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ゲノム・プロテオームデータベースの連携による高次生物知識発見に関する研究

研究課題

研究課題/領域番号 14015238
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関独立行政法人産業技術総合研究所

研究代表者

高橋 勝利  独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター・細胞情報科学チーム長 (00271792)

研究分担者 富永 大介  独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター, 細胞情報科学チーム研究員 (20357578)
研究期間 (年度) 2002
研究課題ステータス 完了 (2002年度)
配分額 *注記
5,200千円 (直接経費: 5,200千円)
2002年度: 5,200千円 (直接経費: 5,200千円)
キーワードプロテオーム / トランスクリプトーム / 2次元電気泳動像自動解析 / 質量分析 / タンパク質同定
研究概要

ゲノム塩基配列データベース、mRNA発現データベース及びプロテオームデータベースを相互に連携し、各データベースに含まれる情報の相互補完・対応づけを行ったうえで、高次の生物知識を発見することを目的とし、1.ゲノム塩基配列データベースと質量分析技術を利用したタンパク質同定を含むプロテオーム解析を総合的に支援するコンピュータシステムの開発及びプロテオーム関連データの蓄積
2.mRNA発現パターンとタンパク質発現パターンとの相互比較による生物知識発見を目標として研究を実施した。
研究成果
1.簡単にエンドユーザーが、自分の持つタンパク質二次元電気泳動像を登録し、電気泳動パターンの自動解析を行いことができるようにPiKA2システムのGUIを改良した。また、質量分析によってタンパク質スポットの同定を支援するシステムの構築を開始した。
2.PCクラスターシステムを構築し、大量の二次元電気泳動像データの解析を高速に行えるように、PiKA2システムの解析プログラムを並列化した。
3.パブリックに公開されているmRNA発現データベース、プロテオームデータベースの調査を行い、プロテオームデータベースに登録されているのと類似条件でのmRNA発現パターンがどの程度利用可能かを調査した。

報告書

(1件)
  • 2002 実績報告書

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公開日: 2002-04-01   更新日: 2018-03-28  

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