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XMLを用いたゲノムデータ統合システム

研究課題

研究課題/領域番号 14015221
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関名古屋大学

研究代表者

吉川 正俊  名古屋大学, 情報連携基盤センター, 教授 (30182736)

研究分担者 波多野 賢治  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 助手 (80314532)
天笠 俊之  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 助手 (70314531)
松原 茂樹  名古屋大学, 情報連携基盤センター, 助教授 (20303589)
研究期間 (年度) 2002
研究課題ステータス 完了 (2002年度)
配分額 *注記
5,900千円 (直接経費: 5,900千円)
2002年度: 5,900千円 (直接経費: 5,900千円)
キーワード情報システム / ディレクトリ情報検索 / 遺伝子 / ゲノム / 情報工学
研究概要

本研究では,多様なゲノムXMLデータを統合的に管理し,それらデータの横断的な検索やナビゲーション機能を提供する汎用的なXMLデータの構築方法,XMLデータベースの利用者インタフェースの開発,および更新が多い多様なDTDやXMLスキーマに基づくXMLデータを効率良く管理可能なデータ構造の開発を行った.
実際に提供されているXMLデータは,横断検索に適した論理構造を有するとは限らない.そこで,種々の論理構造を有するXMLデータからキーワード集合などの簡易問合せにより,最適な部分XMLデータを検索するための手法を研究・開発し,XMLデータの簡易検索を可能とするシステムのプロトタイプを作成した.また,その評価を行うために,INEX (Initiative for the Evaluation of XML retrieval)国際イニシアティブに参画し,テストコレクションを作成した.
ゲノムデータは更新の頻度が高いために,検索,更新ともに効率よく実行可能なXMLデータ索引の開発が必要である.したがって,XMLの木構造を表現する符号化方法について研究し,そのためのノード符合化法として,rUID, QRSなどを考案した.
MaXML (Mouse annotation XML)などGene Ontology (GO)を参照する複数のゲノムXMLデータを,GOを中心に統合し,同じ働きを持った異なる生物種間の遺伝子の比較を行い,SVGを用いて表示するデータベースシステムGeneAroundを構築しGOデータの更新に追随させた.GeneAroundシステムは,理化学研究所のマウス遺伝子注釈付けプロジェクトFANTOMでも実際に利用された.また,海外からのWebサイトへのアクセスも増加している.

報告書

(1件)
  • 2002 実績報告書
  • 研究成果

    (2件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (2件)

  • [文献書誌] Junko Tanoue, et al.: "The GeneAround GO viewer"Bioinformatics. Vol.18 No.12. 1705-1706 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Junko Tanoue, et al.: "GeneAround : A Browsing System for Gene Annotation Using XML Technologies"Proc. of WAIM'02,LNCS, Springer-Verlag. Vol.2419. 236-246 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書

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公開日: 2002-04-01   更新日: 2018-03-28  

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