、川市智史、井上喬裕、野村敬吾、吉田由唯、左子芳彦
    • 学会等名
      第15回マリンバイオテクノロジー学会大会
    • 発表場所
      沖縄市町村自治会館
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Genome variation in the hyperthermophilic archaea Aeropyrum2013

    • 著者名/発表者名
      Daifuku T, Yoshida T, Kitamura T, Kawaichi S, Inoue T, Nomura K, Yoshida Y, Kuno S, and Sako Y.
    • 学会等名
      Gordon Research Conference, Archaea : Ecclogy, Metabolism & MolecularBiology
    • 発表場所
      Renaissance Tuscany II Ciocco Resort Lucca (Barga), Italy
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 超好熱アーキアAeropyrum属のゲノム多様性2013

    • 著者名/発表者名
      大福高史、吉田天士、北村崇行、川市智史、井上喬裕、野村敬吾、吉田由唯、久野草太郎、左子芳彦
    • 学会等名
      第29回日本微生物生態学会大会
    • 発表場所
      鹿児島大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 熱水環境中の一酸化炭素資化性好熱Carboxydothermusの分子生態学的研究2013

    • 著者名/発表者名
      鹿野早苗、米田恭子、吉田天士、北村崇行、大福高史、井上喬裕、福山宥斗、高尾郷介、左子芳彦
    • 学会等名
      第29回微生物生態学会大会
    • 発表場所
      鹿児島大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 一酸化炭素資化性好熱菌Carboxydothermus pertinaxのCO代謝2013

    • 著者名/発表者名
      福山宥斗、米田恭子、高尾郷介、大福高史、井上喬裕、吉田天士左子芳彦
    • 学会等名
      第29回微生物生態学会大会
    • 発表場所
      鹿児島大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

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公開日: 2014-01-29   更新日: 2024-03-26  

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