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PDIファミリー酵素による酸化的フォールディング中間体の認識機構とその生理的意義

研究課題

研究課題/領域番号 13J04030
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 構造生物化学
研究機関東北大学

研究代表者

奥村 正樹  東北大学, 多元物質科学研究所, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 780千円)
2015年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2014年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2013年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
キーワードoxidative folding / PDI / SAXS / 高速AFM / 酸化的フォールディング / Ero1 / Prx4 / ジスルフィド結合 / X線小角散乱 / X線結晶構造 / フォールディング / 小胞体 / 結晶構造解析 / ERp46
研究実績の概要

小胞体には20種類以上ものPDIファミリータンパク質が存在し、それぞれが機能を分担することで小胞体中での酸化的フォールディングが効率よく進行すると考えられている。PDIは形や大きさ、ジスルフィド結合の本数が違う基質フォールディング中間体に働きかけることで、複数の基質に天然型ジスルフィド結合を導入することが知られるが、その分子認識における作用機序は明らかでない。そこで、PDIのX線小角散乱実験を行った結果、PDIの散乱プロファイルは結晶構造から見積もられた散乱プロファイルと一致せず、溶液構造は結晶構造と異なるドメイン配向をもつ可能性を示した。そこで高速AFMによるPDIの1分子動態解析を行った結果、酸化還元状態および基質の結合に依存したPDIの構造制御機構が明らかとなった。すなわち、酸化型のPDIは還元型に比べドメイン間の揺らぎが大きく、この揺らぎを利用してPDIが基質のフォールディングステージに応じて効率よく基質を捕獲し基質にジスルフィド結合を導入することが考えられる。興味深いことに数種のアンフォールド基質存在下において、PDIは基質のフォールディング状態を識別し、アンフォールド状態の基質が存在する時のみ二量体を形成することが本観測により初めて示された。これはPDIが単量体と二量体あるいはそれ以上の会合体の形成と解離を繰り返しており、PDI会合体が形成する空洞の疎水的かつジスルフィド交換反応性に富む環境において、効率的に多様な基質のフォールディングが促進されていると考える。動的光散乱から、変性基質存在下でPDIは二量体あるいはそれ以上の会合体を形成する一方、folded基質存在下でPDIは単量体であることから、PDIは基質のフォールディング状態をセンスし会合することがわかった。これは構造や機能が異なる複数の基質を認識するPDIの機能的役割と構造に関する全く新しい概念である。

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (44件)

すべて 2015 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 2件、 査読あり 14件、 オープンアクセス 9件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 1件、 招待講演 7件) 図書 (4件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Cysteines 208 and 241 in Ero1 are required for maximal catalytic turnover2015

    • 著者名/発表者名
      T. Ramming, S. Kanemura, M. Okumura, K. Inaba and C. Appenzeller-Herzog.
    • 雑誌名

      Redox Biology

      巻: 7 ページ: 14-20

    • DOI

      10.1016/j.redox.2015.11.004

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Structural Stability of Amyloid Fibrils Depends on the Existence of the Peripheral Sequence near the Core Cross-03B2 Region2015

    • 著者名/発表者名
      M. Saiki, K. Shiba, and M. Okumura.
    • 雑誌名

      FEBS Lett.

      巻: 589 号: 23 ページ: 3541-3547

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2015.10.015

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A PDI-catalyzed thiol/disulfide switch regulates the production of hydrogen peroxide by human Ero12015

    • 著者名/発表者名
      T. Ramming, M. Okumura, S. Kanemura, S. Baday, J. Birk, S. Moes, P. Jenö, S. Bernèche, K. Inaba and C. Appenzeller-Herzog.
    • 雑誌名

      Free Radic Biol Med.

      巻: 83 ページ: 361-372

    • DOI

      10.1016/j.freeradbiomed.2015.02.011

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書 2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] One-dimensional sliding of p53 along DNA is accelerated in the presence of Ca(2+) or Mg(2+) at millimolar concentrations2015

    • 著者名/発表者名
      Murata A, Ito Y, Kashima R, Kanbayashi S, Nanatani K, Igarashi C, Okumura M, Inaba K, Tokino T, Takahashi S, Kamagata K
    • 雑誌名

      JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY

      巻: 427 号: 16 ページ: 2663-2678

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2015.06.016

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structures and functions of protein disulfide isomerase family members involved in proteostasis in the endoplasmic reticulum.2015

    • 著者名/発表者名
      Okumura M, Kadokura H, Inaba K.
    • 雑誌名

      Free Radic Biol Med.

      巻: 83 ページ: 314-322

    • DOI

      10.1016/j.freeradbiomed.2015.02.010

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書 2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Radically different thioredoxin domain arrangement of ERp46, an efficient disulfi de-bond introducer of the mammalian PDI family2014

    • 著者名/発表者名
      Kojima, R., Okumura, M., Masui. S., et al.
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 22 号: 3 ページ: 431-443

    • DOI

      10.1016/j.str.2013.12.013

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書 2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Inhibition of the functional interplay between ER oxidoreduclin-1 a (Ero1a) and protein disulfide isomerase (PDI) by the endocrine disruptor2014

    • 著者名/発表者名
      Okumura M, Kadokura H, Hashimoto S, Yutani K, Kanemura S, Hikima T, Hidaka Y, Ito L, Shiba K, Masui S, Imai D, Imaoka S, Yamaguchi H, Inaba K
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 26 号: 39 ページ: 27004-27018

    • DOI

      10.1074/jbc.m114.564104

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Disulfide-mediated Peptide and Protein Folding2014

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M., Shimamoto, S., and Hidaka, Y.
    • 雑誌名

      Current Protocols in Protein Science

      巻: 76 号: 1

    • DOI

      10.1002/0471140864.ps2807s76

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書 2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chemical methods and approaches to the regioselective formation of multiple disulfide bonds2014

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M
    • 雑誌名

      Current Protocols in Protein Science

      巻: 76 号: SUPPL.76

    • DOI

      10.1002/0471140864.ps2808s76

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書 2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A pH-Dependent Conformational Change in a Soluble Extracellular Dom ain of Amyloid Precursor Protein2014

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M
    • 雑誌名

      Peptide Science

      ページ: 337-338

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Folding of de novo Peptide Regulated by Intra-molecular Chaperones2014

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M
    • 雑誌名

      Peptide Science

      ページ: 219-220

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Synergistic cooperation of PDI family member proteins in peroxiredoxin 4-driven oxidative protein folding2013

    • 著者名/発表者名
      Sato, Y. ^t Kojima, R., Okumura, M., Hagiwara, M., Masui. S., et al.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 3 号: 1 ページ: 1-13

    • DOI

      10.1038/srep02456

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bisphenol A induces a conformational change in protein disulfide isomerase2013

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M
    • 雑誌名

      Peptide Science

      ページ: 331-332

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis of disulfide bond formation in the bacterial periplasm and ER2013

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M
    • 雑誌名

      Encyclopedia of Life Science

      ページ: 1-11

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 高速AFMが明らかにしたPDIによる基質の酸化的フォールディング触媒機構の解明2015

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹、野井 健太郎、金村 進吾、秋山 修志、小椋 光、稲葉 謙次
    • 学会等名
      第38回 分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場(神戸市)
    • 年月日
      2015-12-04
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 小胞体におけるタンパク質の品質管理;酵素による基質触媒反応を活写する2015

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      関西学院大学、理工学部講演
    • 発表場所
      関西学院大学(三田市)
    • 年月日
      2015-11-30
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体におけるタンパク質の品質管理2015

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      東海大学
    • 発表場所
      東海大学湘南キャンパス(平塚市)
    • 年月日
      2015-11-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Real-time monitoring of PDI-catalyzed oxidative protein folding by high-speed atomic force microscopy2015

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      第53回 生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学(金沢)
    • 年月日
      2015-09-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Real-time monitoring of PDI-catalyzed oxidative protein folding by high-speed atomic force microscopy.2015

    • 著者名/発表者名
      M. Okumura, K. Noi, S. Kanemura, S. Masui, T. Hikima, S. Akiyama, T. Ogura, and K. Inaba.
    • 学会等名
      ER&Redox Club Meeting
    • 発表場所
      Venice, Italy
    • 年月日
      2015-04-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 新生ポリペプチドの酸化的フォールディング2015

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      「新生鎖の生物学」第一回若手ワークショップ
    • 発表場所
      八王子セミナーハウス
    • 年月日
      2015-03-08 – 2015-03-10
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 高速AFMが明らかにするProtein Disulfide Isomeraseの新しい作用機序2015

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      第249回熊本大発生研セミナー
    • 発表場所
      熊本大学
    • 年月日
      2015-02-09
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡を用いたPDIファミリータンパク質の酸化還元状態に依存した動的構造解析2014

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹、野井 健太郎、金村 進吾、増井 翔史、小椋 光、稲葉 謙次
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 内分泌撹乱物質によるEro1-PDI経路の阻害機構2014

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹、橋本 翔子、油谷 克英、金村 進吾、引間 孝明、門倉 広、今岡 進、山口 宏、稲葉 謙次
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Structural basis for selective disulfide transfer from Prx4 to PDI family proteins.2014

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      The 10th G-COE international symposium and 7th young investigators forum
    • 発表場所
      Singapore, Singapore
    • 年月日
      2014-03-04
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Structural basis of disulfide bond formation in the mammalian ER2014

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      231st IMEG seminars & Minisymposium Recent advances and future directions in high-speed AFM imaging of ATP/GTP-driven molecular machinery
    • 発表場所
      熊本
    • 年月日
      2014-02-20
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Positively charged redox agents accelerate disulfide coupled protein folding2014

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      アメリカ生物物理学会
    • 発表場所
      California, USA
    • 年月日
      2014-02-16
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Regulation of Disulfide-Coupled Folding of de novo Designed Precurs or Protein2014

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      アメリカ生物物理学会
    • 発表場所
      California, USA
    • 年月日
      2014-02-16
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] SOLUTION STRUCTURAL STUDIES OF SOLUBLE EXTRACELL ULAR DOMAIN OF AMYLOID PRECURSOR PROTEIN2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      The 12th Meeting of the Asian Crystallographic Association
    • 発表場所
      香港、中国
    • 年月日
      2013-12-08
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] A radically different thioredoxin domain arrangement explains the efficient catalysis of disulfide-bond introduction by the PDI family member, ERp462013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2013-12-04
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Regulation of Disulfide-Coupled Protein Folding by A Positively Chareed Redox Agent2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      ペプチド討論会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2013-11-07
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Regulation of Disulfide-Coupled Folding of de novo Designed Precurs or Protein2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      ペプチド討論会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2013-11-07
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] アミロイド前駆体タンパク質細胞外領域sAPPαの溶液構造"日本結晶学会2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      日本結晶学会
    • 発表場所
      熊本
    • 年月日
      2013-10-12
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] プロテオスタシス : 細胞内タンパク質の恒常性2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      細胞生物学会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2013-06-20
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] PDI酸化酵素Prx4とPDIファミリータンパク質ERp46による新たなジスルフィド結合導入経路の構造基盤2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      鳥取
    • 年月日
      2013-06-14
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 正電荷を有する酸化還元試薬によるジスルフィド結合含有蛋白質の立体構造形成反応の制御2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      鳥取
    • 年月日
      2013-06-13
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子内シャペロンの生理活性ペプチドのデザインへの応用と立体構造制御機構の解明2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      鳥取
    • 年月日
      2013-06-12
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] アミロイド前駆体タンパク質の可溶性細胞外領域sAPPαのpH依存的構造変化2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      鳥取
    • 年月日
      2013-06-12
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Solution Structural Studies of Soluble Extracellular Domain of Amyloid Precursor Protein2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      4th International Symposium on Diffraction Struc tural Biology
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2013-05-27
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Structural basis of the newly identified disulfide-introducing pathway composed of Prx4 and ERp46.2013

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      NIH-Tohoku university-JSPS Symposium
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2013-05-10
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [図書] 生物物理2015

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹、金村 進吾、稲葉 謙次
    • 総ページ数
      3
    • 出版者
      ERp46とPDIの異なる構造と機能的役割
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [図書] ERp46とPDIの異なる構造と機能的役割2015

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹、金村 進吾、稲葉 謙次
    • 出版者
      生物物理
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] 哺乳動物細胞の小胞体におけるジスルフィド結合形成ネットワークの構造基盤2014

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹、稲葉 謙次
    • 出版者
      実験医学、羊土社
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] 実験医学2014

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、稲葉謙次
    • 出版者
      羊土社(印刷中)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考] http://www.tagen.tohoku.ac.jp/labo/inaba/

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公開日: 2014-01-29   更新日: 2024-03-26  

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