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霊長類比較ゲノム解析とヒトへの進化機構の研究

研究課題

研究課題/領域番号 14011248
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

斎藤 成也  国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究, 教授 (30192587)

研究分担者 藤山 秋佐夫  国立情報学研究所, 学術研究情報研究系, 教授 (60142311)
研究期間 (年度) 2002 – 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
120,000千円 (直接経費: 120,000千円)
2004年度: 40,000千円 (直接経費: 40,000千円)
2003年度: 40,000千円 (直接経費: 40,000千円)
2002年度: 40,000千円 (直接経費: 40,000千円)
キーワード人類進化 / 分子進化 / 染色体 / 類人猿 / ゲノム進化
研究概要

もっとも特筆すべき成果は,チンパンジー22番染色体の長腕についてゲノム配列の決定および進化解析を行い,2004年にNatureに論文を発表したことである。斎藤成也と藤山秋佐夫は,ともにこの論文の共著者である。この研究により,ヒト-チンパンジー間のアミノ酸配列,およびゲノム配列の詳細な違いが明らかとなり,特に塩基の挿入・欠失パターンに明確な差異が見いだされた。また,チンパンジーを外群として,ヒト種内のSNPデータから塩基置換パターンの推定を行った。その他の大規模研究としては,チンパンジーのBACライブラリーについて末端配列を決定して、ヒトとチンパンジーのゲノムの違いが1.23%であることを明らかにし(Fujiyama et al.,Science,2002),ゴリラのfosmidライブラリーを作製した(Kim et al.,Genomics,2003)。
一方,103個のタンパク質コード遺伝子の塩基配列を,ヒト,チンパンジー,ゴリラ,オランウータンの4種で比較し(Kitano et al.,Molecular Biology and Evolution,2004),各種統計検定を用いてヒト特異的な変化を発見しようと試みた。しかし、検定法ごとに異なる遺伝子セットが検出される結果となった。上記のほか,類人猿とヒトの遺伝子の比較として,SCA遺伝子における3塩基繰り返し配列の多型解析(Andres et al.,Journal of Molecular Evolution),ユビキチン遺伝子の進化解析(Tachikui et al.,Journal of Molecular Evolution),アフリカ野生チンパンジー集団のミトコンドリアDNA多型解析(Shimada et al.,Amer.J.Primatology)を行った。

報告書

(4件)
  • 2004 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2003 実績報告書
  • 2002 実績報告書
  • 研究成果

    (52件)

すべて 2005 2004 2003 2002 その他

すべて 雑誌論文 (36件) 図書 (2件) 文献書誌 (14件)

  • [雑誌論文] Evolution of hominoids and the search for a genetic basis for sreating humanness.2005

    • 著者名/発表者名
      Saitou N.
    • 雑誌名

      Cytogenetic and Genome Research 108

      ページ: 16-21

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Hagfish Leukocytes Express a Paired Receptor Family with a Variable Domain Resembling Those of Antigen Receptors.2005

    • 著者名/発表者名
      Suzuki T.
    • 雑誌名

      J. Immunol. 174

      ページ: 2885-2891

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Evolution of hominoids and the search for a genetic basis for creating humanness.2005

    • 著者名/発表者名
      Saitau N. et al.
    • 雑誌名

      Cytogenetic and Genome Research vol.108

      ページ: 16-21

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Hagfish Leukocytes Express a Paired Receptor Family with a Variable Domain Resembling Those of Antigen Receptors.2005

    • 著者名/発表者名
      Suzuki 7'. et al.
    • 雑誌名

      J. Immunol. vol.174

      ページ: 2885-2891

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Evolution of hominoids and the search for a genetic basis for creating humanness2005

    • 著者名/発表者名
      Saitou N.
    • 雑誌名

      Cytogenetic and Genome Research 108

      ページ: 16-21

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Human specific amino acid changes found in 103 protein coding genes.2004

    • 著者名/発表者名
      Kitano T.
    • 雑誌名

      Mol. Biol. Evol. 21

      ページ: 936-944

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 22.2004

    • 著者名/発表者名
      Watanabe H.
    • 雑誌名

      Nature 429

      ページ: 382-388

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Lineage specific homogenization of the polyubiquitin gene among human and great apes.2004

    • 著者名/発表者名
      Tachikui H.
    • 雑誌名

      J. Mol. Evol. 57

      ページ: 737-744

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Construction of a bacterial artificial chromosome library from the inshore hagfish, Eptatretus burgeri : A resourece for the analysis of the agnathan genome.2004

    • 著者名/発表者名
      Suzuki T.
    • 雑誌名

      Genes & Genetic Systems 79

      ページ: 251-253

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Human specific amino acid changes found in 103 protein coding genes.2004

    • 著者名/発表者名
      Ritmo-T. et al.
    • 雑誌名

      Mol. Biol. Evol. Vol.21

      ページ: 404-409

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 22.2004

    • 著者名/発表者名
      The International Chimpanzee Chromosome 22 Consortium Watanabe H. et al.
    • 雑誌名

      Nature vol.429

      ページ: 382-388

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Lineage specific homogenization of the polyubiquitin gene among human and great apes.2004

    • 著者名/発表者名
      Tachikui H. at al.
    • 雑誌名

      J. Mol. Evol. vol.57

      ページ: 737-744

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Construction of a bacterial artificial chromosome library from the inshore hagfish, Eptatretus burgeri Aresource for the analysis of the agnathan genome.2004

    • 著者名/発表者名
      Suzuki T. et al.
    • 雑誌名

      Genes & Genetic Systems vol,79

      ページ: 251-253

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 222004

    • 著者名/発表者名
      Watanabe H.
    • 雑誌名

      Nature 429

      ページ: 382-388

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Mitochondrial DNA Genealogy of Chimpanzees in Nimba Mountains and Bossou, West Africa2004

    • 著者名/発表者名
      Shimada M.
    • 雑誌名

      American Journal of Primatology 64

      ページ: 261-275

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Comparative genetics of functional trinucleotide tandem repeats in humans and apes2004

    • 著者名/発表者名
      Andres A.M.
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Evolution 59

      ページ: 329-339

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Human specific amino acid changes found in 103 protein coding genes2004

    • 著者名/発表者名
      Kitano T.
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution 21・5

      ページ: 936-944

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Lineage specific homogenization of the polyubiquitin gene among human and great apes2004

    • 著者名/発表者名
      Tachikui H.
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Evolution 57

      ページ: 737-744

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Construction of a gorilla fosmid library and its PCR screening system.2003

    • 著者名/発表者名
      Kim C.-G.
    • 雑誌名

      Genomics 82

      ページ: 571-574

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Evolution of the cystatin B gene : implications for the origin of its variable dodecamer tandem repeat in humans.2003

    • 著者名/発表者名
      Osawa M.
    • 雑誌名

      Genomics 81

      ページ: 78-84

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Understanding the dynamics of Spinocerebellar Ataxia 8 (SCA8) locus through a comparative genetic approach in humans and apes.2003

    • 著者名/発表者名
      Andres A. M.
    • 雑誌名

      Neuroscience Letters 336

      ページ: 143-146

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Construction of a BAC library for Haplochromis chilotes, a cichlid fish from Lake Victoria.2003

    • 著者名/発表者名
      Watanabe M.
    • 雑誌名

      Genes Genet. Syst. 78

      ページ: 103-105

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Construction of a gorilla fosmid library and its PCR screening system.2003

    • 著者名/発表者名
      Kim C.-G.et al.
    • 雑誌名

      Genomics vol.82

      ページ: 571-574

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Evolution-of the cystatin B gene : implications for the origin of its variable dodecamer tandem repeat in humans.2003

    • 著者名/発表者名
      Osawa M. at al.
    • 雑誌名

      Genomics vol.81

      ページ: 78-84

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Understanding the dynamics of Spinocerebellar Ataxia8 (SCAB) locus through a comparative genetic approach in humans and apes.2003

    • 著者名/発表者名
      Andrea A.M.et al.
    • 雑誌名

      Neuroscience Letters vol.336

      ページ: 143-146

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Construction of a BAC library for Haplochromis chilotes, a cichlid fish from Lake Victoria.2003

    • 著者名/発表者名
      Watanabe M. et al.
    • 雑誌名

      Genes Genet. Syst. vol.78

      ページ: 103-105

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] NJML+P : A Hybrid Algorithm of the Maximum Likelihood and Neighbor-Joining Methods Using Parallel Computing.2002

    • 著者名/発表者名
      Oota S.
    • 雑誌名

      Proceedings of Genome Informatics 13

      ページ: 434-435

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Construction and Analysis of a Human-Chimpanzee Comparative Clone Map.2002

    • 著者名/発表者名
      Fujiyama A.
    • 雑誌名

      Science 295

      ページ: 131-134

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Point Matching Under Non-Uniform Distortions and Protein Side Chain Packing Based on an Efficient Maximum Clique Algorithm.2002

    • 著者名/発表者名
      Bahadur D.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 13

      ページ: 143-152

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Identification of Two novel primate-specific genes in DSCR.2002

    • 著者名/発表者名
      Takamatsu K.
    • 雑誌名

      DNA Research 9

      ページ: 89-97

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Chromosome-wide assessment of replication timing for human chromosomes 11q and 21q : disease-related genes in timing -switch regions.2002

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Y.
    • 雑誌名

      Human Molecular Genetics 11

      ページ: 13-21

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] NJML+P : A Hybrid Algorithm of The Maximum Likelihood and Neighbor-Joining Methods Using Parallel Computing.2002

    • 著者名/発表者名
      OOta S.et al.
    • 雑誌名

      Proceedings of Genome Informatics vol.13

      ページ: 434-435

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Construction and Analysis of a Human-Chimpanzee Comparative Clone Map.2002

    • 著者名/発表者名
      Fujiyama A at al.
    • 雑誌名

      Science vol.295

      ページ: 131-134

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Point Matching Under Non-Uniform Distortions and Protein Side Chain Packing Based on an Efficient Maximum Clique Algorithm2002

    • 著者名/発表者名
      Bahadur D. et al.
    • 雑誌名

      Genome Informatics vol.13

      ページ: 143-152

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Identification of Two novel primate-specific genes in DSCR.2002

    • 著者名/発表者名
      Takamatsu K. et al.
    • 雑誌名

      DNA Research vol.9

      ページ: 89-97

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Chromosome-wide assessment of replication timing for human chromosomes 11q and 21q : disease-related genes in timing-switch regions.2002

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Y. et al.
    • 雑誌名

      Human Molecular Genetics vol.11

      ページ: 13-21

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] ゲノウと進化-ゲノムから立ち昇る生命-2004

    • 著者名/発表者名
      斎藤 成也
    • 総ページ数
      210
    • 出版者
      新曜社
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] ゲノムと進化-ゲノムから立ち昇る生命-2004

    • 著者名/発表者名
      斎藤 成也
    • 総ページ数
      210
    • 出版者
      新曜社
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [文献書誌] Andres A.M.: "Comparative genetics of functional trinucleotide tandem repeats in humans and apes."Journal of Molecular Evolution. (In press).

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Kitano T.: "Human specific amino acid changes found in 103 protein coding genes."Molecular Biology and Evolution. (In press).

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Kryukov K.: "Netview : application software for constructing and visually exploring phylogenetic networks"Genome Informatics. 14. 280-281 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] 藤山 秋佐夫: "霊長類の比較ゲノム科学"人工知能学会誌. 18. 20-23 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Kim C.-G.: "Construction of a Gorilla Fosmid Library and its PCR Screening System."Genomics. 82. 571-574 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Tachikui H.: "Lineage specific homogenization of the polyubiquitin gene among human and great apes."Journal of Molecular Evolution. 57. 737-744 (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] 斎藤 成也: "分子生物学イラストレイテッド改訂第2版"羊土社. 380 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Osawa M.: "Evolution of the cystatin B gene : implications for the origin of its variable clodecarner tandem repeat in humans"Genomics. 81. 78-84 (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Duan J.: "Synonymous mutations in the human dopamine receptor D2 (DRD2) affect mRNA stability and synthesis of the receptor"Human Molecular Genetics. 12・3. 205-216 (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Andres A.M.: "Understanding the dynamics of Spinocerebellar Ataxia 8 (SCA8) locus through a comparative genetic approach in humans and apes"Neuroscience Letters. 336. 143-146 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Sumiyama K.: "Adaptive evolution of the IgA hinge region in primates"Molecular Biology and Evolution. 19・7. 1093-1099 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 藤山秋佐夫: "ゲノム時代の比較ゲノム学"科学. 73. 407-411 (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 斎藤成也: "霊長類の比較ゲノム解析-現状と展望-"学術月報. 55・12. 1163-1166 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 斎藤成也: "長谷川真理子編著『ヒト,この不思議な生き物はどこから来たのか』 第3章:ヒトゲノムと類人猿ゲノムの比較から人間の独自性を探る"ウェッジ選書. 221 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書

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公開日: 2002-04-01   更新日: 2018-03-28  

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