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キチン系バイオマスの有効利用をめざした構造生物学:キトサン加水分解酵素

研究課題

研究課題/領域番号 13J03639
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 応用生物化学
研究機関近畿大学

研究代表者

新家 粧子  近畿大学, 農学研究科, 特別研究員(DC2)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
1,800千円 (直接経費: 1,800千円)
2014年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2013年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワード糖質結合モジュール / キチン / キトサン / キトサナーゼ / NMR溶液構造
研究実績の概要

真菌類細胞壁に含まれるキチンおよびキトサンの有効利用を促進するため、構造生物学的手法によりキトサナーゼに存在するキトサン結合モジュール(DD1,DD2)の立体構造を明らかにし、キトサン認識機構を解明することを目的とした。DD1およびDD2の立体構造は、核磁気共鳴(NMR)法を用いた溶液構造解析により明らかにした。大腸菌発現系を用いて得られた13Cおよび15NラベルDD1、DD2を用い、1H-15N HSQCおよび3次元スペクトルの測定を行い、主鎖シグナルの帰属を行った。つづいて、1H-13C HSQC、HCCH-TOCSY、CCH-TOCSYの測定を行い、側鎖シグナルの帰属を行った。さらに、NOESYスペクトルの測定を行い、NOEを帰属し、CYANAプログラムによって構造計算を行った。その結果、DD1とDD2ともに、2枚のbetaシートからなるbetaサンドウィッチ構造を有し、その上下に突き出すようにいくつかのループ構造が存在することが明らかになった。さらにNMRを用いたキトサンオリゴ糖の滴定実験の結果、キトサンはDD1とDD2のbetaサンドウィッチ構造の上部のループ領域に結合することがわかった。また、結合に関与するアミノ酸残基の比較を行ったところ、DD1の36番目のグルタミン酸残基がDD2ではチロシン残基に置換していることがわかった。そこで、このアミノ酸残基について、DD1のグルタミン酸残基をチロシンに変異させたDD1-E36Yおよび、DD2のチロシン残基をグルタミン酸に変異させたDD2-Y36Eを作製し、キトサン結合実験を行った結果、DD1ではGlu36のチロシンへの変異が親和性大きく低下させ, また, DD2のTyr36のグルタミン酸への変異が親和性の増大をもたらした。以上のように、部位特異的変異によってCBMのリガンド特異性のコントロールが可能であることが示唆された。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (8件)

  • [雑誌論文] Interaction of di-N-acetylchitobiosyl moranoline with a family GH19 chitinase from moss, Bryum coronatum.2014

    • 著者名/発表者名
      Shinya, S., Urasaki, A., Ohnuma, T., Taira, T., Suzuki, A., Ogata, M., Usui, T., Lampela, O., Juffer, AH., Fukamizo, T.
    • 雑誌名

      Glycobiology

      巻: 24 号: 10 ページ: 945-955

    • DOI

      10.1093/glycob/cwu052

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of a "loopless" GH 19 chitinase in complex with chitin tetrasaccharide spanning the catalytic center.2014

    • 著者名/発表者名
      Ohnuma, T., Umemoto, N., N agata, T., Shinya, S., Numata, T., Taira, T, Fukamizo, T.
    • 雑誌名

      Biochemca et Biophysica Acta

      巻: 1844 号: 4 ページ: 793-802

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2014.02.013

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書 2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mutation strategies for obtaining chitooligosaccharides with longer chains by transglycosylation reaction of family GH18 chitinase.2014

    • 著者名/発表者名
      Sirimontree, P., Suginta, W., Srinrho, N., Kanda, Y., Shinya, S., Ohnuma, T., Fukamizo, T
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 78 号: 12 ページ: 2014-2021

    • DOI

      10.1080/09168451.2014.948373

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Production of chitooligosaccharides from Rhizopus oligosporus NRRL2710 cells by chitosanase digestion.2014

    • 著者名/発表者名
      Mahata, M., Shinya, S., Masaki, E., Yamamoto, T, Ohnum a, T., Brzezinski, R., Mazumder, T. K., Yamashita, K., Narih iro, K., Fukamizo, T.
    • 雑誌名

      Carbohydrate research

      巻: 383 ページ: 27-33

    • DOI

      10.1016/j.carres.2013.06.002

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structures of the catalytic domain of a novel glycohydrolas e family 23 chitinase from Ralstonia sp. A-471 reveals a unique a rrangement of the catalytic residues for inverting chitin hydrolysis.2013

    • 著者名/発表者名
      Arimori, T., Kawamoto, N., Shinya, S., Okazaki, N., Nakazawa, M., Miyatake, K., Fukamizo, T., Ueda, M., Tamada, T.
    • 雑誌名

      The journal of biological chemistry

      巻: 288 号: 26 ページ: 18696-706

    • DOI

      10.1074/jbc.m113.462135

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The first identication of carbohydrate binding modules specific to chitosan.2013

    • 著者名/発表者名
      Shinya, S., Ohnuma, T., Yamashiro, R., Kimoto, H., Kusaoke, H., Anbazhagan, P., Juffer, A. H., Fukamizo, T
    • 雑誌名

      The journal of biological chemistry

      巻: 288 号: 42 ページ: 30042-63

    • DOI

      10.1074/jbc.m113.503243

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Chitosan-binding modules (CBM32) of a chitosanase from Paenbacillus sp. IK-52014

    • 著者名/発表者名
      Shoko Shinya, Shigenori Nishimura, Hisashi Kimoto, Hideo Kusaoke, Takayuki Ohnuma, Tamo Fukamizo
    • 学会等名
      Mie Bioforum 2014
    • 発表場所
      Ise-Shima, Japan(三重県志摩市)
    • 年月日
      2014-11-19
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Paenibacillus sp. IK-5 キトサナーゼに存在するキトサン結合モジュール (DD1)のNMR溶液構造とキトサン結合に関与するアミノ酸残基2014

    • 著者名/発表者名
      新家粧子、尾井宏美、大沼貴之、木元 久、草桶秀夫、深溝慶
    • 学会等名
      日本応用糖質科学会平成26年度大会
    • 発表場所
      朱鷺メッセ 新潟コンベンションセンター(新潟県新潟市)
    • 年月日
      2014-09-24
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] オリゴ糖結合がキトサン結合モジュールの熱安定性へ及ぼす影響2014

    • 著者名/発表者名
      新家粧子、尾井宏美、大沼貴之、木元 久、草桶秀夫、深溝慶
    • 学会等名
      第28回キチン・キトサンシンポジウム
    • 発表場所
      順天堂大学(東京都文京区)
    • 年月日
      2014-08-07
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Chitosan-binding modules (CBM32) of a chitosanse from Paenbacillus sp. IK-5 --- Amino acid residues responsible for chitosan binding---2014

    • 著者名/発表者名
      Shoko Shinya, Takayuki Ohnuma, Hisashi Kimoto, Hideo Kusaoke, Tamo Fukamizo
    • 学会等名
      28th annual symposium of the protein society
    • 発表場所
      SanDiego, USA
    • 年月日
      2014-07-28
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Paenibacillus sp. IK-5 キトサナーゼのCBM32キトサン結合モジュール-リガンド結合に関与するアミノ酸残基-2014

    • 著者名/発表者名
      新家粧子、尾井宏美、大沼貴之、西村重徳、木元 久、草桶秀夫、深溝慶
    • 学会等名
      第15回関西グライコサイエンスフォーラム第15回関西グライコサイエンスフォーラム
    • 発表場所
      大阪市立大学(大阪府大阪市)
    • 年月日
      2014-05-24
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Paenibacillus sp. IK-5由来新規キトサン特異的糖質結合モジュールのキトサンオリゴ糖結合様式2013

    • 著者名/発表者名
      噺家粧子、大沼貴之、山城玲奈、Padmanabhan Anbazhagan、Andre H. Juffer、木元久、草桶秀夫、深溝慶
    • 学会等名
      日本応用糖質科学会平成25年度大会
    • 発表場所
      鹿児島大学(鹿児島県)
    • 年月日
      2013-09-25
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Paenibacillus sp. IK-5由来新規キトサン特異的糖質結合モジュールのキトサンオリゴ糖結合様式2013

    • 著者名/発表者名
      新家粧子, 大沼貴之, 山城玲奈, Padmanabhan Anbazhagan, André H. Juffer, 木元久, 草桶秀夫, 深溝慶
    • 学会等名
      日本農芸化学会関西・中四国・西日本支部合同大会
    • 発表場所
      広島大学(広島県)
    • 年月日
      2013-09-06
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Binding Mode of Chitosan Oligosaccharides to Novel Chitosan-Spe cific Carbohydrate-Binding Modules (CBM32) of a Chitosanase from Paenibacillus sp. IK-52013

    • 著者名/発表者名
      Shinya, S., Ohnuma, T., Yamashiro, R., Anbazhagan, P., Juffer, A. H., Kimoto, H., Kusaok e, H., Fukamizo, T.
    • 学会等名
      12th International conference on chitin and chitosan
    • 発表場所
      ポルト(ポルトガル)
    • 年月日
      2013-05-06
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

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公開日: 2014-01-29   更新日: 2024-03-26  

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