| 研究課題/領域番号 |
14015219
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| 研究種目 |
特定領域研究
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 神戸大学 |
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研究代表者 |
小松崎 民樹 神戸大学, 理学部, 助教授 (30270549)
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| 研究期間 (年度) |
2002
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| 研究課題ステータス |
完了 (2002年度)
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| 配分額 *注記 |
3,900千円 (直接経費: 3,900千円)
2002年度: 3,900千円 (直接経費: 3,900千円)
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| キーワード | 蛋白質フォールディング / 異常拡散 / 非マルコフ性・非定常性 / 階層的規則性 / バネビーズモデル / 分子記憶 |
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| 研究概要 |
タンパク質フォールディングの計算機シミュレーションならびに1分子計測の時系列データに対し、前年度から開発しているカオス時系列解析手法を適用し、タンパク質フォールディングの動的構築原理を考察した。
1)効率良く折れ畳む蛋白質とそうではない人工蛋白質の46ビーズモデルに対する折れ畳みシュミレーション、Duan-Kollmanの1マイクロ秒全原子折れ畳みシミュレーション、シトクロムcの変性状態-モルテングロービュル状態間転移の1分子計測において、i)ファネル型エネルギー地形では、非ファネル型地形よりも、転移温度では、より強い非定常・非マルコフ的なダイナミックスが存在するii)主成分モードの殆どは、たかだか100MDステツプで「位置の記憶」を完全に忘れるが、転移温度では、大振幅なゆっくりした主成分モードに沿って記憶が保持される傾向が強いiii)微視的には強いカオスであるが、大振幅運動を伴う協同座標に沿った運動は、粗視化されたスケールでは弱いカオスを有するモード的な運動形態が存在し、フラストレーションがより小さいファネル型エネルギー地形ほどその傾向が強い2)αβ、β、α小タンパク質のバネビーズ郷モデルを用いてフォールディングの非定常性・非マルコフ性を解析し、折れ畳速度が速いαヘリックスを有する小タンパク質ほど時系列は非定常→定常領域にすばやく移行し、結果として記憶を保持する時間が短いことなどが判明した。
また、日中理論化学会議,The 6th World Congress of Theoretically Oriented Chemists (スイス)などの国際会議および日本蛋白質科学会、CBI学会、分子構造総合討論会、日本生物物理学会などで成果発表した。また、現在、国内外の複数の会議・ワークショップから講演依頼を受けている。
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